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标题: 求助萃取体系rcoulomb与rvdw截断值的选取及相分布的困惑 [打印本页]

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Author: sxj886 时间: 2022-9-13 23:20
标题: 求助萃取体系rcoulomb与rvdw截断值的选取及相分布的困惑
各位老师，本人是gromacs的初学者，对于做的萃取体系有些疑问想请教各位老师，可能有表述不当的地方，请多包涵。萃取体系包含甲苯，异辛醇二者混合作为萃取剂；硼酸水溶液作为被萃取体系。使用packmol建模，将四种物质混合后跑em，之后直接跑md，将产生的轨迹文件使用vmd观察，盒子大小约为10.7x10.7x10.7nm。
疑问1：rcoulomb与rvdw截断值是如何选取的？这两个截断值是一般取成相同还是不同的来进行计算呢？在模拟的时候，把这两个值都设置成一样的来计算看截断值对于萃取体系模拟的影响，但觉得自己可能弄错了，应该要分开设置不同的值来计算，但是又不太清楚需要靠什么参数或者什么标准来考虑两个截断值的选取来使萃取体系更加合理化。
疑问2：在进行探究不同的截断值对于萃取体系的影响的时候，使用vmd观察萃取过程，有时有机相分布在水的上下层，有时候水分布在有机相的上下层，会出现不同的分层现象，（附有不同截断值下体系最后一帧截图）想请教一下它这样子出现的原因。
疑问3：对于自己做的萃取体系，不太清楚需要分析的一些参数，比如分析能量，密度，氢键......想请教一下各位老师，针对于萃取体系有没有一些比较经典的参数需要进行分析，如果能推荐一些萃取体系的文献更是感激不尽！
谢谢各位老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-14 03:54
1 当前所用力场的原文里用什么就用什么，这是最稳妥的

2 没有什么原理上的原因。注意结果的可重复性问题。在某些设置下，说不定同样的截断半径跑两次结果都明显不一样。没具体相关文件别人没法具体回答

3 Google学术搜相关文章，看10~20篇相关问题的像样期刊上的模拟文章自然就有感觉了

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-9-14 08:15
你的研究课题说白了就是研究被萃取分子在两相中的自由能变化，这种模拟已经被做得很多了。

作者
Author: sxj886 时间: 2022-9-14 09:05

sobereva 发表于 2022-9-14 03:54
1 当前所用力场的原文里用什么就用什么，这是最稳妥的

2 没有什么原理上的原因。注意结果的可重复性问题 ...

好的，谢谢sob老师！

作者
Author: sxj886 时间: 2022-9-14 09:08

k64_cc 发表于 2022-9-14 08:15
你的研究课题说白了就是研究被萃取分子在两相中的自由能变化，这种模拟已经被做得很多了。

好的谢谢，我之后搜索相关文献来好好学习一下。

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