计算化学公社

标题: 多肽分子建模问题 [打印本页]

作者
Author: 不是兔纸不是猫 时间: 2022-9-12 20:26
标题: 多肽分子建模问题
请问老师和同学们，想l建立如下图所示的模型，每一层9个分子，每个分子之间旋转40°，不同层之间旋转20°，层与层之间5A。暂时没有个思路用什么软件建立，怎么建立，求推荐一些容易上手的，谢谢大家，望指点
(, 下载次数 Times of downloads: 23)

作者
Author: corei70715 时间: 2022-9-13 03:47
Packmol http://sobereva.com/473
或者M$手动转一下，看着不难

作者
Author: 不是兔纸不是猫 时间: 2022-9-13 13:29

corei70715 发表于 2022-9-13 03:47
Packmol http://sobereva.com/473
或者M$手动转一下，看着不难

packmol我会一点，但是具体怎么能让所有分子都指向圆心一个方向大致思路是什么呢？求指点，谢谢！

作者
Author: corei70715 时间: 2022-9-14 03:58

不是兔纸不是猫发表于 2022-9-13 13:29
packmol我会一点，但是具体怎么能让所有分子都指向圆心一个方向大致思路是什么呢？求指点，谢谢！

比如一端的原子在某个球内，另一端的原子在某个球壳内

作者
Author: 不是兔纸不是猫 时间: 2022-9-14 13:19

corei70715 发表于 2022-9-14 03:58
比如一端的原子在某个球内，另一端的原子在某个球壳内

我试了，一端inside sphere,另一端outside sphere, 但是这样就导致不是所有的多肽都指向一点，请问你说的这个另一端在某个球壳内怎么表示呀，跟球不一样么？

作者
Author: corei70715 时间: 2022-9-15 02:27

不是兔纸不是猫发表于 2022-9-14 13:19
我试了，一端inside sphere,另一端outside sphere, 但是这样就导致不是所有的多肽都指向一点，请问你说的 ...

同时用一个outside sphere和inside sphere就是球壳了

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)