计算化学公社

标题: 真空、单个蛋白、无pbc、不考虑cutoff下的参数设置的问题 [打印本页]

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-10 14:13
标题: 真空、单个蛋白、无pbc、不考虑cutoff下的参数设置的问题
真空、单个蛋白、无pbc条件、不考虑cutoff的情况下，为了最大化运行效率，*.mdp是否可以按照如下进行设置：
；搜索
cutoff-scheme    = verlet
nstlist                = 1000000；  此处等于MD总步数，整个仿真只更新一次（请问这儿是否可行？）ns-type                = Grid
pbc                            = xyz； 此处设置pbc，是因为我的box开得很大：999.999nm,等效于不考虑pbc
verlet-buffer-tolerance       = -1
rlist                   = 100； 由于盒子很大，rlist可以设置得很大，保证包含整个蛋白的所有原子

；库伦
coulombtype             = cut-off
rcoulomb                = 50；由于盒子很大，r可以设置得很大，保证包含整个蛋白的所有原子
coulomb-modifier                = none

；范德华
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 50；由于盒子很大，r可以设置得很大，保证包含整个蛋白的所有原子
vdw-modifier                      = none
后面省略...

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 15:26
说具体版本
老版本都不用设PBC
那叫模拟不叫仿真

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-11 10:26
本帖最后由 lishine 于 2022-9-11 10:42 编辑

sobereva 发表于 2022-9-10 15:26
说具体版本
老版本都不用设PBC
那叫模拟不叫仿真

2018.8版本的，pbc = no同时设置 cutoff-scheme= group，确实可以跑的，但速度无显著提升

另外，如果我不想设置cutoff，请问应该如何设置参数，我目前是将rlist等调很大，感觉有点笨。

谢谢老师提醒“仿真”和“模拟“的区别！~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-12 12:51

lishine 发表于 2022-9-11 10:26
2018.8版本的，pbc = no同时设置 cutoff-scheme= group，确实可以跑的，但速度无显著提升

另外，如果 ...

若要考虑无穷远距离的作用，写
pbc = no
nstlist = 0
rlist = 0
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 0

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-13 16:45

sobereva 发表于 2022-9-12 12:51
若要考虑无穷远距离的作用，写
pbc = no
nstlist = 0

sob老师，我使用您推荐的参数，但报错如下：
Domain decomposition does not work with nstlist=0
是不是意味着我无法在笔记本电脑上使用多核并行，必须单核跑？这样速度就慢了..

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-14 03:15

lishine 发表于 2022-9-13 16:45
sob老师，我使用您推荐的参数，但报错如下：
Domain decomposition does not work with nstlist=0
是不 ...

甭用域分解就完了，纯靠OpenMP并行

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-15 10:23
本帖最后由 lishine 于 2022-9-15 10:30 编辑

sobereva 发表于 2022-9-14 03:15
甭用域分解就完了，纯靠OpenMP并行

请问sob老师关闭域分解是在mdrun指令中关闭对吗？请问是哪个选项？（我查了手册，但是似乎没有这个选项）
我查了您之前的回复，用的是：“-ntmpi 1不用thread-MPI并行，就不会做域分解了。”
请问这个对速度是不是有影响？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 03:46

lishine 发表于 2022-9-15 10:23
请问sob老师关闭域分解是在mdrun指令中关闭对吗？请问是哪个选项？（我查了手册，但是似乎没有这个选项） ...

就是-ntmpi 1
核数很多时，thread-MPI和OpenMP混合并行比纯粹用OpenMP并行多数情况效率更高

作者
Author: lishine 时间: 2022-9-16 17:28

sobereva 发表于 2022-9-16 03:46
就是-ntmpi 1
核数很多时，thread-MPI和OpenMP混合并行比纯粹用OpenMP并行多数情况效率更高

好的sob老师~
我测试后，就我的笔记本而言，还是考虑采用：
1、把box设置的很大（999nm）；
2、把nlist设置得很大（10000）；
3、把rlist、rvdw、rcolum设置得很大（50nm）。
这种方法速度最快~

谢谢sob老师！

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