计算化学公社

标题: 使用def2-SVPD泛函计算单点始终不收敛 [打印本页]

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-10 09:50
标题: 使用def2-SVPD泛函计算单点始终不收敛
老师们好，想请教一下，基于图片的分子我想求其偶极距，基于采用b3lyp 6-31g(d)优化好的结构采用def2-SVPD基组算单点但始终不收敛。我看了帖子，尝试过以下方法：（1）SCF(novaracc,noincfock) int=acc2e=12 （2）scf(novaracc,conver=6) （3）scf(novaracc,conver=6) （4）SCF=noDIIS （5）不加溶剂（6）SCF=Fermi 这是目前尝试过的方法但仍不收敛。
看了sob的帖子一些方法比如QC不建议使用想请教一下各位有类似经验吗？我采取什么方法可以让其收敛呢？下一步准备采用的是换基组方法步步为营6-31G*->6-311G**->def2-TZVP>def2-SVPD 可以吗？还有什么改进方法推荐吗？

作者
Author: niobium 时间: 2022-9-10 10:15
建议用def2-TZVP基组

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-9-10 10:19
为什么在高斯里算周期性体系……

作者
Author: niobium 时间: 2022-9-10 12:14

北大-陶豫发表于 2022-9-10 10:19
为什么在高斯里算周期性体系……

聚合物不一定是周期性吧？他应该取的有限的n算的分子。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 15:08
上传输入文件

作者
Author: fatpig 时间: 2022-9-10 15:19
为啥不用 guess=read 去读取原本 6-31g(d) 的 guess 呢...

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-12 08:08
部分输入文件

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-12 08:08

sobereva 发表于 2022-9-10 15:08
上传输入文件

已上传在下方请老师帮忙看一下

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-12 08:09

niobium 发表于 2022-9-10 12:14
聚合物不一定是周期性吧？他应该取的有限的n算的分子。

嗯是的老师取得n＝1

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-12 08:09

fatpig 发表于 2022-9-10 15:19
为啥不用 guess=read 去读取原本 6-31g(d) 的 guess 呢...

老师没太懂具体是需要怎么处理呢？还请老师指教

作者
Author: 乐平 时间: 2022-9-12 10:46

兰兰爱学习发表于 2022-9-12 08:09
老师没太懂具体是需要怎么处理呢？还请老师指教

你在帖子里说了，已经在 B3LYP/6-31G(d) 计算水平下优化成功了。

那么，你增大基组继续优化的时候，可以读取之前优化成功的 check 文件里的几何结构和电子结构作为初始猜测。

如果你只是计算单点能，那么

B3LYP/gen geom=check guess=read

复制代码

电荷，自旋多重度下一行的坐标就不用写了，因为已经从 .chk 文件中读取了
只用将自定义的 def2-SVPD 基组写在下一行。

另外，我在前面的帖子里也指出过 (http://bbs.keinsci.com/thread-9417-1-1.html#pid215143)，def2-SVPD 是基组，不是泛函…… 你的标题里又写错了。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-12 13:11

兰兰爱学习发表于 2022-9-12 08:08
部分输入文件

你对S都没定义基组
先把硬伤解决再说

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-13 07:35

sobereva 发表于 2022-9-12 13:11
你对S都没定义基组
先把硬伤解决再说

老师我加上S以后算依旧是不收敛我该怎么去处理呢？文件在下方

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-13 07:36
文件

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-13 07:49
本帖最后由兰兰爱学习于 2022-9-13 07:55 编辑

乐平发表于 2022-9-12 10:46
你在帖子里说了，已经在 B3LYP/6-31G(d) 计算水平下优化成功了。

那么，你增大基组继续优化的时候，可 ...

好的老师请问是这样改对吗（见下图）？另外老师我的chk文件下载下来打不开可以用fchk文件吗？抱歉老师已经意识到错误着急打错了是基组不是泛函谢谢老师纠正

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-13 07:50
更改图

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2022-9-13 09:08
使用def2-SVPD泛函计算单点始终不收敛

这个标题就有问题，def2-SVPD是基组不是泛函

作者
Author: 乐平 时间: 2022-9-13 10:55

兰兰爱学习发表于 2022-9-13 07:49
好的老师请问是这样改对吗（见下图）？另外老师我的chk文件下载下来打不开可以用fchk文件吗？抱歉老 ...

1）没看到图……

2）不需要下载 .chk 文件啊，你只有告诉 g16 你的 .chk 文件的路径和文件名就行了啊

%chk=/directory/filename.chk

复制代码

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-14 08:28
本帖最后由兰兰爱学习于 2022-9-14 08:30 编辑

乐平发表于 2022-9-13 10:55
1）没看到图……

2）不需要下载 .chk 文件啊，你只有告诉 g16 你的 .chk 文件的路径和文件名就行了啊
...

老师请问这样改对吗？
%chk=/home/user5/ljl/jiarongji/ljl-b-a-opt-PNDIT-F3N-Br.chk
%nprocshared=24
%mem=24GB
#p sp  B3LYP/gen geom=check guess=read    EMPIRICALDISPERSION=GD3BJ  scrf=(pcm,solvent=Acetonitrile)

sp

0 1
H    0
S 3 1.00
   13.0107010             0.19682158D-01
   1.9622572             0.13796524
   0.44453796          0.47831935
S 1 1.00
   0.12194962          1.0000000
P 1 1.00
   0.8000000             1.0000000
P 1 1.00
   0.11704099050       1.0000000
****
C    0
S 5 1.00
1238.4016938             0.54568832082D-02
186.29004992          0.40638409211D-01
   42.251176346          0.18025593888
   11.676557932          0.46315121755
   3.5930506482          0.44087173314
S 1 1.00
   0.40245147363       1.0000000
S 1 1.00
   0.13090182668       1.0000000
S 1 1.00
   0.67053540256D-01    1.0000000
P 3 1.00
   9.4680970621          0.38387871728D-01
   2.0103545142          0.21117025112
   0.54771004707       0.51328172114
P 1 1.00
   0.15268613795       1.0000000
D 1 1.00
   0.8000000             1.0000000
D 1 1.00
   0.11713185140       1.0000000
****
~~~~·
谢谢老师指教

作者
Author: 乐平 时间: 2022-9-14 15:58

兰兰爱学习发表于 2022-9-14 08:28
老师请问这样改对吗？
%chk=/home/user5/ljl/jiarongji/ljl-b-a-opt-PNDIT-F3N-Br.chk
%nprocshared=24 ...

你提交任务就知道对不对了。

能正常运行起来就是对的。

不能正常运行就会报错。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-14 19:14

兰兰爱学习发表于 2022-9-14 08:28
老师请问这样改对吗？
%chk=/home/user5/ljl/jiarongji/ljl-b-a-opt-PNDIT-F3N-Br.chk
%nprocshared=24 ...

不要复制粘贴（很容易出现内容不全、内容繁杂、空格、空行不对等情况），直接上传输入文件简单了事。要是体系需要保密，可以仅把坐标删去，其他部分保留。

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-15 09:10

zjxitcc 发表于 2022-9-14 19:14
不要复制粘贴（很容易出现内容不全、内容繁杂、空格、空行不对等情况），直接上传输入文件简单了事。要是 ...

好的老师已经上传在下方请问老师输入文件是哪部分出错了导致的报错呢？
/home/user5/ljl/jiarongji/ 是文件所在服务器的位置读取的文件是优化好的ljl-b-a-opt-PNDIT-F3N-Br.chk 文件

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-15 09:12

乐平发表于 2022-9-14 15:58
你提交任务就知道对不对了。

能正常运行起来就是对的。

好的老师已经提交任务发现报错麻烦请教一下老师是哪里出错了呢？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-15 12:39

兰兰爱学习发表于 2022-9-15 09:10
好的老师已经上传在下方请问老师输入文件是哪部分出错了导致的报错呢？
/home/user5/ljl/jiarongji/ ...

去掉sp，这没用。“0 1”与“H 0”间要空一行。

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-15 13:39

zjxitcc 发表于 2022-9-15 12:39
去掉sp，这没用。“0 1”与“H 0”间要空一行。

老师我改了以后报错显示gjf格式有问题请问是哪块我写错了吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-15 14:08

兰兰爱学习发表于 2022-9-15 13:39
老师我改了以后报错显示gjf格式有问题请问是哪块我写错了吗？

我在24L回复的意思是仅把关键词那一行中的sp去掉。但你不仅把关键词那一行中的sp去掉了，还把Title行给删了（因为你原来Title行里也含有sp字符）。要保留Title行，但Title行内容可以随便写。

如果你不懂啥是Title行，可以对比22L与25L的gjf文件

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-15 14:16

zjxitcc 发表于 2022-9-15 14:08
我在24L回复的意思是仅把关键词那一行中的sp去掉。但你不仅把关键词那一行中的sp去掉了，还把Title行 ...

好的老师明白了谢谢老师

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-16 11:20
请教一下各位老师基于1L 采取的不收敛方法又根据老师的建议采取读取之前优化成功的 check 文件里的几何结构和电子结构作为初始猜测进行计算仍是不收敛请问是此体系不适用于这个基组吗？还是学生的操作有问题？以下是采取初猜方法的报错输出文件。

作者
Author: scf 时间: 2022-9-16 12:55
几何优化用过色散修正吗？做些构象搜索？有可能分子处于一个相对比较多参考态的状态SCF收敛困难，但这个位置可能不是全局极小值。虽然qc比较慢，没有办法的时候也可以试试

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-18 13:50

兰兰爱学习发表于 2022-9-16 11:20
请教一下各位老师基于1L 采取的不收敛方法又根据老师的建议采取读取之前优化成功的 check 文件里的几何结 ...

你也可以尝试6-31+G(d,p)，6-311+G(d,p)之类的，不一定非要def2-SVPD吧。。

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-19 08:02

scf 发表于 2022-9-16 12:55
几何优化用过色散修正吗？做些构象搜索？有可能分子处于一个相对比较多参考态的状态SCF收敛困难，但这个位 ...

好的谢谢老师

作者
Author: 兰兰爱学习 时间: 2022-9-19 08:02

zjxitcc 发表于 2022-9-18 13:50
你也可以尝试6-31+G(d,p)，6-311+G(d,p)之类的，不一定非要def2-SVPD吧。。

好的谢谢老师

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