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标题: gmx模拟后发现部分氢原子飘离蛋白 [打印本页]

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zheny1379    时间: 2022-9-14 22:20
标题: gmx模拟后发现部分氢原子飘离蛋白
gmx模拟之后,发现部分氢原子远离蛋白。如下是模拟之后的一帧,白色小点为H原子,附上nvt npt md的mdp文件。想请教各位大佬,是什么原因导致的呢
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对抗路达摩    时间: 2022-9-14 23:03
是否有正确处理轨迹的pbc?
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sobereva    时间: 2022-9-15 05:00
光贴mdp没意义,和当前问题没有直接联系。甚至连结构文件都没提供
说清楚当前文件具体怎么来的,所有的相关命令都说清楚,仔细看下文。
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html

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zheny1379    时间: 2022-9-17 15:10
对抗路达摩 发表于 2022-9-14 23:03
是否有正确处理轨迹的pbc?

谢谢老师,轨迹是正确处理的
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zheny1379    时间: 2022-9-17 15:16
sobereva 发表于 2022-9-15 05:00
光贴mdp没意义,和当前问题没有直接联系。甚至连结构文件都没提供
说清楚当前文件具体怎么来的,所有的相 ...

谢谢老师,我已经找到原因了。是我使用的力场是GROMOS96 54A7是联合原子力场,不表现非极性的氢。是我自己大意,准备的蛋白的gro文件居然不是该力场生成的,所以包含了非极性氢。在后面的模拟中(NVT NPT MD)阶段基本上都跑不动,报各种错误。




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