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标题: 在VMD中使用GaussView的元素着色的方法 [打印本页]

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-16 23:01
标题: 在VMD中使用GaussView的元素着色的方法

在VMD中使用GaussView的元素着色的方法

Using GaussView element coloring scheme in VMD

文/Sobereva@北京科音 2022-Sep-16

GaussView的元素配色总体上来说不错，而且对所有元素都定义了唯一的颜色，在File - Preference - Colors - Element Colors中可以看到所有元素的颜色，如下所示

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VMD是免费、灵活、强大而且超级流行的化学体系可视化工具。在VMD里也可以按照元素着色，见《在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法》（http://sobereva.com/624）。然而，至少对于笔者撰文时的最新的正式版1.9.3版来说，VMD自带的元素着色定义很少，对绝大多数元素都是统一用的褐色，导致很多情况下没法区分不同元素，而且颜色也不美观。这里介绍在VMD里使用GaussView里元素颜色定义的做法。

从http://sobereva.com/attach/652/gview_color.tcl下载gview_color.tcl文件，将之放到VMD目录下（即VMD启动后在文本窗口里输入pwd命令后显示的目录），然后在VMD的vmd.rc文件末尾加入一行proc gview {} {source gview_color.tcl}。如果你不了解vmd.rc文件的话，看《VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置》（http://sobereva.com/545）。

启动VMD后，在文本窗口里输入gview，就可以把默认的元素着色方案替换成和GaussView相同的了。之后载入个含有元素信息的结构文件（比如pdb、xyz等），然后在Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element即可看到按元素着色的效果。如果想和GaussView显示的图像特征尽可能接近，将Drawing Method设为CPK，Bond Radius设为0.2，Material设为AOShiny。对顺铂体系显示效果如下，左边是VMD的，右边是GaussView的

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上图还可以看到在键的着色方面有差异，VMD的键的两边的颜色分别对应两个原子的，而GaussView都是白色的。如果想让VMD在这点和GaussView统一，可以把当前的Representation里的Bond Radius设为0使得键不显示，然后再建立一个Representation，用CPK，把Sphere Scale设0，Bond Radius设0.15，Coloring Method选ColorID并指定为白色，之后效果如下所示，可见和GaussView显示的很接近了

(, 下载次数 Times of downloads: 59)

再把原子半径、光源方向、材质微调一下，就更像GaussView的效果了。不过，GaussView里对多重键的显示效果是VMD里怎么设都模仿不来的。

作者
Author: neocc 时间: 2022-9-30 21:22
本帖最后由 neocc 于 2022-9-30 21:32 编辑

请问社长
在VMD中绘制ESP等值面的时候，按照《在VMD中使用GaussView的元素着色的方法》修改vmd.rc的办法，在绘制完ESP等值面后，输入gview，结果原子配色没有变化。
如果按照《在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法》修改每一个NAME的RGB百分值，依次输入vmd命令行窗口可以修改原子颜色。
请问绘制ESP等值面后如何用gview整体修改为gaussview的元素着色？

作者
Author: neocc 时间: 2022-10-1 21:04
本帖最后由 neocc 于 2022-10-1 21:07 编辑

按照社长说的“在Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element即可看到按元素着色的效果“
gview在iso前后执行没有影响。
抱歉社长，我看漏了这一行。想当然的用着NAME /@_@\

不过ESP等值面选透明类型的材质才行，但是 EddyGlass 对键的着色效果不是二者的叠加，要么是双色要么整个分子都是白色。

分子的材质选BrushedMetal并关掉Light2,3,看起来光源和gview接近，不过颜色有点淡。
个人推荐Diffuse关掉Light3 ；以及AOEddy，AOChalky和RTChrome，关掉Light1，3，效果不错。

另外，请问光源方向和 Bond Radius设0.15 调整是通过命令行窗口输入代码吗？GUI里面光源方向没找到如何设置，Bond Radius只能设为0.1或者0.2

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-2 04:58

neocc 发表于 2022-10-1 21:04
按照社长说的“在Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element即可看到按元素着色的效果“
g ...

请问光源方向和 Bond Radius设0.15 调整是通过命令行窗口输入代码吗？

是

改光源位置：Mouse - Move Light，选择光源序号，然后在图形窗口里按鼠标左键拖动

作者
Author: neocc 时间: 2022-10-2 13:48

sobereva 发表于 2022-10-2 04:58
是

改光源位置：Mouse - Move Light，选择光源序号，然后在图形窗口里按鼠标左键拖动

谢谢社长

作者
Author: ReviewReview 时间: 2023-6-4 19:26
本帖最后由 ReviewReview 于 2023-6-4 19:58 编辑

Lu老师，我按照您上边的方法"从http://sobereva.com/attach/652/gview_color.tcl下载gview_color.tcl文件，将之放到VMD目录下（即VMD启动后在文本窗口里输入pwd命令后显示的目录），然后在VMD的vmd.rc文件末尾加入一行proc gview {} {source gview_color.tcl}。如果你不了解vmd.rc文件的话，看《VMD初始化文件(vmd.rc)我的推荐设置》（http://sobereva.com/545）。

启动VMD后，在文本窗口里输入gview，就可以把默认的元素着色方案替换成和GaussView相同的了。之后载入个含有元素信息的结构文件（比如pdb、xyz等），然后在Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element即可看到按元素着色的效果。如果想和GaussView显示的图像特征尽可能接近，将Drawing Method设为CPK，Bond Radius设为0.2，Material设为AOShiny。"改了一下我用Multiwfn+VMD得到的PVDF的ESP图里的原子颜色，最后得到的更改效果是所有原子颜色都变成蓝色的了。。。这是啥原因呢？

作者
Author: ReviewReview 时间: 2023-6-5 11:28

ReviewReview 发表于 2023-6-4 19:26
Lu老师，我按照您上边的方法"从http://sobereva.com/attach/652/gview_color.tcl ...

已经解决啦老师。是按照pal这位网友在这个帖子"http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=37744&page=1#pid250770"里让我调整了下操作顺序弄出来的。万分感谢！

作者
Author: ReviewReview 时间: 2023-6-5 14:37

neocc 发表于 2022-10-1 21:04
按照社长说的“在Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element即可看到按元素着色的效果“
g ...

是的，我刚才试了下也发现了，Bond Radius没法输入0.15只能设为0.1或者0.2，设为0.1时依然是VMD的键的两边的颜色分别对应两个原子的；设为0.2时VMD的键就变成白色啦。这个试验结果似乎与0.15四舍五入约等于0.2这一数学公理相一致。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-6-6 09:21

ReviewReview 发表于 2023-6-5 14:37
是的，我刚才试了下也发现了，Bond Radius没法输入0.15只能设为0.1或者0.2，设为0.1时依然是VMD的键的两 ...

用命令行可以输入0.15并生效，只不过界面上只能显示两位小数，会四舍五入

作者
Author: 不是哪块小饼干 时间: 2024-6-29 18:06
请问使用上述方法进行着色后的图片如何导出？按照之前的方法导出的是未进行修改的样子

作者
Author: sobereva 时间: 2024-6-30 05:26

不是哪块小饼干发表于 2024-6-29 18:06
请问使用上述方法进行着色后的图片如何导出？按照之前的方法导出的是未进行修改的样子

平时图像怎么获得还怎么获得，做法跟此文没有直接关系

作者
Author: neocc 时间: 2025-11-23 18:44
gro文件也有可能导致颜色都是青色，原子信息都是Name信息，没有元素信息

作者
Author: snljty2 时间: 2025-11-23 19:02

neocc 发表于 2025-11-23 18:44
gro文件也有可能导致颜色都是青色，原子信息都是Name信息，没有元素信息

(, 下载次数 Times of downloads: 5)
用这个脚本就行了，source之后终端执行一下set_elements_based_on_name命令或者set_elements_based_on_mass命令就可。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-11-24 02:40

neocc 发表于 2025-11-23 18:44
gro文件也有可能导致颜色都是青色，原子信息都是Name信息，没有元素信息

不用gro就完了
下文明确说了什么文件明确记录了元素信息
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的方法
http://sobereva.com/624（http://bbs.keinsci.com/thread-26306-1-1.html）

作者
Author: neocc 时间: 2025-11-24 09:25

snljty2 发表于 2025-11-23 19:02
用这个脚本就行了，source之后终端执行一下set_elements_based_on_name命令或者set_elements_based_on_ ...

感谢您的tcl脚本

作者
Author: neocc 时间: 2025-11-24 09:30

sobereva 发表于 2025-11-24 02:40
不用gro就完了
下文明确说了什么文件明确记录了元素信息
在VMD程序里对不同元素的原子用不同颜色显示的 ...

是的，谢谢社长提醒。之前没有仔细看博文的内容，gro里面写的不是元素信息。
Graphics - Representation里把Coloring Method设为Element，而且对应元素信息的文件格式，缺一不可

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