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标题: 用orca做metadyanmics的时候怎么判断模拟采样可以结束了 [打印本页]

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-15 12:24
标题: 用orca做metadyanmics的时候怎么判断模拟采样可以结束了
各位老师好，

在orca里头做一个反应，比如像社长介绍的 Al(H2O)6 和 NH3 发生质子转移的有成断键的反应，在mtd里面该怎么判断我的采样时间是合理的。因为在看手册上的时候，手册里说mtd建议是要10000MD步骤。可像社长介绍的这种反应就几百fs就完成了，那这个时候mtd的采样时间该怎么样选择呢？

作者
Author: chands 时间: 2022-9-15 13:23
我的理解是如果你做了1.5 ps和1 ps的结果类似，那就是“收敛”了。

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-15 13:42

chands 发表于 2022-9-15 13:23
我的理解是如果你做了1.5 ps和1 ps的结果类似，那就是“收敛”了。

我也这样觉得，就是感觉可能能不能有类似能量收敛那种的硬性标准。还有一个问题就是，在做两个分子化学反应的动力学，整个体系的能量的收敛是不是比较难达到。我的理解是在因为孤立的分子在整个空间里一直在（或者加了限制势）乱跑。

作者
Author: chands 时间: 2022-9-15 14:09
这时“收敛”不应该理解成体系处于能量极小点（然后就不乱跑了）。一种算自由能的方法是加偏置势一直加到把自由能的"坑"填满，这时就没有“坑”了，在这个维度上系统当然会到处跑，因为势能剖面是平的了，没有什么限制了。

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-15 14:17

chands 发表于 2022-9-15 14:09
这时“收敛”不应该理解成体系处于能量极小点（然后就不乱跑了）。一种算自由能的方法是加偏置势一直加到把 ...

嗯嗯，这里的“收敛”这样理解就好理解了。还有一个问题就是：加到把自由能的"坑"填满这句话。那这个时候实际上采样得到的FES图在基本就观察不到什么变化了吗，类似我这样的，大片的白色区域吗？

作者
Author: chands 时间: 2022-9-15 14:22

wwp 发表于 2022-9-15 14:17
嗯嗯，这里的“收敛”这样理解就好理解了。还有一个问题就是：加到把自由能的"坑"填满这句话。那这个时 ...

这个大片空白大概率是没采集到（或者正常情况下你的collective variable就不会跑到这些地方），FES是通过加的偏置势算的，如果自由能的“坑”满了，那自由能就是所加的总偏置势的负值，顶多加一个无关紧要的常数。

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-15 14:26

chands 发表于 2022-9-15 14:22
这个大片空白大概率是没采集到（或者正常情况下你的collective variable就不会跑到这些地方），FES是通过 ...

可是在模拟的前期，我在一些别的地方也能观察到势能的变化，跑到后期就全部变白了，这是怎么回事呢？麻烦指教一下。

作者
Author: chands 时间: 2022-9-15 14:32

wwp 发表于 2022-9-15 14:26
可是在模拟的前期，我在一些别的地方也能观察到势能的变化，跑到后期就全部变白了，这是怎么回事呢？麻烦 ...

这个我不知道，是什么体系，你的CV1和CV2是什么东西，还有填色图的标度是什么，体系是怎么跑的？

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-15 14:51

chands 发表于 2022-9-15 14:32
这个我不知道，是什么体系，你的CV1和CV2是什么东西，还有填色图的标度是什么，体系是怎么跑的？

和社长举的例子差不多，也是一个质子转移的反应： A-H + B-（阴离子）=A- + B-H 两个CV1 CV2分别对应 A-H 和 B-H 之间的键长变化。填色的坐标就是用orca默认的结果用gnuplot打开的，（不知道是不是要调整填色的值）

作者
Author: chands 时间: 2022-9-15 17:03
本帖最后由 chands 于 2022-9-15 17:06 编辑

wwp 发表于 2022-9-15 14:26
可是在模拟的前期，我在一些别的地方也能观察到势能的变化，跑到后期就全部变白了，这是怎么回事呢？麻烦 ...

你这个图采样区域的自由能值非常小，在0附件波动，可能有很小的负值，怀疑FES图以最小值为零点，导致没采样区域变成很小的正值。感觉在模拟前期反应尚未发生，如果反应发生了，一个CV会变小同时另一个CV变大。

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-15 18:28
本帖最后由 wwp 于 2022-9-15 18:29 编辑

chands 发表于 2022-9-15 17:03
你这个图采样区域的自由能值非常小，在0附件波动，可能有很小的负值，怀疑FES图以最小值为零点，导致没采 ...

我这里hillspawn用的参数是 30 0.1 0.1 高斯峰取值很小时，能量的变化就感觉很小。这样他就是采样的时间更长，不会很快出现大块的白色区域
之前用30 0.35 0.35 参数的时候，得到的结果是这样的，不过他会在大约1ps的时候就出现大块的白色区域，
（1，5）点自由能最小的地方就是我初始状态，比如说在700fs采样的时候也能观察到反应过渡态大概是在（2，2）点，以及在（5，2）对应的最终状态。
可就是这样的采样时间大概只有1ps，得到的结果不知道是否可靠。

作者
Author: chands 时间: 2022-9-16 14:37

wwp 发表于 2022-9-15 18:28
我这里hillspawn用的参数是 30 0.1 0.1 高斯峰取值很小时，能量的变化就感觉很小。这样他就是采样的时间 ...

第一幅图显然没有充分采样。第二幅图感觉有点怪啊，CV1、CV2应该是连续变化的，为什么图上是两截，你查了MD的全过程了吗？第三幅图应该是最好的，我不知道“收敛没有”，不过可以试一下把Hillspawn的频率调低（即第一个参数调高），或者hill的高度调低，这样采样次数会多一点，看看结果是否一致。

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-16 14:56

chands 发表于 2022-9-16 14:37
第一幅图显然没有充分采样。第二幅图感觉有点怪啊，CV1、CV2应该是连续变化的，为什么图上是两截，你查了 ...

MD全过程是没有问题的，可以观察到明显的成断键过程，也符合预期。第三幅图就是在700fs左右的结果，就是不明白为什么会出现第二幅那种两截的情况，两个CV的变化图就在下面

作者
Author: chands 时间: 2022-9-16 16:23

wwp 发表于 2022-9-16 14:56
MD全过程是没有问题的，可以观察到明显的成断键过程，也符合预期。第三幅图就是在700fs左右的结果，就是 ...

你的三幅图是同一个MD跑出来的吗？第二幅是1000 fs，排在第三幅700 fs后？感觉第二幅图只用了1000 fs附件一截MD计算自由能。

作者
Author: wwp 时间: 2022-9-16 17:37

chands 发表于 2022-9-16 16:23
你的三幅图是同一个MD跑出来的吗？第二幅是1000 fs，排在第三幅700 fs后？感觉第二幅图只用了1000 fs附件 ...

是一个md跑的 700fs是一相对完整fes 到后期就变成两截了。还是说因为跑到后期自由能的值超出了色带的范围引起了这样情况

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