计算化学公社

标题: gmx dipoles 计算氨基酸偶极矩时出错 [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-9-16 21:47
标题: gmx dipoles 计算氨基酸偶极矩时出错
各位老师好，今天利用gmx dipoles 计算某个氨基酸偶极矩时出现了图中所示的错误。好像是顺序对应问题，但是我检查过了index与gro文件，该氨基酸的原子序号与index文件完全对应的。想问下老师还有没有其他的可能性会导致这个问题。另外，计算输出氨基酸偶极矩的txt文件还有没有啥别的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-17 00:19
没细节不好说
也可以按下文把原子电荷载入VMD后，用自带的Extensions - Visualization - Dipole Moment Watcher计算指定选区的偶极矩，还能可视化
将GROMACS的原子电荷信息读入VMD的方法
http://sobereva.com/365（http://bbs.keinsci.com/thread-5417-1-1.html）

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-9-17 14:57

sobereva 发表于 2022-9-17 00:19
没细节不好说
也可以按下文把原子电荷载入VMD后，用自带的Extensions - Visualization - Dipole Moment Wa ...

感谢老师，已经尝试成功了！

作者
Author: 新月之痕 时间: 2023-3-16 10:25

uenh1998 发表于 2022-9-17 14:57
感谢老师，已经尝试成功了！

你好，我也遇到了同样的问题，请问你是如何解决的呢？

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-3-16 11:00

新月之痕发表于 2023-3-16 10:25
你好，我也遇到了同样的问题，请问你是如何解决的呢？

应该是用gromacs计算偶极矩，定义的组必须是完整的分子，否则会出错

作者
Author: 新月之痕 时间: 2023-3-16 12:03

uenh1998 发表于 2023-3-16 11:00
应该是用gromacs计算偶极矩，定义的组必须是完整的分子，否则会出错

是的，但是我只想要计算蛋白质分子中的部分氨基酸的偶极矩应该怎么做呢？请问你当时是怎么解决的呢？

作者
Author: uenh1998 时间: 2023-3-16 17:03

新月之痕发表于 2023-3-16 12:03
是的，但是我只想要计算蛋白质分子中的部分氨基酸的偶极矩应该怎么做呢？请问你当时是怎么解决的呢？

在index文件里添加要计算的氨基酸的序号 dipoles计算时候带上相应的index文件

作者
Author: 新月之痕 时间: 2023-3-19 09:45

uenh1998 发表于 2023-3-16 17:03
在index文件里添加要计算的氨基酸的序号 dipoles计算时候带上相应的index文件

非常感谢您的解答，我就是用的这个方法，结果会报同样的错误。
后来我改用社长的vmd方法计算这些氨基酸的偶极矩了，和gmx的误差在0.5%以内，很可靠

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