计算化学公社

标题: 请问集群机跑分子动力学的计算规模如何？能跑的体系大小和时间长度有多少？ [打印本页]

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-16 11:01
标题: 请问集群机跑分子动力学的计算规模如何？能跑的体系大小和时间长度有多少？
700+节点，每个节点两个Xeon X5670六核，单节点内存32G。
存储容量接近1PB，写带宽4GB/s。

如果跑Gromacs的话，能跑的体系大小和时间长度大概是多少？
十万原子的体系，应该需要多少核数？一天能跑的时间长度有多少？

初次接触超算，求大佬解惑。

作者
Author: biogon 时间: 2022-9-16 11:20
你这不到5000个核，可能也就几个4090的水平

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-16 11:48

biogon 发表于 2022-9-16 11:20
你这不到5000个核，可能也就几个4090的水平

每个节点是12核，总核数接近八千。

作者
Author: biogon 时间: 2022-9-16 12:19

rugals 发表于 2022-9-16 11:48
每个节点是12核，总核数接近八千。

那也没啥用，没有avx就是龟速，现在就是一堆废铁

作者
Author: bluewhale 时间: 2022-9-16 12:39
这集群还能开起来，说明维护的不错。

作者
Author: abin 时间: 2022-9-16 16:04
看看网络，如果是以太网，
用这么多个处理器核心，估计死的很惨的。

作者
Author: c00jsw00 时间: 2022-9-16 18:02
兄臺怎麼不直接使用GPU就好了速度快除非你的系統相當巨大類似要計算病毒分子之類的...不是的話一般計算顯示卡足夠使用.

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 23:55
现在问这个也没什么实际意义
如果能免费给你用，而且自己不用掏电费，实际是什么速度试试便知，尚有价值就用
如果还要花钱租，就完全别考虑了，远不如买RTX3080Ti跑

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-17 10:58

abin 发表于 2022-9-16 16:04
看看网络，如果是以太网，
用这么多个处理器核心，估计死的很惨的。

InfiniBand QDR通信网络理论带宽40Gps

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-17 11:01

c00jsw00 发表于 2022-9-16 18:02
兄臺怎麼不直接使用GPU就好了速度快除非你的系統相當巨大類似要計算病毒分子之類的...不是的話一般計算顯 ...

gromacs/linux/超算都是初次接触，可能得一点一点来。
聚合物分子团簇体系，不算巨大，但希望越大越好。

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-17 11:03

sobereva 发表于 2022-9-16 23:55
现在问这个也没什么实际意义
如果能免费给你用，而且自己不用掏电费，实际是什么速度试试便知，尚有价值就 ...

学校自己的集群机，免费不至于，但价格也能接受
如果不行再自己装机

作者
Author: abin 时间: 2022-9-17 12:33

rugals 发表于 2022-9-17 10:58
InfiniBand QDR通信网络理论带宽40Gps

你的计算如果不涉及频繁硬盘I/O的话,
那么, 还能凑合用.

就是CPU是“上古”产品, 会比较慢.

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-18 10:59
谢谢楼上各位大佬
我还是得上机试试

作者
Author: rugals 时间: 2022-9-27 21:06

c00jsw00 发表于 2022-9-16 18:02
兄臺怎麼不直接使用GPU就好了速度快除非你的系統相當巨大類似要計算病毒分子之類的...不是的話一般計算顯 ...

今天问过了老师
老师说后面集群机会加10个GPU节点，每个节点8块Nvidia Tesla V100

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