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标题: Sobtop生成石墨烯拓扑文件原子电荷的设置 [打印本页]

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-9-10 13:43
标题: Sobtop生成石墨烯拓扑文件原子电荷的设置
请问下卢老师，我用gmx模拟石墨烯/水界面（示意图为图1）。模拟过程中石墨烯保持固定，使用Sobtop产生石墨烯拓扑文件。建模基本过程如下：

（1）使用VMD建立双层无线延展石墨烯模型(图2/3，top/side view，晶胞尺寸(nm) 5.16500 5.112000 25.0，碳原子数 2016)，导出为gro文件，并使用Multiwfn将其转为pdb文件。

  (2) 参照Sobtop主页 “例7：产生碳纳米管的GROMACS拓扑文件”，对石墨烯产生拓扑文件，手动设置所有的C原子类型为ca（GAFF里的芳香碳原子）。

  (3) 石墨烯中C原子的原子电荷，参照教程用cp2k计算REPEAT电荷。仿照步骤（1）建立一个较小的模型（图5，无线延展单层石墨烯，晶胞尺寸(nm) 0.7378536 0.852 1.50，碳原子数 24）发现得到的原子电荷每个C原子都不尽相同。（原子电荷按照每12个碳原子为周期循环，图4）

  问题：

（1）想把步骤（3）得到的原子电荷扩展到步骤（1）中的大体系中，应该自己手动编程得到所有原子电荷然后替换至itp文件中吗？或者sobtop有没有什么更加方便的加载此类型原子电荷的方式？

（2）如果想使得石墨烯表面带电（石墨烯表面有净电荷，模拟电化学界面），应该如何修改原子电荷？比如想要使得石墨烯表面带负电，可不可以将步骤（3）中得到的C原子电荷中的负值都乘以一个大于1的系数，正电荷数值不变来实现？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 15:18
中性的石墨烯的所有原子的电荷直接当成0就完了，完全不需要计算

带电的情况可以给所有石墨烯原子设上相同且等量的原子电荷

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-9-10 16:00

sobereva 发表于 2022-9-10 15:18
中性的石墨烯的所有原子的电荷直接当成0就完了，完全不需要计算

带电的情况可以给所有石墨烯原子设上相 ...

好的谢谢卢老师

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-9-11 19:03

sobereva 发表于 2022-9-10 15:18
中性的石墨烯的所有原子的电荷直接当成0就完了，完全不需要计算

带电的情况可以给所有石墨烯原子设上相 ...

卢老师，我又做了个石墨烯/电解质界面体系，Sobtop生成的top文件，做能量极小化的时候正常，而做NVT平衡相的时候模拟一开始就崩溃了，出现“吐核”错误，不知道是啥原因？也尝试了将体系中的H质量改为重H以及调整步长为0.5 fs，但还是报同样的错误。附件是我NVT模拟的gro,top/itp和mdp文件。（gro文件超过上传大小限制，压缩了一下）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-12 13:05

wangyueda 发表于 2022-9-11 19:03
卢老师，我又做了个石墨烯/电解质界面体系，Sobtop生成的top文件，做能量极小化的时候正常，而做NVT平衡 ...

http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8
该说的这里都说了，没有可补充的

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-9-12 14:14

作者
Author: naoki 时间: 2022-9-14 13:01
咦楼上怎么都是仅作者可见

作者
Author: wangyueda 时间: 2022-9-14 16:38

naoki 发表于 2022-9-14 13:01
咦楼上怎么都是仅作者可见

不小心设置的。。不知道怎么解除。。

作者
Author: 1015866003 时间: 2023-3-22 09:42
楼主您好，帖子可以公开一下吗？现在也碰到了石墨烯原子电荷的计算问题，谢谢楼主

作者
Author: zyp1999 时间: 2024-12-10 15:34
你好，我也有相同的疑问，请问可以开放帖子查看权限吗？

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