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标题: 做拉伸水合物，水分子到处乱飞，且期望的拉断变成了挤压过程 [打印本页]

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-15 21:32
标题: 做拉伸水合物，水分子到处乱飞，且期望的拉断变成了挤压过程
本帖最后由牧生于 2022-9-15 22:07 编辑

仿照拉伸纳米金线的教程，完全可以重复出来。但是自己改动了一下，做拉伸二氧化碳水合物时，没有观察到拉断，却观察到挤压过程，分子到处乱飞。请大神指点一下哪里有错误，
我的操作步骤如下：

1、以跑完的CO2水合物gro进行拉伸处理，用语句same residue as x<10 和same residue as x>60看了一下，计划将两端的部分固定住，并拉伸。图形上看来没问题
(, 下载次数 Times of downloads: 30)
2、
measure center [atomselect top "same residue as x<10" ] weight mass
得到5.108371257781982 11.87882137298584 12.215145111083984
measure center [atomselect top "same residue as x>60"] weight mass
得到65.6033706665039 12.411291122436523 12.213542938232422

从而两个薄片之间的质心距离为65.6033706665039-5.108371257781982=60.49499941A    即为6.495 nm

3、使用gmx make_ndx -f md.gro，选择所有
再将rangeindex.tcl内容复制到已经打开gro文件的命令行窗口，再分别两次输入rangeindex "same residue as  x<10"和rangeindex "same residue as  x>60"，分别得到左边和右边薄片的原子编号，分别复制到index.ndx中，分别为[ left ]和[ right ]

4、改一下直接用拉伸纳米金线的stretch.mdp  （因为想做的是在密闭，且低温高压下的拉伸情况，所以加入了温度和压力），

define =
integrator = md
dt       = 0.002 ; ps
nsteps    = 150000
comm-grps  = system
comm-mode  = ANGULAR
energygrps =
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 500
compressed-x-grps  = system
;
pbc = no
nstlist = 10
rlist = 1.2
cutoff-scheme = group
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr = no
;
pull = yes
pull-ngroups = 2
pull-group1-name = left
pull-group2-name = right
pull-ncoords = 1
pull-coord1-type = constraint
pull-coord1-geometry = distance
pull-coord1-groups = 1 2
pull_coord1-init =6.495
pull_coord1-rate = 0.04
pull-coord1-dim = Y N N
;
freezegrps = left right
freezedim = N Y Y N Y Y

Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 275
;
Pcoupl    = parrinello-rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.0
ref_p = 100.0
compressibility = 4.5e-5

得到结果的轨迹如下视频，看起来不是很正确的样子：
https://www.bilibili.com/video/BV1oV4y1T7xz/

使用的文件如下
(, 下载次数 Times of downloads: 21)
只需要在这个文件夹里面，跑一下stretch就可以。
请帮忙看下哪里错了

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-16 13:24
问题已经解决。
设定做拉伸，但轨迹看起来变成了挤压的原因，是因为设定了100bar的压力。如果将压力设为1bar，则可以明显看到拉断的过程。

作者
Author: Caril 时间: 2025-5-19 20:20
你好，我想问下，按照您相同的方式拉伸水合物，但是水合物总体往右边偏移，且被拉出了盒子，是什么原因导致的呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2025-5-19 21:45

Caril 发表于 2025-5-19 20:20
你好，我想问下，按照您相同的方式拉伸水合物，但是水合物总体往右边偏移，且被拉出了盒子，是什么原因导致 ...

Materials Today Chemistry, 2024, 37: 101975.

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