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标题: 选择服务器CPU配置，主要用于运行gaussian 09 EM64T 计算 [打印本页]

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-6 22:52
标题: 选择服务器CPU配置，主要用于运行gaussian 09 EM64T 计算
大家好：最近课题组要购进一台2U机架式服务器(Intel CPU)，本人纠结于参数对比的问题，还望不吝赐教。
基本情况：不用考虑夸节点的并行问题；主要用途是gaussian 09 EM64T 计算：针对单个任务计算量大的情况，比如post-HF(e.g. CCSD)、TD-DFT的优化和数值频率等。
问题：1、对于以上类型的gaussian计算任务，听说好像有计算效率的问题。所以请教：价位一定的情况下，CPU的主频、核心数两个参数哪个更重要呢？下边是拟定的几种CPU方案：

(1) 2颗 Intel Xeon E5-2667 v4: 3.2GHz, 25M 缓存, 9.60GT/s, 8C/16T, 最大内存 2400MHz
(2) 2颗 Intel Xeon E5-2680 v4: 2.4GHz, 35M 缓存, 9.60GT/s, 14C/28T, 最大内存 2400MHz
(3) 2颗 Intel Xeon E5-2683 v4: 2.1GHz, 40M 缓存, 9.60GT/s, 16C/32T, 最大内存 2400MHz

问题：2、Linux下：gaussian 09 EM64T单个任务推荐%nproc是多少呢，是不是只要不超过服务器物理核心数，效率就还可以？最大的单个任务增加核心数，计算时间会按照比例减少吗？

问题：3、内存的情况：4*16GB的内存，单个任务内存设置超过16GB会大大削减计算效率吗？

问题：4、对这种产生很大的*.rwf文件的任务来说，硬盘RPM(7.2K，10K，15K)对机时的影响大吗？

网上也搜过不少信息，已然是对gaussian适应的参数难以判断，关于解决方案，请大家多多发表建议。谢谢，谢谢！！

作者
Author: stm8150 时间: 2016-5-7 07:37
核数重要

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-7 08:44
问题2：不可能随核增加按比例减少（并行效率100%）
问题3：不会

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-7 11:45

stm8150 发表于 2016-5-7 07:37
核数重要

嗯啊，谢谢回复。gaussian运行的话更侧重于核数吗，特别是针对单个任务来讲~

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-7 11:48

liyuanhe211 发表于 2016-5-7 08:44
问题2：不可能随核增加按比例减少（并行效率100%）
问题3：不会

谢谢。之前考虑了这一点，到底并行效率有多差，然后就关系到到底是8*3.2GHz还是14*2.4GHz好的问题；另外问题1中的L3缓存大小对gaussian影响不大吧~

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-7 12:07

drdavis 发表于 2016-5-7 11:48
谢谢。之前考虑了这一点，到底并行效率有多差，然后就关系到到底是8*3.2GHz还是14*2.4GHz好的问题；另外 ...

不同任务结论不同。
yjcmwgk对单任务、单点SCF做过测试，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=581
我做过DFT基态opt+freq的单任务和多任务的并行测试：http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2232

我个人没见过测post-HF的。

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-7 12:44

liyuanhe211 发表于 2016-5-7 12:07
不同任务结论不同。
yjcmwgk对单任务、单点SCF做过测试，http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthr ...

信息挺全的，很受益！我现在倾向于XEON 2667和2680的CPU，第三个配置的主频太低，纵使单任务%nproc=32(2颗CPU的物理核心)，也是担心会影响计算速度、效率。

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-7 13:04

drdavis 发表于 2016-5-7 12:44
信息挺全的，很受益！我现在倾向于XEON 2667和2680的CPU，第三个配置的主频太低，纵使单任务%nproc=32(2 ...

其实个人感觉v4可能有些浪费，测过v3相对v2的类似配置提升不太明显，但配起来贵好多。不知道v4相对v3和v2差多少。

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-7 16:03

liyuanhe211 发表于 2016-5-7 13:04
其实个人感觉v4可能有些浪费，测过v3相对v2的类似配置提升不太明显，但配起来贵好多。不知道v4相对v3和v2 ...

我也好奇怪的一个问题，我从Intel官网上看到的价格是一致的，比如说2680，v4、v3版本都是$1740-1750。不知道服务器商家会不会区分这个价格，还没问商家。架构方面broadwell和haswell跑gaussian差不多吧？另外L1\L2\L3缓存的大小重要吗~

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-14 19:06
1 频率重要，因为高斯并行效率在核数很多的时候并不理想。但频率很高的CPU性价比又低，所以要权衡考虑。

2 不超过物理核数就行。肯定不会按比例减少。

3 不会

4 会有不小影响。你也可以用SSD，平价SSD产品持续读写速度也比目前最快的15k机械硬盘快一些。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-14 19:09

drdavis 发表于 2016-5-7 16:03
我也好奇怪的一个问题，我从Intel官网上看到的价格是一致的，比如说2680，v4、v3版本都是$1740-1750。不 ...

那只是intel千颗批量出货价，实际商家卖的价格可能会差不少。所以最好以淘宝上的平均价格为准。
这两种架构性能基本没什么改变，主要就是工艺从22nm提升到了14nm，同样性能下功耗能下去一些。缓存不是关键的事，自己不用太关注，intel设计服务器CPU的时候缓存都是基本正比于核数的，已经考虑周到了。

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2016-5-14 21:38

stm8150 发表于 2016-5-7 07:37
核数重要

恰恰相反

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2016-5-14 21:42

drdavis 发表于 2016-5-7 16:03
我也好奇怪的一个问题，我从Intel官网上看到的价格是一致的，比如说2680，v4、v3版本都是$1740-1750。不 ...

http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2426
我的经历哈哈

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-15 00:14

sobereva 发表于 2016-5-14 19:06
1 频率重要，因为高斯并行效率在核数很多的时候并不理想。但频率很高的CPU性价比又低，所以要权衡考虑。

...

谢谢详细地解答，我初步定2687W v3或者v4版本，内存是4*16G。厂家给我做的报价大概6.9万，希望政采竞价能低于6万~~

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-15 00:16

yjcmwgk 发表于 2016-5-14 21:42
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2426
我的经历哈哈

嗯啊，核数多是一次性运行更多的任务，频率高是单个任务明显加快，然后我琢磨着二者均衡，目前就定2687W了，然而得等基金的钱正式下来再说~~

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-15 00:26

sobereva 发表于 2016-5-14 19:06
1 频率重要，因为高斯并行效率在核数很多的时候并不理想。但频率很高的CPU性价比又低，所以要权衡考虑。

...

我看了下品牌的官网，SSD分为读取、写入密集型和Mix的，差别好大啊，说的平价SSD产品指的是读取型的SSD(SATA接口)的读写性能也会比15K RPM的要快一些吧~寿命也差不多吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-15 00:34

drdavis 发表于 2016-5-15 00:26
我看了下品牌的官网，SSD分为读取、写入密集型和Mix的，差别好大啊，说的平价SSD产品指的是读取型的SSD(S ...

别管那些官网的分类。
平时用的OCZ 240G 400块钱的级别的速度已经超过15k机械硬盘了。寿命肯定没机械硬盘长，不过由于便宜，就当临时文件读写用，坏了就换。
实际上如果你真的对寿命、容量和大文件读写性能很敏感，倒不如用企业级SATA组raid 0

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-15 01:23

sobereva 发表于 2016-5-15 00:34
别管那些官网的分类。
平时用的OCZ 240G 400块钱的级别的速度已经超过15k机械硬盘了。寿命肯定没机械 ...

好的，谢谢大神的提示~~这回就看竞价能不能压下价格来了，2*E5-2687W+4*16G内存，官方居然报了个69000多。。。醉了

作者
Author: yjcmwgk 时间: 2016-5-15 08:10

drdavis 发表于 2016-5-15 00:16
嗯啊，核数多是一次性运行更多的任务，频率高是单个任务明显加快，然后我琢磨着二者均衡，目前就定2687W ...

你是不是申请了今年的面上基金了？

作者
Author: drdavis 时间: 2016-5-15 12:16

yjcmwgk 发表于 2016-5-15 08:10
你是不是申请了今年的面上基金了？

组里申请的，然而可能要到下半年那批钱才下来。

作者
Author: byymem 时间: 2016-8-7 17:24
你好，最近我们课题组也打算购置一台大约6万的服务器。小弟也是刚刚接触计算化学，对计算机配置不懂，能参考下你们最终购置的服务器的配置、型号和最终价格什么的吗，小弟坐标天津，如果也买同款服务器，方便不呢？不胜感激

作者
Author: drdavis 时间: 2016-8-8 10:32

byymem 发表于 2016-8-7 17:24
你好，最近我们课题组也打算购置一台大约6万的服务器。小弟也是刚刚接触计算化学，对计算机配置不懂，能参 ...

我们最终还没买。不过你可以参考配置:
Intel Xeon 2687W v3/v4 3.1GHz|10C/ 3.0GHz|12C
Intel Xeon 2667 v3/v4
以上CPU都是主频3.0GHz以上的，适合gaussian计算
内存的话64G或者以上，看你工作情况.
品牌的话，暂不推荐哪一个，好多服务器品牌去选吧。PS：2687W那个注意机房通风性要很好

作者
Author: byymem 时间: 2016-8-8 10:39

drdavis 发表于 2016-8-8 10:32
我们最终还没买。不过你可以参考配置:
Intel Xeon 2687W v3/v4 3.1GHz|10C/ 3.0GHz|12C
Intel Xeon 266 ...

好呢，收到，非常感谢

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