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标题: 求助 gromacs如何得出给定阈值内的壳层水数量 [打印本页]

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-9-13 16:41
标题: 求助 gromacs如何得出给定阈值内的壳层水数量
在模拟过程中，根据径向函数rdf得出了冠醚分子中的c原子与水分子中的o原子的rdf函数为图所示 (, 下载次数 Times of downloads: 13)
规定图中第一个谷内为阈值，大概为0.509nm，即水分子离c原子的距离小于0.509nm视为水分子在分布在冠醚分子附近，接着将模拟过程的路径trr文件转换成了坐标gro文件，现在想用python文件编写一个程序，来判定在模拟过程中，阈值范围内的水分子变化过程图，这个程序应该如何编写

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-9-13 20:59
计算指定原子附近水分子的数量用gmx select就可以了

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-9-14 09:18

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-13 20:59
计算指定原子附近水分子的数量用gmx select就可以了

我去看看谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-15 05:59
写个VMD tcl脚本，循环每一帧，用atomselect选择附近的水（结合within...，参考http://sobereva.com/504），输出atomselect对象的OW原子的数目即是水的数目

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-9-15 09:16

sobereva 发表于 2022-9-15 05:59
写个VMD tcl脚本，循环每一帧，用atomselect选择附近的水（结合within...，参考http://sobereva.com/504） ...

老师如果用gmx mindist命令可以吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 03:40

xuan12138 发表于 2022-9-15 09:16
老师如果用gmx mindist命令可以吗

恰当定义组并结合-group选项可以

作者
Author: xuan12138 时间: 2022-9-16 08:50

sobereva 发表于 2022-9-16 03:40
恰当定义组并结合-group选项可以

好的谢谢老师

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