公社群聊Q&A整理：2015.07.18 00 ~ 2015.07.21 20 Concate - 计算化学公社

2015.07.17 23:14:53
Q:
sob老师请问有帖子介绍TS输出文件的各部分讲解的么？
A:
这些零零碎碎的不值得一提的不会去写帖子的
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2015.07.17 23:27:28
Q:
请问下各位老师高斯09计算出的结果怎样得到准确的带隙呢？ Multiwfn好像不能生成能带图？
A:
本来multiwfn就不是干这个的。
能带图需要做PBC计算
Q:
老师你好
A:
分子体系就是对应HOMO-LUMO gap，
如果是高斯做PBC计算，则输出文件中搜索indirect gap就能找到。
Q:
我们这边的老师教我们直接从DOS图上得出是不是不准啊
A:
准
[图片]
黑箭头就是带隙
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2015.07.17 23:32:43
Q:
老师，二价Zn, MP2=-62.7909793。一价Zn，MP2=-63.3951151。从结果来看好像一价Zn更稳定。错在哪里？
A:
描述太含糊。
Zn2+得一个电子能量自然要降低
Q:
就单纯的算了一下一价和二价的能量
不是说能量越低越稳定的嘛
A:
问题考虑得过于简单了
Q:
它们的区别在于电子数不同。意思是电子数不同的东西没有可比性吗？
A:
你得考虑外环境，诸如溶剂效应等等多方面因素。
你现在等于只是计算Zn+到Zn2+的电离能，显然是正的。
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2015.07.17 23:40:46
Q:
sob 老师请问一下怎么把两个有机分子（近似平面的结构）用DFT-B3LYP 优化之后的结构还是能够保持在一个平面呢多谢
A:
你先直接优化，看结果什么样
Q:
优化之后很扭曲啊
A:
该是什么样就是什么样，人为乱限制没有意义。
非要保持就把相关的二面角在优化过程中冻住
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2015.07.17 23:57:08
Q:
请问sob老师在freq计算中用isotope代替用的是非isotope优化后的结构吗还是重新优化结构
A:
同位素设定不影响结构
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2015.07.18 00:13:28
Q:
sob老师，请问用MULTIWFN看红外，用16找到最大最小的时候，怎么把折现数据显示出来，或者导出来可见呢
A:
选0不就做出图了？帖子里都有说明。
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2015.07.18 00:19:49
Q:
[图片]想问一下这个轨道贡献百分比为负值是什么意思谢谢
A:
这么写根本不合理
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2015.07.18 00:38:02
Q:
问一下，这个培训对分子模拟有帮助吗？我主要想学习分子动力学模拟~
A:
Hongyibaixue 动力学模拟明年会有gromacs的班
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2015.07.18 01:07:35
Q:
sob老师，基态的最稳定自旋多重度是4，那么算激发态时自旋多重度还是设置4吗？
A:
是
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2015.07.18 02:17:46
Q:
请教老师，在计算AdNDP时设置的阈值这个数？是依据什么选择1.7或者1.9一类数？还是这个值是界定在1~2之间的任意数字？~就是不明白这个阈值的设定，我试了几个数，以后2c-2e、3c-2e~~~~都不一样，谢谢老师
A:
随便设，只影响输出的轨道多少，关键是看你自己取出来多少
Q:
老师现在存在一个问题，上千个轨道不能在同一个界面中显示，我该怎么知道我想选取轨道是哪几个？谢谢老师
A:
阈值别设太低
而且占据数最高的最后输出，不用管前面的
Q:
在搜索完3c-2e后还需要重新设定阈值吗？在进行4c-2e的搜索吗？
A:
just try
Q:
好的谢谢老师
[图片]老师出现这个问题就是需要重新阈值吗？
A:
对
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2015.07.18 03:01:10
Q:
老师那个值我是把out文件导入到GaussSum软件里得出的
老师那个值我是把out文件导入到GaussSum软件里得出的数据
A:
GaussSum是个很糟糕的程序，不要用它
怎么算在这文章里写得很清楚，Multiwfn也能直接给出
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2015.07.18 04:17:12
Q:
PM7与PM6的区别
是什么
A:
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
写得很清楚
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2015.07.18 05:25:38
Q:
各位高手，我计算完一个C、H、O分子的NMR后怎么看化学位移和H-H耦合常数啊
我的输入文件是“# nmr=(giao,spinspin,mixed) rb3lyp/6-31g(d)”
[图片]看到这么多数据我都蒙了
Isotr那表示的是化学位移
A:
那不是化学位移，而是磁屏蔽张量的各向同性值。减去参考物质才是化学位移
[图片]
[图片]
[图片]
spinspin
[图片]
Q:
sob老师，想问一下，这里的[图片]，后面的减数是个固定值么？就是只要是H就减去24.02，C就减去54.55么？
A:
是前面那个幻灯片算出来的TMS参考值
每个计算级别参考值都不同，都得先自己算一次
Q:
老师，还是没有明白。幻灯片17上就只有计算出的[图片]
TMS参考值应该在哪个位置找呢
A:
看错了。
你粗红线部分算的是苯的isotropic值
红框就是参考值
Q:
啊原来是这样恩后面的那个54.02 54.55是在哪里找呢
A:
苯的NMR输出文件里
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2015.07.18 05:25:38
Q:
[图片]老师，这里所说的VB-CB是不是可以认为就是众多的HOMO-LUMO的结合体呢？tppe是一个配体，1a是一个三维聚合物。
也就是VB可以认为是HOMO CB可以认为是LUMO？
A:
对分子体系gap是E(LUMO)-E(HOMO)，对周期性体系是E(LUCO)-E(HOCO)
你了解k点、能带的基础知识就明白了。
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2015.07.18 11:36:20
Q:
请问各位老师，请问高斯计算 basis set 数=400左右的大分子有什么好的加速方法吗？目前用的是linux，计算300个basis set 高斯是把积分保存在内存里（In-core），用了9GB内存，但是用 Basis set = 400的分子的话（理论上需要约27GB内存，我的只有24GB），高斯用 SCF=direct , 感觉有点浪费机子的配置啊，是否有折衷选择呢？
你用的是什么方法？具体用的什么基组？
Gaussian09 默认的是 SCF=direct
我用的是高斯默认的方法。算小点的分子300个basis function 确实能使用 in core, 内存消耗和理论值是一样的。
Incore关键字我从来没跑成功过
基组是631+G*，方法是unrestricted -M062X
A:
化工，量化 400个基函数一点都不多。本来内存够incore要求的场合就不多，所以不要以为direct吃亏了，而是应当认为能用incore时算是赚了。
Q:
感觉高斯的direct有一些还是在硬盘上
这确实是个办法……incore好像只快了不到1倍的样子
A:
往往不止一倍，incore在迭代时飞快
direct不会写多少东西在硬盘上
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2015.07.18 16:42:51
Q:
The OPLS force field has been chosen instead of the pure AMBER force field to simulate liquid crystalline molecules since nonbond interactions are better represented with the OPLS in the liquid phase16 force field and that they play a dominant role in the formation of
mesophases. The OPLS force field has been parametrized by fitting the intermolecular potentials between organic molecules in the liquid phase 老师，请问怎么实现这个力场呀
A:
程序支持就能用
诸如gromacs
Q:
是的，我现在就是用GMX，可是我不会怎么实现这个，请老师指导
[图片]
A:
自己根据OPLS力场的原子定义写gmx拓扑文件
要么就用MKTOP自动生成gmx在OPLS力场下的拓扑文件
Q:
老师，能稍微详细一点么，这个关卡我已经整了很长时间了，一点头绪都没有
A:
现在太忙
Q:
那我去论坛发个贴子，等老师有时间的时候麻烦指导一下，好么
A:
几种生成有机分子Gromacs拓扑文件的工具
http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html
Q:
我已经用antechamber生成了amber力场的top，意思我爱用mktop生成OPLS的top？
然后怎么合并？
我如果没有理解错误，要讲amber立场中的一部分能量相替换成OPLS中的能量相
A:
模拟什么体系？
Q:
液晶
A:
用OPLS就完事了，和amber力场此时完全无关了
Q:
OPLS在液态的时候是可以的，可是在晶态的时候是不是表现不够理想，因为我看了好多文献都是经过修正的
A:
按文献里该怎么修正怎么修正
Q:
而且由此发展了一个所谓的Liquid crystal force field
我现在就是不会修正，我都不知道动哪个文件。。。[Emoticon]看手册看了好久都没切入点
我找Sob是我实在不知道该怎么办了，给我点建议吧
A:
改share\top\oplsaa.ff里的文件
先看此贴和手册并且琢磨，搞清楚力场文件的格式和定义方式
gromacs决定力场参数的方式
http://sobereva.com/4
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2015.07.18 17:35:03
Q:
老师，我在服务器上安装了materials studio，想用其中的castep进行计算，不知道该如何使用，请问我该去哪里查看使用说明呢？
A:
HELP
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2015.07.18 18:38:47
Q:
sob老师，gaussian的cubegen计算时调用的内存memory默认是多少，可以自定义吗？我的电脑是6核（任务管理器显示，调用的是2G）。体系较大大，但coarse精度太低，选的medium，都半个多小时了。[图片]
A:
没因为内存不够而报错就不用管它
提示内存不够你再设大
Q:
抱歉，写错了。我的电脑是6G内存，但是调用的是2G，有没有方法可以加快计算？
A:
你算的什么函数？
Q:
ESP
A:
没办法加速
要么就用小点的基组
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2015.07.18 18:43:24
Q:
老师，计算NMR，一般的有机分子，用老师昨天贴的这个泛函机组就可以吧[图片]
A:
对
但用pcS计算更划算
[图片]
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2015.07.18 18:55:23
Q:
请问一下在同一个体系中
对C H O 采用6-31++G(d,p)基组
对Pd(钯)采用LANL2DZ
会不会造成基组的不平衡
啊
我以前问过现在想再确认一次
谢谢啊
A:
颇反感一段话拆成好几句发
Q:
哦
A:
不会
Q:
请问一下在同一个体系中对C H O 采用6-31++G(d,p)基组对Pd(钯)采用LANL2DZ 会不会造成基组的不平衡
因为对C H O 用了弥散和极化但是Pd却没有
A:
不用担心
尽管我不推荐这种组合
Q:
那一般什么情况下会出现基组的不平衡
因为我的H 可能带负电荷所以对H我是加了弥散的
A:
别搞得太离谱，比如2-zeta配一个4-zeta。或者一些带一堆极化另一些没有极化
lanl2DZ有d函数，虽然对过渡金属不算极化，但也起码和轻原子一样也有d了，不算不平衡
Q:
那也就是说LANL2DZ考虑d轨道还考虑了别的轨道了？
A:
过渡金属价层以及亚价层，包括s,p,d都考虑了
Q:
对于金属原子的可以用LANL2DZ外，可以用6-311+g**来计算么？精度如何？
或者有比LANL2DZ基组精度更好的赝势基组么？
A:
Lanl2TZ、SDD、cc-pVnZ-PP、def2系列都比它好
第一周期过渡金属可以用6-311+G**
lanl2DZ精度一般，好处就是便宜，近似于轻原子6-31G*那个档。几乎没有比lanl2DZ更便宜还能用的了
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2015.07.18 19:09:10
Q:
老师，对于优化的每一个分子构型都要与剑桥数据库实际晶体数据对比吗？
A:
不用
Q:
我优化反应物的构型是对的，只是构象有差异，一做计算老师说需要与数据库数据对比说明构象不同的原因啊？
A:
如果分子稍有柔性，就根本没必要和晶体去对比。外环境都不一样，本身就没有严格的可比性。氢原子位置更是差异很大。
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2015.07.18 19:15:14
Q:
“ 如果只想研究价层激发而忽略里德堡激发”: 什么情况下需要只研究价层激发呢？是实验方法或现象不一样吗？
A:
一些理论目的的研究就是不需要里德堡激发
Q:
里德堡激发中 n->p, n指什么?
A:
孤对电子
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2015.07.18 19:18:33
Q:
我想请问下，MS中castep模块中计算O2单三态能量差的问题，我计算的相差30kJ/mol，而实际上应该相差90kJ/mol左右，谢谢解惑！
A:
DFT本来就算这个算不准。之前回复过类似问题
Sobereva(190258442) 23:25:25
早上有人问氧气单三重态能量差。刚才顺手算了下。
实验的能量差是22.64 kcal/mol（S-T态极小点能量差）
基于实验键长，def2TZVP，CAS(6,8)下计算结果为20.557kcal/mol。基于CAS(6,8)做OVB-MP2结果为22.217kcal/mol，和实验符合极好。
Q:
可是我不是用高斯，molpro（这个我做的能量差也很近）等量化软件做的，使用的是MS
A:
那就没办法！
MS本来就没法做小分子高精度计算
Q:
哦！
但是也不能相差得太远
A:
这种体系就是相差太远，不用多参考方法没辙
Q:
那我用VASP应该可以算的比较准一点吧
A:
没用
理论基础相同，谁算都一样
所以别指望第一性原理程序能高精度算小分子
Q:
是不是MS就不适用算O2？
A:
不支持多参考方法的所有程序都这样
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2015.07.18 19:31:52
Q:
我个人认为采用不同的方法算总能肯定会有差异，但是不同的方法在同样的计算精度下（不同方法要想达到同样精度需要的参数差别很大）能量差应该不会特别大，当然有些泛函可能对于分子而言计算结果相对精确一点
A:
不
对静态相关很强的体系，难以考虑静态相关的方法算出来的甚至完全失败，定性都是错的
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2015.07.18 19:51:18
Q:
sob老师能讲一下有哪些体系静态相关会比较强吗?
A:
[图片]
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2015.07.18 20:15:26
Q:
请问sob老师，Gaussian频率分析时出现Inverted reduced A of dimension 4793 with in-core refinement.之后计算就结束了。这是什么原因？@Sobereva
A:
bug
Q:
体系有点大，用的6-311+g**基组，频率分析要好长时间[Emoticon]。重新做能解决问题吗？
A:
振动分析用6-31G*考虑校正因子就足够了，增大基组毫无益处
Q:
可是之前优化是在这个水平下做的
要看能量
A:
在这个水平再优化也多费不了什么时间
Q:
是不是说这次退出是一个偶然的bug？
A:
再做一次，还这样就换个版本再试
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2015.07.19 00:30:40
Q:
用Multiwfn能看Spin Natural轨道吗
A:
不在于能不能看，而是量化程序能否生成，只要能生成，Multiwfn就能看。高斯做非限制性后HF计算就能得到自旋自然轨道。
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2015.07.19 03:48:38
Q:
求教：跑IRC时出现如下错误该怎么解决？谢谢！[图片]
谢谢
A:
IRC里写上LQA
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2015.07.19 05:00:52
Q:
我刚接触TDDFT，请教下各位一个问题。我用TDDFT算一个配合物的紫外可见光谱，体系无共轭，实验在460nm处有吸收峰，计算结果也显示在那里有激发，但f=0。请问我改用其他泛函和基组有没有可能得到在这个波长下f≠0的结果呢？我用的泛函是cam-b3lyp，非金属原子用6-311++G**，金属用SDD
一直到200 nm处才有f不为0的峰……其实我实验测得460的峰也不是很强，1mM浓度时峰高为0.1左右，但这个峰对我的体系比较重要
A:
just try其它泛函。氢的弥散函数没用。
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2015.07.19 05:12:41
Q:
求问最容易implement的mm力场是哪个？有没有关于mm力场编程比较好的入门参考资料？
A:
amber、gromos，函数形式都很简单，参数公开，容易实现
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2015.07.19 06:01:39
Q:
请问，读取check文件，是不是只要加 guess=read geom=checkpoint这两个关键词即可？
A:
从check文件里可以读取各种各样的信息用于不同的目的和任务。你写的只是从中读取初猜波函数和结构。
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2015.07.19 06:18:52
Q:
PED势能分布不是可以直接读取嘛
A:
没法直接读取。
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2015.07.19 07:04:20
Q:
sob老师，你做gmx石墨烯的时候，g_x2top的时候，kb,kt,kp取值是多少？是怎么做的呢？查文献还是量化算的？
A:
这不重要，随便取个不离谱的就足够了。重点不是表现石墨烯的柔性。
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2015.07.19 12:44:30
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
[图片]
和分子数完全无关，看溶剂起到的作用。能用隐式溶剂模型就用隐式，迫不得已的时候再用显式。
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2015.07.19 12:44:30
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
必然有正有负。不清楚你的意思。
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2015.07.19 12:46:44
Q:
氢的弥散函数对于氢键也没用么？
A:
对
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2015.07.19 16:59:38
Q:
打算在QCISD/6-31+G*水平上对一个体系进行单点能计算，计算节点有512G内存，6t硬盘空间。用QCISD=FULLDIRECT的时候出错，提示缺120G内存空间。请问有没有好的解决方案？
体系总共有780个基函数。
A:
我只能说，QCISD/6-31+G*这个组合实在糟糕
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2015.07.19 17:19:40
Q:
请问sob老师，我想看看线性响应TDDFT的code，不知道你知道哪儿有不？
A:
开源的量化程序都可以作为参考
诸如GAMESS-US
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2015.07.19 17:23:42
Q:
[图片]sob老师这样的窗口重合怎样？@Sobereva
A:
似乎不错
Q:
感觉上重合还可以，计算出来的PMF曲线也比较平滑，这个照您传的例子做的！（做了点修改）
A:
good
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2015.07.19 17:44:29
Q:
您可以帮忙找下LDH晶胞结构吗，cif格式
A:
不可以
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2015.07.19 19:21:22
Q:
请教Sob老师，我为了跟X射线光谱的实验数据对照，想考察一下内层1s电子被激发到p轨道以及成为自由电子后体系结构的变化。请问这如何在激发态计算时设置呢？谢谢
A:
激发走的状态可以用特殊的赝势来做，细节可以问群里的大鹏
激发到p，可以做电子激发计算的时候把要考虑的占据轨道和空轨道的范围分别就设成1s和那个p轨道。ORCA例子库（https://sites.google.com/site/orcainputlibrary/）上记得有例子。
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2015.07.19 20:06:21
A:
不能。
自己用chemdraw画一个，MMFF94简单优化下，量一下即可
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2015.07.19 20:06:21
Q:
[图片]
老师您好，我的结构优化老是这里停了
什么原因呢
老师我做结构优化我这老是在fname=.gxx.scr fd=-1
open-new-file
这里就停了是什么情况呢
A:
如果什么体系都这样，把GAUSS_SCRDIR环境变量指定到其它目录试试
Q:
也就是说把gauss主程序装到其他盘么
A:
不是
只是让你把临时文件目录设到别的目录
Q:
[图片] 随便什么目录？是不是换个盘好点？
A:
windows版根本不需要这么设GAUSS_SCRDIR。在这里设
[图片]
Q:
[图片] 把这个改一下就行了么
A:
just try
Q:
好的谢谢
话说回来这个gaussian preferences 和环境变量哪个权限高呢？
为什么我改了环境变量位置后这个preferences 值没有变呢？
A:
windows版别那么设环境变量
Q:
好的那我把那两个环境变量值删了吧
[图片] 那以后能这样交任务么
A:
不能
Q:
那怎么交好呢?
感觉这样不容易link died
A:
老老实实用图形界面
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2015.07.19 22:12:15
Q:
sob老师我的一个过渡态优化成这个样[图片]，还有继续优化下去的必要么？
A:
无
Q:
出现这种情况是不是过渡态设计的不合理?
A:
没直接关系
Q:
那出现成这个样，是可以停止继续优化么？
调整结构后再重新计算么
A:
和结构没多大关系
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Q:
sob老师这个对TS计算也有用么？
A:
大部分都适用
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2015.07.19 22:27:20
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
近期巨忙，这些过于基础的问题没时间回复。
顺便也说一下，近期不接受任何一般性计算化学问题的私聊（平时也很反感这类私聊）
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2015.07.19 23:13:28
Q:
请教各位老师就是看一个看一个矩阵的对角矩阵元是需要将矩阵对角化还是直接看呢
A:
直接看。
对角化之后就成了矩阵的本征值了。
Q:
哦哦那么矩阵跟矩阵元有什么区别吗老是看到矩阵元这个概念
A:
矩阵元：矩阵里的一个元素
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2015.07.20 01:41:36
Q:
高斯软件是开源的吗？
A:
当然不开源。代码得花钱买，还不一定卖给你
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2015.07.20 02:11:45
Q:
[图片]。 Sob老师，RDG等直面太多，所以我按照Multiwfn手册4.13.4节的操作做到这一步，只想要方框中的部分。请问，显示成这样儿应该不是我前期处理的问题吧？（可和我预想的不一样，感觉应该是整个分子正常显示，RDG图只显示方框那一部分）。现在这个图没有办法用。我想用VMD把方框外面的原子直接不显示，可在右侧的Gra..Pepre该怎样设置，Selected Atoms呈灰色了。实在不行，用PS把其它部分直接涂掉？
A:
处理格点数据的时候数值设得不合理
你得让分界面里面的区域和外面的区域的函数数值之间不能跨越你设的isovalue才行，否则肯定在分界面位置显示出等值面
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2015.07.20 03:21:56
Q:
老师，我看简介ADF特别适用于过渡金属化合物。化学分析方法包括键能降解，碎片轨道和电荷降解等等，请问ADF的功能高斯与multiwfn软件能解决吗，我看的文献大部分用ADF算动力学模拟（催化剂活性与单体浓度关系等）
A:
那不叫降解，叫分解。
ADF算过渡金属并没什么特殊的，ORCA、高斯照样算得好好的。
分析无非就是个ETS-NOCV而已。用Multiwfn做CDA电荷转移分解分析、GAMESS-US做LMOEDA能量分解都很好。
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2015.07.20 07:38:35
Q:
暑期班就要开了，要提前看哪些资料比较好啊！前辈们推荐一下！
A:
可以从“初级”里面找本看看，公社邮箱里都有
Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods侧重实用，不熟悉高斯的话可以先看这个预习一下。Molecular Modeling Basics很薄，主要讲理论，如果对理论毫无基础，看看这个预习也可以。
[图片]
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2015.07.20 13:18:08
Q:
想问一下，培训班报名是否有截止时间？
A:
8月1日
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2015.07.20 15:55:17
Q:
请问，NAO, PNAO, NHO, NBO,和NLMO分别都是怎么定义的？我只知道NO是一阶密度矩阵的本征函数，不过为啥密度矩阵还有几阶的区分呢？@Sobereva（大神！思想家公社）
A:
怎么定义的看这里的资料
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=102
[图片]
[图片]
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2015.07.20 16:10:51
Q:
sob老师，请问Multiwfn 软件能够计算出分子的电荷中心和质心吗？谢谢
A:
有核电荷中心和电子电荷中心
对于中性体系，偶极矩可以写为q*r，q是核电荷数，矢量r是电子电荷中心减去核电荷的中心。高斯计算时默认就会把分子的核电荷中心挪到坐标原点，所以你根据输出的偶极矩就可以判断电子电荷中心的位置。
Q:
那直接在高斯view里显示坐标轴，是不是坐标原点就是核电荷中心？
A:
是
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2015.07.20 16:36:57
Q:
NAO相当于某原子ns np nd等轨道，NHO相当于中心原子杂化之后的轨道，NBO相当于两个NHO之间成键之后的轨道。NLMO相当于在此基础上改进？这么理解对么？@Sobereva
A:
NBO有很多种，比如单中心的LP*、CR，这就不是NHO构成的。只能说BD型NBO是NHO组合成的
NLMO算不上是改进，只不过是为了满足一般意义的定域化轨道占据数为整数的这一点而搞出来的。
Q:
soga，有点清晰了
那像水分子，为什么计算出来的lp电子方向不是四面体方向，而是有点类似sp2杂化呢
A:
这里有专门讨论
使用Multiwfn做拓扑分析以及计算孤对电子角度
http://sobereva.com/108
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2015.07.20 16:54:33
Q:
请教老师我用multiwfn计算AdNDP时搜索7c-2e时，从周六晚上七点开始计算，到现在还是这种状态[图片]正常吗？谢谢老师
A:
这太暴力了，对于大体系，7中心直接完整搜索耗时太长。
应该凭借化学直觉去引导程序怎么搜索，即设定要搜索的原子区域。局部一块一块地搜索。
要不然自动搜索7个原子时，其中有的离得老远，搜索这种组合肯定没有意义。
Q:
那就是在6算完之后重新设定搜素原子区域，还是打开程序直接设定搜索7个原子区域？谢谢老师~
A:
自行定义哪些原子在接下来的搜索被考虑
博文里搜索phenanthrene那个例子就是，将搜索指定在两侧的六元环上
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2015.07.20 17:16:53
Q:
老师，那个量子化学暑假的课，对于我这种没有基础的人适用吗？我是非化学专业出身的。
A:
适用
Q:
那边住宿的地方多不多
开会的附近
A:
楼下就是宾馆
Q:
那个房源紧张还没订呢
楼下的宾馆很贵吧
A:
不贵
标准价格
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2015.07.20 17:28:37
Q:
请问Sob老师，用Multiwfn做静电场势分析，论文中都需要引用哪几个文献？
除了这篇Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comp. Chem. 33, 580-592 (2012)，还需要引用哪几个文献？
A:
一个是Multiwfn原文，另一个就是Tian Lu, Feiwu Chen, J. Mol. Graph. Model., 38, 314-323 (2012)。
此文介绍了Multiwfn中定量分子表面分析算法的细节
Q:
Tian Lu, Feiwu Chen, J. Comp. Chem. 33, 580-592 (2012)，
Tian Lu, Feiwu Chen, J. Mol. Graph. Model., 38, 314-323 (2012)。
这两篇文献群文件里可有？网上的半天下载不下来
A:
群共享[图片]
另一个也传群共享里了
Q:
Sob老师，http://sobereva.com/196，这个帖子中静电势的分析是不是基于AIM的分析？
A:
和AIM无关
Q:
哦，那是。。。？
A:
JMGM文章里有介绍
Q:
审稿人说to understand and classify the interactions I would recommend the use of Atoms in Molecules (AIM) or Reduced Density Gradient Analysis (RDG), both very valuable methods in the identification of molecular interactions. 那你看看用什么工具分析比较好？
A:
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252
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2015.07.20 17:50:37
Q:
NBO 计算出的 LP成分也是不准的？不只是方向？
A:
不能说不准。只不过对孤对电子的描述有不同的视角。
Q:
[图片]按理说，这两个sp也该是1:3
A:
单中心的LP没必要1:3。有的LP就是单个p
Q:
这个是NBO的局限？还是实际就是这样的？依据杂化理论，即使LP也应该是1:3啊
A:
不是啊，比如苯胺，NH2是平面的，垂直于NH2的那个LP就是闲着的N的p
至于苯酚，NBO的LP的杂化的描述和教科书上那种sp3也不一样
Q:
苯胺那种不是由于张力过大导致的平面么？
NLMO中O上的孤对电子有一对是离域的虽然也算作孤对电子，但是在Z轴方向上了
苯酚nbo算出来是sp2啊
A:
就是sp2。
Q:
另外还有一对应该是与苯环共面了，这个是n-pi共轭
A:
都是说法问题
Q:
OK
有点蒙…
A:
同样的问题，不同角度描述不一样。比如两种定域化方法考虑双键，虽然物理上等价，但是图形上不一样
[图片]
类似于你可以将占据轨道以任意方式酉变换，而不影响体系性质
Q:
可以理解成nbo和杂化理论之间的区别呗
哦，原来如此[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
算是吧，教科书上的杂化理论本身也有人为主观成分
你如果让sp2+p两个孤对电子转化成两个sp3描述，其实物理本质是一样的
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2015.07.20 18:02:13
Q:
波函数分析软件如何控制内存
A:
你得看什么程序
手册里都有写
----------------------------------------------------
2015.07.20 18:04:27
Q:
大神，UKS method 是什么计算方法，gaussian的关键词是什么？[Emoticon][Emoticon]
A:
比如非限制性开壳层做KS-DFT计算，比如UB3LYP
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2015.07.20 18:06:32
Q:
sob老师如果有磁性的体系加上总电子数为偶数想要开壳计算其上下自旋态除了加U 还要其他设置吗
A:
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82
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2015.07.20 18:09:55
Q:
我想问一下怎么算偶极距
A:
高斯输出文件末尾就有
Q:
老师是td文件还是结构优化文件
A:
结构优化文件
----------------------------------------------------
2015.07.20 18:12:53
Q:
[图片]是在这一段里面找吗
A:
用gview打开out文件
在Results-Charge Distribution里可看到偶极矩。
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2015.07.20 18:18:48
Q:
大神，计算激发态时，怎么看和输出跃迁性质，就是π-π*还是n-π*，怎么看跃迁贡献百分比，哪个基团到哪个基团的跃迁，看是MLCT还是LLCT呢？？[Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
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2015.07.20 18:20:52
Q:
老师就是一个分子和水分子结合形成的氢键能怎么算@Sobereva
A:
[图片]
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2015.07.20 18:22:22
Q:
请问我画了ELF分析的这种图[图片]但是Valence basin population具体的值怎么得出的？还是说只能画盆图才能知道？
A:
使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析
http://sobereva.com/179
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2015.07.20 18:28:58
Q:
[图片]为什么这个认为是O的p轨道而非C=O的π*轨道？
A:
仔细看过图解电子激发分类那篇就自然明白了
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2015.07.20 18:55:52
Q:
老师：您好！在把out文件转换成wfn文件的过程中，提示说输入文件有误，我是按照您[图片]来的。可以麻烦您帮我看看吗？输入文件如下：
[图片] 风飞分享文件 10:56:07
"Fe-b3lyp(+)-WFn.gjf" 下载
A:
末尾改成
N B H C 0
6-311++g**
****
Fe 0
sdd
****
Fe 0
sdd
C:\Fe.wfn
----------------------------------------------------
2015.07.20 21:42:06
Q:
[图片]老师，这是电子密度差分图，黄色的是电子增多的地方，蓝绿色的是电子减少的地方，但是蓝绿色的地方在这个物质的周围空间里，这个现象怎么解释？图是否正确？@【传说】Sobereva
A:
这图完全看不清楚。作图过程估计肯定不对，诸如原子坐标不对应
应该是坐标肯定不对应，每个蓝点是某个片段的原子核位置
Q:
坐标是有变化，但做差值的时候，原子的序号是对应的，没有变
A:
坐标不对应则密度差图毫无意义！
Q:
自旋的密度差分图也毫无意义？
A:
显然
Q:
坐标不对应，但是原子序号完全对应的两个结构，如何做出密度差分图呢？有做这种图的程序吗？@Sobereva
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
坐标不对应用什么程序都做不了密度差
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2015.07.20 22:11:20
Q:
sob老师，这里的数值是不是应该为0.15[图片]
sob老师，这里的数值是不是应该为0.1
0.15
好像是多写了一个0？
A:
应该0.15
Q:
恩好的
[图片]老师编号284这篇里面的图少了一个
A:
补上了
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2015.07.20 23:21:32
Q:
gaussian 里面内存单位word 是怎么定义的（或者怎么换算）
A:
1word=8字节
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2015.07.20 23:21:47
Q:
请问Lanl2DZdp 这个基组怎么使用与Lanl2DZ有什么区别
A:
EMSL上就有lanl2DZdp的定义
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2015.07.20 23:25:22
Q:
大家好，我用gaussian想测试下NaCl的结合能随着Na+和Cl-距离的变化（相当于NaCl解离成Na+离子和Cl-离子），发现在两者距离大于5A以后，mp2/aug-cc-pvdz和b3lyp/6-311++G**的曲线都趋于一条直线，但是b3的能量会比mp2的小几十个Kcal/mol。询问了下别人，出现差别原因是因为b3lyp自洽收敛到有近简并轨道的状态，检查log的 Mulliken charges，Na/Cl分别带正负0.5电荷，而不像mp2结果是正负1，所以b3lyp错了。不知道大家是否遇到过这类问题，这说明b3lyp不合适这类的计算吗？还是说初始波函数没有猜好，得读进去一个合理的波函数？其实我尝试过用mp2的chk当作b3lyp计算的初始猜测，还是错的，收敛到电荷离域了。如果想用b3lyp去做，是不是得自己手动调节挑选轨道了？谢谢大家！
谢谢！那么b3lyp就没办法做了？若我尝试调节初始轨道猜测？
A:
和这个没关系
DFT有离域性误差，导致电荷过度离域。对于这种问题还是MP2等后HF合适。
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2015.07.20 23:54:38
Q:
请教一下密度拟合基组相关的博文。除了这篇http://sobereva.com/214。还有其他的么
A:
无
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2015.07.21 00:11:34
Q:
[图片]这两个都是LANL2DZdp 有什么区别呢一般用哪个
具体在gaussian里怎么写还不是很清楚
麻烦谁知的说下请教下啊
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
后者只是前者中的极化函数部分而已
Q:
谢谢啊
那就是用前者比较好啦？
我看文献中有用LANL2DZdp 但不知道是用到哪种的
我看这两种的基组参数差别很大
A:
后者根本不能独立使用
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2015.07.21 00:12:06
Q:
哪位有讲pipi相互作用讲的详细的文献给我推荐片
A:
Angew. Chem. Int. Ed. 2008, 47, 3430 –3434
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2015.07.21 00:21:24
Q:
sob老师，这篇（编号91）的最后一个地方，这里写反了。[图片]
S1 S2位置应该互换
A:
没反啊
Q:
[Emoticon]难道MO 14--16不应该是S0---S1里的么
[Emoticon]不是我理解错了吧
A:
没看看头的输出，这里是反了
没看开头的输出，这里是反了
Q:
嗯嗯
A:
单纯从轨道能量上判断，15->16肯定比14->16低
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2015.07.21 01:00:38
Q:
老师您好，假如我比较cp矫正前后的情况，是不是在假如关键词的时候也要加入opt，freq关键词。而且这样优化结构计算频率在假如cp矫正前后，最后得出的能量、结构信息、以及频率都是不一样的？
A:
Statile 不清楚你的意思。
几何优化、振动分析都不需要做counterpoise考虑BSSE，做的话对结果没多少改进，耗时还猛增。但最好此时基组有弥散函数
仅对相互作用能计算时才有必要用counterpoise
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2015.07.21 01:30:46
Q:
老师：您好！我按照您的步骤做了LOL图，出现的的是这样的。请问我该怎样调？[图片]谢谢！[Emoticon]
A:
操作步骤不对。
手册4.4节有很多做平面图的例子，严格用自带的例子文件按照手册里的步骤一定能正常出结果
Q:
我按照您给的例子做了，结果输出的是好的，我用我的输入就成如上结果，我在想，是不是我得体系和您的不一样，所以按照您之前输入，会出现不同，但是我不知道其中的原因（如：平面，刻度范围····）。老师：可以麻烦您给一个方向吗？
A:
得举一反三
仔细领会每一步操作的含义、目的，仔细观看、理解屏幕上的输出和提示
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2015.07.21 03:13:51
Q:
我想请教下一个作业里包括全电子基组和两种赝势基组，该怎么写？这个是我写入的作业哪位帮我看下是否正确呢？[图片][图片]
谢谢啊
老师，问下动力学中的LJ参数和电荷是相互独立的还是耦合的呢？
A:
原理上是相互独立的，但是在拟合参数的时候有一定的耦合。
Q:
请问老师您帮我看看这样写对吗我有看过详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入但是没有举例说三种基组的
A:
基组写得乱七八糟，简单问题搞复杂
C H Cl P 0
6-311G**
****
Fe 0
lanl2dz
****
Fe 0
lanl2dz
就完事了
Q:
但是我需要计算I原子
我想用6-311++G(d,p)算C H，用LANDL2DZ算除I以外的，用LANDL2DZdp算i
i
I
A:
甭乱用
最简单的写法：# B3LYP/def2SVP
Q:
这种情况怎么写呢还有一般算含I的体系用什么基组呢
不懂你写的那基组参数不用给吗
A:
def2SVP几乎全周期表都覆盖了
lanl2dzdp这种破东西别用它
第三周期用lanl2dz只会降低精度
Q:
那我算键的弱相互作用就是您说的这个M062X/def2SVP 这么用就可以了吗其他的坐标下面不要写任何东西了吗
A:
算碘：
LANL08(d)
SDD
cc-pVnZ-PP
def2系列
弱相互作用用def2SVP小了
Q:
cc-pVTZ-PP 我有用过算I 泛函是M062X 但是就是不能正常出来
A:
DFT用cc-pVnZ-PP纯属浪费
Q:
AB分子在一起的算不出来但是单独算A 或者B就行
A:
那是给后HF用的
是你操作问题，不是组合问题
Q:
那您建议我用什么基组和泛函算弱相互作用比较合适呢
A:
乱谈DFT-D
http://sobereva.com/83
大体系弱相互作用计算的解决之道
http://sobereva.com/214
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2015.07.21 03:22:06
Q:
那应该是不能将一篇文献的电荷和另一篇的LJ参数拿来直接用吧
这个相互耦合的程度大概有多大？会影响最终模拟结果么……
A:
还得看前者的LJ参数怎么来的，后者的原子电荷怎么来的，不好说
----------------------------------------------------
2015.07.21 03:47:44
Q:
老师，您有没有写过基组选择，相关的帖子可看
A:
[图片]
[图片]
[图片]
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
弱相互作用基组的选用在前面提到的两个博文里有详细讨论
[图片]
Q:
多谢
A:
至于全电子相对论计算的基组在这里开头有简要讨论
http://sobereva.com/156
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2015.07.21 04:35:31
Q:
通过拓扑计算出电子密度那么laplacian 和能量密度是不是可以直接求出来
A:
Multiwfn直接就能输出这些
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2015.07.21 04:36:16
Q:
弱弱地问一个问题哈，半经验方法适用于周期性边界条件么? 比如用 GaussView 里的 PBC 设置好之后，拿半经验的方法来优化一下结构。
A:
高斯半经验不支持PBC
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2015.07.21 04:40:07
Q:
好的还有个问题文章要求的核磁图片格式Mestrenova直接输出的tiff可以么会不会太大了
可以的
文章都是放TIFF的
TIFF清楚
好的
其实吧，只要分辨率达到 600 dpi， PNG 和 TIFF 清晰度差不多，文件还更小
A:
png完胜tiff
Q:
我个人更喜欢 PNG 格式的
A:
有了png就基本没有tiff存在价值了，只不过众多期刊不与时俱进
Q:
[图片] 确实小了不少噢[Emoticon]
A:
p站要么png要么jpg
Q:
ACS 好像接受 .png 格式的图
我习惯了TIFF的图。。不过确实很大
A:
对于色彩变化比较少的情况，png甚至比jpg还小，而且还无损。我写博文、帖子经常用png
Q:
总的来说还是TIFF清楚把
A:
不，都无损
[图片]
png是大势所趋
Q:
那么eps呢？
A:
我不怎么用eps
每天在p站扫平均四百张图，png已经占了半数多了
Q:
depends吧，如果是只有点线的矢量图用eps会小很多
eps可以直接插入word, 也可以用观看pdf的工具打开
A:
只有点线的矢量图通常色彩变化少，png其实也很小，还省事
Multiwfn都是用png作为默认格式，输出比如1600*1000的光谱图才40KB
Q:
那的确很小
A:
基本上色彩变化不丰富的，或者只是局部丰富的，现在我一律用png
Q:
不过经常存成png以后感觉信息丢失很多，这是设置的问题吗？
A:
不丢失啊
Q:
不是指Multiwfn, 嗯，比如matlab, 感觉存成png信息丢失特别严重
A:
就跟CD抓成flac、tta、tak、ape似的...
原理上不会丢失的，至少是图像本身层面上
----------------------------------------------------
2015.07.21 17:15:27
Q:
各位好！请问那种跃迁属于磁偶极跃迁？谢谢！
A:
你就看哪些跃迁磁偶极矩不为0。高斯激发态计算完了就输出跃迁磁偶极矩。
Multiwfn主功能200的子功能10也可以计算体系中各个轨道间的跃迁磁偶极矩，由此也可以分析不同轨道对儿主导的电子跃迁是否是允许的。
Q:
再问，sob老师，磁偶极跃迁的两个轨道是不是正交才允许啊！谢谢！
A:
显然不是。
本来半经验/HF/DFT算出来的MO轨道就全都是彼此正交的
----------------------------------------------------
2015.07.21 17:36:35
Q:
哦，那么自旋禁阻的自旋-轨道耦合电子跃迁的驱动力来源是什么！谢谢！
A:
旋轨耦合，导致原本自旋禁阻的跃迁的跃迁电偶极矩不为零，因此振子强度不为0。
----------------------------------------------------
2015.07.21 17:40:32
Q:
优化分子结构时，基组选定有什么要注意的？
A:
昨天晚上发了好多幻灯片，参考那些
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2015.07.21 17:42:59
Q:
老师您好，请问较样一般要多久？
A:
视期刊而定。
从文章接收到给你校样一般一个多月以内
----------------------------------------------------
2015.07.21 17:50:48
Q:
[图片]老师，我一直不懂这种输入文件是什么意思，我一般用高斯计算的时候，只是画出几何构型优化计算，设置一下就运行，它这输入文件是怎么回事？
A:
看Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods 2ed
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2015.07.21 17:56:14
Q:
我想请问一下gamess软件从哪里下载？我要做FMO分析。谢谢！
A:
官网
Q:
是不是需要申请？
A:
just自行去看
Q:
好的，谢谢O(∩_∩)O
A:
这里也可以下http://pan.baidu.com/s/1eQiZsfo
包括
2014-Dec
2013-May
2012-May
2011-Aug
2010-Oct
2009-May(R3)
----------------------------------------------------
2015.07.21 18:05:29
Q:
有没有网络班的
A:
没有
----------------------------------------------------
2015.07.21 18:08:54
Q:
[图片]用sob老师的程序做味道分析时，出现这种情况是因为什么？非常感谢
A:
片段计算用的基组和复合物计算时不严格一致
只有所有片段的基函数加和和复合物计算时一致时才能做CDA
Q:
我的片段是分成两部分计算的，一部分用了lan2dz，另一部分是6-31g（d），这两者是不是必须统一？
我再试试，谢谢sob老师
A:
单独用6-31G*的时候得写上5d 7f关键词。否则默认用的是笛卡尔型基函数，而非lanl2dz时默认用的球谐型基函数。两类形式的高斯基函数对于d,f,g...壳层的数目是不同的。
Q:
这个程序需要的是笛卡尔坐标系，对于lanl2dz该怎么处理？
A:
照常写啊
----------------------------------------------------
2015.07.21 18:18:53
Q:
Multiwfn程序怎么研究配位反应？
A:
能讨论的问题和分析方法在这里有详述
Multiwfn波函数分析程序的意义、功能与用途
http://sobereva.com/184
选择和研究有关的
算mayer键级看看（别用弥散函数）
Q:
[图片]
我做出来有一个rdg图，中间怎么是空的？
看上去不这么美观
中心金属为钒（V)，配体为phen
[图片]
[图片]
[图片]
这里配位作用这么找？
A:
这已经属于强作用而非弱作用，密度超过0.05，被自动截断了。
不想被截断就把settings.ini里的RDG_maxrho设为0
Q:
OK，我早捣鼓一下
老师，中心金属有赝势不影响分析吧
A:
最好用小核赝势，见
在赝势下做波函数分析的一些说明
http://sobereva.com/156
----------------------------------------------------
2015.07.21 18:18:59
Q:
sob老师，对过渡金属配合物用TDDFT算UV-vis光谱的话，溶剂化模型用CPCM和SMD哪个好呢？
A:
SMD
----------------------------------------------------
2015.07.21 19:06:43
Q:
求助VMD中怎么讲蛋白的某一帧保存为一个pdb文件啊？
A:
保存坐标的时候可以选择帧号范围
Q:
或者是amber的prmtop和nc文件，怎么取出某一帧
cpptraj吗？还是VMD？
A:
prmtop里没有坐标信息
ptraj也可以提取
Q:
恩恩，是的
要是在VMD中怎么直接提？
[图片]
A:
file-save coordinate
----------------------------------------------------

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