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标题: 超算（hpc）上的Gaussian软件安装 [打印本页]
作者Author: nono114514 时间: 2022-9-14 19:43
标题: 超算（hpc）上的Gaussian软件安装
本帖最后由 nono114514 于 2022-9-15 15:32 编辑
一． Gaussian下载
获取Linux系统的Gaussian安装包，为.tbz文件。.zip等Windows安装包因有exe文件，无法在Linux系统中运行。
二． Gaussian解压
依次输入Linux命令如下：
tar -xjvf G16-A03-AVX2.tbz #解压安装包
mkdir scratch #给Gaussian放trash用
三． Gaussian安装及环境变量调试
可尝试利用Winscp/Xshell/Putty登录账号，总有一款适合你。推荐以可视化最好的Winscp进行，以下以之为例。 （若用Xshell等登录，则以下文字中的“手动输入”皆替换为使用命令行输入——如输入vi ~/.bashrc并回车，但可能因为家目录下不存在这两个文件而报错。此时则需要利用命令 cd acct-XXX/XXX/转到g16文件夹所在的同级目录，再mkdir .bashrc,创建相应文件.）
登陆账号后，依次输入以下命令： srun -p 64c512g -N 1 -n 8 --pty /bin/bash # 申请计算节点编译#
若显示command not found 错误，则是因为帐号下家目录找不到.bashrc和.bash_profile这两个文件
此时，需要手动在g16文件夹目录下创建这两个文件，并分别输入以下内容:
# .bashrc # Source global definitionsif [ -f /etc/bashrc ];
then
. /etc/bashrcFi# User specific environmentif ! [[ "$PATH" =~ "$HOME/.local/bin:$HOME/bin:" ]]
then
PATH="$HOME/.local/bin:$HOME/bin:$PATH"fiexport PATH # Uncomment the following line if you don't like systemctl's auto-paging feature:# export SYSTEMD_PAGER= # User specific aliases and functions if [ ! -f ~/.ssh/id_rsa ];
then
echo 'No public/private RSA keypair found.'
ssh-keygen -t rsa -b 2048 -f ~/.ssh/id_rsa -N "" cat ~/.ssh/id_rsa.pub > ~/.ssh/authorized_keys echo "StrictHostKeyChecking no" > ~/.ssh/config chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys chmod 600 ~/.ssh/configfi # Gaussian set enviroment export g16root=/dssg/home/acct-XXX/XXX #注意这里要到g16文件夹的上一级为止，不能/g16，否则权限有误。export GAUSS_SCRDIR=/dssg/home/acct-XXX/XXX/scratchsource /dssg/home/acct-XXX/XXX/g16/bsd/g16.profile 类似地，手动将.bash_profile文件内容重置如下： # .bash_profile # Get the aliases and functionsif [ -f ~/.bashrc ]; then . ~/.bashrcfi # User specific environment and startup programs PATH=$PATH:$HOME/.local/bin:$HOME/bin export PATH 注意，其中的路径需要根据自己服务器实际情况变通下。最后重新登录集群，确认重置配置文件后，先前的问题应当解决，再输入命令后应显示对应节点如@node320 而非@登录的服务器 之后依次输入如下代码，待提示install successfully，安装完毕： cd g16./bsd/install 接下来给g16和scratch文件夹分别赋予权限： chmod -R 750 ./g16chmod -R 777 ./scratch
四． 利用slurm文件提交作业
Gaussian 有不同版本，有的适合跨节点，有的仅支持单节点。请根据使用版本，选择是否多节点并行。示例：单节点运行 Gaussian，在 cpu 队列上，总共使用 40 核 (1 个 cpu 节点)，slurm文件输入内容如下：
#!/bin/bash #SBATCH -J test#SBATCH -p cpu#SBATCH -n 40#SBATCH --ntasks-per-node=40#SBATCH -o %j.out#SBATCH -e %j.err CASE="1"EXE="g16" $EXE $CASE.gjf $CASE.out
若err文件中提示“line 16 ‘g16’ command not found”，则可以先将slurm文件放在g16文件夹下sbatch提交，看是否成功，借以核对环境变量及path的设置问题。
盲人摸象的安装过程，最终造就了这份保姆级教程，祝愿诸君好运。
此外，若诸君的超算系统比较省心，可以参见sob老师的http://sobereva.com/439，来解决问题。@sobereva
作者Author: abin 时间: 2022-9-15 10:40
最简单的就是，
通过singularity apptainer 方式，
软件镜像，下载即可使用。啥配置都不需要。
如果平台没有singularity ，可以自己源码编译。
Singularity 模式，应该是不错的解决方案。
另，建议修改排版。
作者Author: nono114514 时间: 2022-9-15 15:33
感谢建议。大部分高校的超算是不可以Singularity的，您说的应该是商用。排版改起来太繁，上传了图片可作为对照。
作者Author: abin 时间: 2022-9-15 16:48
singularity完全可以非root权限自己安装自己使用.
和是否商用没啥关系.
作者Author: nono114514 时间: 2022-9-15 17:34
和我了解的情况不太一样。不过也希望您能出个教程，好来学学。
作者Author: abin 时间: 2022-9-15 18:09
Singularity 概括性的中文介绍，
有很多，如果找不到，可以看看CSDN hpc4you 写的。
至于非root编译安装singularity ，官方的手册写得超级清楚简单，
没有必要再折腾翻译一遍了。
官方教程很棒的。
作者Author: 黑色桃花 时间: 2023-8-27 15:59
大佬，我有个问题，如果在超算上申请10个节点，每个节点申请50个核，这些核都会被用来对高斯进行并行计算吗
作者Author: 黑色桃花 时间: 2023-8-27 15:59
大佬，我有个问题，如果在超算上申请10个节点，每个节点申请50个核，这些核都会被用来对高斯进行并行计算吗
作者Author: nono114514 时间: 2023-9-15 23:36
会的，不过具体的要按照提供超算服务器的商家口径来
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