计算化学公社

标题: 求助vmd做等值面时配位键显示不了 [打印本页]

作者
Author: wmy 时间: 2022-9-17 17:59
标题: 求助vmd做等值面时配位键显示不了
按照sob老师在VMD里将cube文件瞬间绘制成效果极佳的等值面图的方法 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)的方法，用cp2k计算的结果做电子-空穴分析，导入vmd发现配位键没有了。这个怎么设置呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2022-9-17 18:08
本帖最后由乐平于 2022-9-17 18:10 编辑

可以把 CPK 显示模式改为 VDW，减小半径。

然后点击 Create Rep ，相当于增加图层。在新增加的图层里，选择 DynamicBonds，然后增大 Distance Cutoff 的数值。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-18 04:23
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

自己连上就完了。如果要连的太多，手动操作麻烦，可以按2L的做法

还有个办法是，用Multiwfn的主功能100的子功能2导出gjf文件，然后载入gview，如果gview里连接关系都对（个别不对的也可以自己连），然后保存成mol2文件，再把mol2文件载入VMD。mol2文件里记录了连接关系，VMD也会利用。

作者
Author: wmy 时间: 2022-9-18 11:14

sobereva 发表于 2022-9-18 04:23
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread- ...

好的，谢谢老师

作者
Author: wmy 时间: 2022-9-18 11:14

乐平发表于 2022-9-17 18:08
可以把 CPK 显示模式改为 VDW，减小半径。

然后点击 Create Rep ，相当于增加图层。在新增加的图层里， ...

感谢

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