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标题: 求助：溶剂化模型中RESP2的计算问题 [打印本页]

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Author: Fencros7y 时间: 2022-9-10 15:24
标题: 求助：溶剂化模型中RESP2的计算问题
本帖最后由 Fencros7y 于 2022-9-10 15:28 编辑

各位老师好，我想研究的是Zn(OTf)2溶解于乙腈(AN)和DMF两种体系，看到了sob老师关于RESP2(0.5)的博文，有几个问题想请教一下：
1、计算溶剂分子的RESP2电荷中的溶剂化环境要选取其本身对吗？比如计算乙腈分子的电荷，就要用到scrf=solvent=acetonitrile；那么其它溶剂的名称怎么找呢，如果没有内置的话是不是需要自己测介电常数呢？
2、Zn离子是不是不用计算，直接用力场自带的ions.itp即可？

3、阴离子老师建议的是用ma-TZVP，那么结构优化的时候也要用这个吗？
4、选取的泛函不用B3LYP，而用TPSSh会不会更好呢？

个人比较小白，问题有点基础，请各位老师指导。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 15:31
1 是。如果是下文的脚本，看Gaussian手册scrf部分里溶剂名的写法（http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm末尾）
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
如果是下文的，去ORCA手册里搜
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

2 是

3 6-311G*就够了

4 对于当前情况没有明显的差异

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-9-10 16:26

sobereva 发表于 2022-9-10 15:31
1 是。如果是下文的脚本，看Gaussian手册scrf部分里溶剂名的写法（http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm末尾 ...

sob老师中秋快乐，感谢您的回复。
我初学gromacs，对于知识概念和文件参数的对应关系方面还有很多疑问想请教一下您：
1、基础知识中提到的分子力学中的成键项和非键项的函数和参数，我的理解是在力场主文件中定义的，也就是top文件中include的"力场名/forcefiled.itp"中。那么GAFF力场文件在哪呢，我看gromacs的文件中好像没有，是GAFF力场的函数和参数和其中自带的某一个力场相同吗？所以使用GAFF力场的话就include这个力场文件就可以了？
2、Zn离子的话sobtop生成的itp里原子种类是UF_Zn，参数好像就只有电荷和质量。是不是不同原子种类的Z离子的参数用于GAFF力场，效果都是差不多的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-10 20:59

Fencros7y 发表于 2022-9-10 16:26
sob老师中秋快乐，感谢您的回复。
我初学gromacs，对于知识概念和文件参数的对应关系方面还有很多疑问想 ...

用sobtop产生拓扑文件时，涉及的所有参数在sobtop产生的.itp里的相应字段都已经包括了
不要教条地以为做什么模拟都需要include某个力场的forcefield.itp。gmx只看top里所有被include文件都被展开后的内容，而不看你include什么文件。

Zn离子最好直接include某个amber力场目录下的ions.itp（此时也需要include力场的forcefield.itp，因为里面include的ffnonbonded.itp里的[atomtypes]里对ZN原子类型做了定义）

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-9-10 21:42

sobereva 发表于 2022-9-10 20:59
用sobtop产生拓扑文件时，涉及的所有参数在sobtop产生的.itp里的相应字段都已经包括了
不要教条地以为做 ...

sob老师，这个问题还是希望您继续讲解一下，我理解得有点慢。
我看您的讲义里的对于基础知识的介绍逻辑是“分子力场 - 成键项 - 非键项 - 原子类型与力场参数确定 - 原子电荷的计算”，因此我试图在top文件中将这些基础知识一一对应起来。
[atomtypes]里定义了原子类型（charge可以是0）；然后在每个分子的itp里的[atom]中我们把计算的RESP电荷填入，这个itp里同时还有[bonds]和[angles]等参数。我隐约意识到sobtop在生成itp的时候要选择根据什么力场，选择GAFF的话说明生成的itp里的参数是与GAFF相关的。
但我老感觉还缺了点啥，就是不同的力场里有关成键项和非键项的那一堆计算公式在哪呢？系统是根据什么字段来选择哪个力场的计算公式的呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-11 00:14

Fencros7y 发表于 2022-9-10 21:42
sob老师，这个问题还是希望您继续讲解一下，我理解得有点慢。
我看您的讲义里的对于基础知识的介绍逻辑 ...

除了少数特殊情况外，非键项的静电部分取决于[atoms]里设的原子电荷，范德华部分取决于[atomtypes]里定义的LJ参数。成键相关的项怎么确定的，我的培训里说了

(, 下载次数 Times of downloads: 17)
变量对应的值、[bondtypes]字段也可以不在ffbonded.itp里定义而在top里其它地方定义

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-9-12 16:17

sobereva 发表于 2022-9-11 00:14
除了少数特殊情况外，非键项的静电部分取决于[atoms]里设的原子电荷，范德华部分取决于[atomtypes]里定义 ...

感谢sob老师，这部分终于明白了。
在具体的操作方面，现在我知道了Zn离子的话可以直接引用力场中的ions.itp
接下来我打算使用sobtop，乙腈分子的话是不是“参数完全基于GAFF”就可以了呢？OTF阴离子的话是”完全基于Hessian得到”还是“bond和angle参数基于Hessian得到，其它部分用GAFF的”比较好呢？
根据老师的介绍，是不是基于Hessian得到的参数大概率会比GAFF精确呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-14 03:07

Fencros7y 发表于 2022-9-12 16:17
感谢sob老师，这部分终于明白了。
在具体的操作方面，现在我知道了Zn离子的话可以直接引用力场中的ions. ...

乙腈和OTF都用GAFF
是。但对于bond、angle项，大多数情况改进可以忽略不计，本来这也不是对结果影响关键的参数

作者
Author: Fencros7y 时间: 2022-9-14 15:01

sobereva 发表于 2022-9-14 03:07
乙腈和OTF都用GAFF
是。但对于bond、angle项，大多数情况改进可以忽略不计，本来这也不是对结果影响关键 ...

独立分子中的bond和angle作用较强，更影响结果的是分子之间的静电作用和范德华力。
我感觉自己对“分子动力学”这个词的理解深入了一点，感谢sob老师在这个帖子中耐心和清晰和解答。

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-24 16:45

sobereva 发表于 2022-9-10 15:31
1 是。如果是下文的脚本，看Gaussian手册scrf部分里溶剂名的写法（http://sobereva.com/g09/k_scrf.htm末尾 ...

老师您好，我也准备用RESP2（0.5）电荷计算类似他这个体系，我之前在文章中看到阴阳离子也要考虑极性作用“Atomic charges of all ions were multiplied by scale factor 0.7 to correct the polarization effect of ions.”是不是也要把阴阳离子乘以0.5啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-10-25 00:48

xjw 发表于 2023-10-24 16:45
老师您好，我也准备用RESP2（0.5）电荷计算类似他这个体系，我之前在文章中看到阴阳离子也要考虑极性作用 ...

你若要按文献里的做法算原子电荷就甭管RESP2(0.5)，你若用RESP2(0.5)就甭管文献

作者
Author: xjw 时间: 2023-10-25 09:41

sobereva 发表于 2023-10-25 00:48
你若要按文献里的做法算原子电荷就甭管RESP2(0.5)，你若用RESP2(0.5)就甭管文献

收到，谢谢老师

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