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标题: 水分子和蛋白质运动的区分问题 [打印本页]

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-9-15 17:24
标题: 水分子和蛋白质运动的区分问题
大家好！

想起来一个问题哈。在做蛋白质-水溶液模拟的时候，预平衡时会把蛋白质的重原子限制住，在production run时，一般就把限制放开了是吧？那这样做的话，蛋白质不就可以自由的平动转动了吗？这样的话，靠近蛋白质表面的水分子岂不是就会随着蛋白质运动而运动？怎么能把这种水分子的运动和蛋白质自身的运动区分开呢？还是说本身两者就应该是耦合的，不应该区分？
希望有老师或者同学可以给解释或者讨论下。非常感谢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-15 22:00
MD跑完后，对蛋白质做个align（也叫RMSD fitting）以消除蛋白质在轨迹中相对于特定帧（通常是初始帧）的整体平动转动就完了

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-9-16 20:25

sobereva 发表于 2022-9-15 22:00
MD跑完后，对蛋白质做个align（也叫RMSD fitting）以消除蛋白质在轨迹中相对于特定帧（通常是初始帧）的整 ...

谢谢sobereva老师。不过我不是很明白，计算那个RMSD不是看蛋白质结构变化的情况吗，怎么可以消除蛋白质在轨迹中相对于特定帧（通常是初始帧）的整体平动转动呢？您说的是trjconv -fit rot+trans 命令吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 23:43

gongrehk 发表于 2022-9-16 20:25
谢谢sobereva老师。不过我不是很明白，计算那个RMSD不是看蛋白质结构变化的情况吗，怎么可以消除蛋白质 ...

显然是

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-9-17 15:04

sobereva 发表于 2022-9-16 23:43
显然是

谢谢老师。不过我还是不明白为什么要消除这种转动平动。靠近蛋白质表面的水分子随着蛋白质运动而运动不应该是正常的吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-17 15:47

gongrehk 发表于 2022-9-17 15:04
谢谢老师。不过我还是不明白为什么要消除这种转动平动。靠近蛋白质表面的水分子随着蛋白质运动而运动不应 ...

蛋白质整体运动会有碍对水相对于蛋白运动行为的分析统计

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-9-17 16:04

sobereva 发表于 2022-9-17 15:47
蛋白质整体运动会有碍对水相对于蛋白运动行为的分析统计

哦哦所以这是消除整个系统(包括水)相对于蛋白质初始帧的运动是吗，而不只是蛋白质相对于蛋白质初始帧？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-18 04:09

gongrehk 发表于 2022-9-17 16:04
哦哦所以这是消除整个系统(包括水)相对于蛋白质初始帧的运动是吗，而不只是蛋白质相对于蛋白质初始帧？

这种操作会令整个体系所有原子一起发生平移/旋转，使得蛋白质部分和参考帧结构尽可能贴合，因此也会影响水的位置

作者
Author: gongrehk 时间: 2022-9-19 23:41

sobereva 发表于 2022-9-18 04:09
这种操作会令整个体系所有原子一起发生平移/旋转，使得蛋白质部分和参考帧结构尽可能贴合，因此也会影响 ...

明白了谢谢老师！

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