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标题: 求助：GROMACS做MD模拟时，pdb2gmx报错“GLU”没有作为独立的残基类型 [打印本页]

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Author: tongyu 时间: 2022-9-10 12:59
标题: 求助：GROMACS做MD模拟时，pdb2gmx报错“GLU”没有作为独立的残基类型
本帖最后由 tongyu 于 2022-9-10 14:40 编辑

运行gromacs： gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein_processed.gro -water tip3p；选择力场5： AMBER99SB protein, nucleic AMBER94 (Hornak et al., Proteins 65, 712-725, 2006)
；出现以下报错

Fatal error:
In the chosen force field there is no residue type for 'GLU' as a standalone
(starting & ending) residue

请问大佬有解决方法吗

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Author: LBH0532 时间: 2022-9-10 14:46
acpype搞个拓扑文件，然后改amber力场的rtp文件添加残基应该能比较轻松的解决

作者
Author: casea 时间: 2022-9-10 14:48
你这蛋白文件明显有问题呀，你看看中间有好多残基缺失！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 15:14
怀疑你gmx装的有问题
我这里用gmx 2018.8，完全没问题，输出信息都在附件里
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作者
Author: tongyu 时间: 2022-9-10 18:12

sobereva 发表于 2022-9-10 15:14
怀疑你gmx装的有问题
我这里用gmx 2018.8，完全没问题，输出信息都在附件里

谢谢sob老师，我检查下gmx

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Author: tongyu 时间: 2022-9-10 18:13

LBH0532 发表于 2022-9-10 14:46
acpype搞个拓扑文件，然后改amber力场的rtp文件添加残基应该能比较轻松的解决

ok，我试一试

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