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标题: cp2k双机并行编译和运行问题 [打印本页]

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Author: wolfli369 时间: 2022-9-16 01:17
标题: cp2k双机并行编译和运行问题
你好，本人两台双路8375C使用ib卡（56G)连接，系统为rockylinux 8.6  gcc8.5  slurm队列系统。采用toolchain编译，参数如下：
./install_cp2k_toolchain.sh --with-sirius=no --with-plumed=install --with-pexsi=install --with-superlu=install --with-ptscotch=install --with-quip=install --with-mpich=install
全部算例都能通过。
但是双机并行时发现数据交换走千兆网络，不是走IB.
请问:(1)如何编译才能使数据交换走IB?
   (2)或者如何修改提交脚本使数据交换走IB？脚本如下：

#!/bin/bash
#SBATCH --time=720:00:00 # walltime, 720 hours, namely 30 days.
#SBATCH --ntasks-per-node=64 # request 12 cpu cores from one node.
#SBATCH --nodes=2 # number of nodes,
#SBATCH -J "2nodes_test" # job name

source /opt/app/cp2k-9.1/tools/toolchain/install/setup
export PATH=$PATH:/opt/app/cp2k-9.1/exe/local

mpirun -np $SLURM_NTASKS  cp2k.popt -i cp2k.inp 1>cp2k.out 2>cp2k.err

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Author: ball2006 时间: 2022-9-16 09:27
安装的并行程序是openmpi还是mpich，如果是openmpi编译是要增加对IB支持，还要看你的IB网卡的型号。我的计算命令是要增加--mca btl self,openib --mca btl_openib_allow_ib 1 -x OMP_NUM_THREADS=1 --host i0-0:核数,i0-1:核数。

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Author: wolfli369 时间: 2022-9-16 10:01
本帖最后由 wolfli369 于 2022-9-16 10:15 编辑

ball2006 发表于 2022-9-16 09:27
安装的并行程序是openmpi还是mpich，如果是openmpi编译是要增加对IB支持，还要看你的IB网卡的型号。我的计 ...

mpich.怎么确定IB支持mpich，需要怎么编译和设置？请问有相关的教程吗？

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Author: highlight 时间: 2022-9-16 11:51
有一个简单办法，intelmpi 是 mpich 的分支，而 intelmpi 可以默认走 IB
所以你装一个 intelmpi，加载它的环境变量运行就可以了

但是我发现，9.1 版本以后，使用 intelmpi 的单节点内的运行效率比 mpich 低
难以理解。。。

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Author: ball2006 时间: 2022-9-16 12:00

wolfli369 发表于 2022-9-16 10:01
mpich.怎么确定IB支持mpich，需要怎么编译和设置？请问有相关的教程吗？

没关注MPICH，你可以去https://enterprise-support.nvidi ... rt-Portal-Migration找找

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Author: abin 时间: 2022-9-16 12:17
https://groups.google.com/g/cp2k/c/VW5sbChUoWw?pli=1

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Author: wolfli369 时间: 2022-9-16 14:16

abin 发表于 2022-9-16 12:17
https://groups.google.com/g/cp2k/c/VW5sbChUoWw?pli=1

收到，谢谢

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-9-16 14:21

highlight 发表于 2022-9-16 11:51
有一个简单办法，intelmpi 是 mpich 的分支，而 intelmpi 可以默认走 IB
所以你装一个 intelmpi，加载它的 ...

cp2k-9.1和2022.1使用intelmpi节点内并行效率都低，并且还容易出现兼容问题，过渡态优化会出现很多虚频。mpich就没这种问题。

作者
Author: wolfli369 时间: 2022-9-16 14:21

ball2006 发表于 2022-9-16 12:00
没关注MPICH，你可以去https://enterprise-support.nvidia.com/s/article/FAQ-Networking-Support-Portal ...

谢谢你的指导，我会好好研究一下

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Author: leeru 时间: 2022-11-3 18:29
我想问一下，现在infiniband的驱动有给rockylinux配吗？

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Author: wolfli369 时间: 2022-11-3 20:21

leeru 发表于 2022-11-3 18:29
我想问一下，现在infiniband的驱动有给rockylinux配吗？

找人搞得这些驱动，应该是有

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