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标题: 寻找Pt配合物过渡态时gaussian程序正常结束，但是没有收敛 [打印本页]

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Author: YXY262626 时间: 2022-9-18 14:28
标题: 寻找Pt配合物过渡态时gaussian程序正常结束，但是没有收敛
请教各位老师，我在寻找过渡态时，运行gaussian程序时，log文件末尾显示正常结束，但是往上翻却没有达到收敛条件。请假这种情况如何让过渡态结构正常收敛。我把gjf文件放在了附件里面，但是log太大了放不进去，我就截图了一下。麻烦各位老师解答了。
输入文件：%chk=F:\guodutai\CYSguodutaicaixiang\B1.chk
# opt=(calcfc,ts,noeigen) freq b3lyp/lanl2mb geom=connectivity

aa

0 1
C                0.42724158 -0.90034051 0.69971275
C                -1.18153706 -2.57696950 0.68049085
C                -0.18066373 -3.56139017 0.59841302
C                1.16720493 -3.17746223 0.57278890
C                1.47852732 -1.81676067 0.62410621
C                0.60635268 0.59924016 0.74550706
C                -0.56203203 2.60517190 0.85020312
C                0.64296741 3.32949442 0.82036122
C                1.86247526 2.64157290 0.75432925
C                1.84422759 1.24541629 0.71584615
N                -0.84289333 -1.27930086 0.73422371
N                -0.53900843 1.26361643 0.81540463
Pt             -2.22443182 0.17241406 0.86883560
H                2.49566675 -1.48514927 0.60509936
H                1.94260090 -3.91249236 0.51454975
H                2.75467201 0.68564667 0.66437834
H                2.78943153 3.17563076 0.73348974
H                0.62901861 4.39904179 0.84817955
H                -0.44633473 -4.59702279 0.55617559
H                -2.21257185 -2.86235832 0.70099667
H                -1.49682932 3.12329201 0.90124800
Cl             -3.41325916 -1.72998682 0.46145315
Cl             -2.23965335 -0.52222171 3.04039022
Cl             -2.01332842 0.60492748 -1.35978898
Cl             -2.65352059 2.07912136 2.04303749
N                -4.09775238 0.32881805 0.85360715
H                -4.07720492 0.95125592 0.07120769
C                -5.41040436 -0.32935691 0.92180164
H                -5.43239013 -0.99536542 1.75896905
C                -6.51085308 0.73566802 1.08408075
H                -6.48886730 1.40167653 0.24691332
H                -6.34196858 1.28872409 1.98436237
S                -8.10032283 -0.06130574 1.16665638
H                -8.12723999 -0.87669935 2.19159966
O                -5.14313673 -0.73636131 -1.45643762
H                -3.93991639 0.84569287 1.69499185
C                -5.65347179 -1.12534416 -0.37393079
O                -6.45910340 -2.30650116 -0.34698950
H                -6.15903452 -2.91409591 -1.02698015

1 5 1.5 6 1.0 11 1.5
2 3 1.5 11 1.5 20 1.0
3 4 1.5 19 1.0
4 5 1.5 15 1.0
5 14 1.0
6 10 1.5 12 1.5
7 8 1.5 12 1.5 21 1.0
8 9 1.5 18 1.0
9 10 1.5 17 1.0
10 16 1.0
11 13 1.0
12 13 1.0
13 22 1.0 23 1.0 24 1.0 25 1.0 26 1.0
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26 27 1.0 28 1.0 36 1.0
27
28 29 1.0 30 1.0 37 1.0
29
30 31 1.0 32 1.0 33 1.0
31
32
33 34 1.0
34
35 37 2.0
36
37 38 1.0
38 39 1.0
39
log文件结尾：Job cpu time:    0 days  0 hours 15 minutes 55.4 seconds.
Elapsed time:    0 days  0 hours  0 minutes 34.8 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 115 Int=    0 D2E=    0 Chk=    4 Scr=    1
Normal termination of Gaussian 16 at Sun Sep 18 10:00:40 2022.
log文件向上翻：
Item             Value    Threshold  Converged?
Maximum Force          0.000051    0.000450    YES
RMS    Force          0.000012    0.000300    YES
Maximum Displacement    0.012269    0.001800    NO
RMS    Displacement    0.002181    0.001200    NO
Predicted change in Energy= 2.168780D-07

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-18 14:51

结构优化没收敛在这个问题中是次要问题，你这方法和基组

强烈建议逐篇仔细阅读
《简谈量子化学计算中DFT泛函的选择》http://sobereva.com/272
《谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”》http://sobereva.com/413
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336
《谈谈赝势基组的选用》http://sobereva.com/373

作者
Author: YXY262626 时间: 2022-9-18 14:58

zjxitcc 发表于 2022-9-18 14:51
结构优化没收敛在这个问题中是次要问题，你这方法和基组强烈建议逐篇仔细阅读
《简谈量子化学 ...

不好意思，老师，您给我推荐的这几个帖子我好多都看不懂，我再仔细看看吧

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-18 15:01

YXY262626 发表于 2022-9-18 14:58
不好意思，老师，您给我推荐的这几个帖子我好多都看不懂，我再仔细看看吧

计算级别不合理的话，计算即使收敛了没有意义。所以需要先仔细阅读上述博文

作者
Author: YXY262626 时间: 2022-9-18 15:04

zjxitcc 发表于 2022-9-18 15:01
计算级别不合理的话，计算即使收敛了没有意义。所以需要先仔细阅读上述博文

我们导师一开始叫我用LSDA/SDD这种基组和方法算过渡态，SOB老师给我说不可以用SDD的方法，我想请问一下老师，就是像算铂类分子和其他生物分子反应中间的过渡态结构优化，应该一般采取什么样子的计算级别。实在是麻烦老师了，学生太愚钝了，我也在摸索合适的计算级别。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-9-18 15:07

YXY262626 发表于 2022-9-18 15:04
我们导师一开始叫我用LSDA/SDD这种基组和方法算过渡态，SOB老师给我说不可以用SDD的方法，我想请问一下老 ...

你导师可能不懂计算，不用管他说的，你自己反复阅读上述博文即可。另外，SDD是基组不是方法，“LSDA/SDD这种基组和方法算过渡态，SOB老师给我说不可以用SDD的方法”这里面说反了。

不需要你自己摸索计算级别，博文里都讲得很详细。另外，“铂类分子和其他生物分子反应”没有分这么细的。

作者
Author: YXY262626 时间: 2022-9-18 15:17

zjxitcc 发表于 2022-9-18 15:07
你导师可能不懂计算，不用管他说的，你自己反复阅读上述博文即可。另外，SDD是基组不是方法，“LSDA/SDD ...

收到，感谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-18 16:52
算分子体系，拿LSDA这么烂的泛函不可能发得了文章
用Lanl2MB这么烂的基组这年头也甭指望发文章
在缺乏理论方法和基组选择常识的前提下绝对不要做计算，否则>99%算出来的是发表不了的垃圾数据，纯粹浪费时间和计算资源

“SOB老师给我说不可以用SDD的方法”我从来没这么说过！
对于过渡金属配合物的DFT计算，SDD描述金属原子明明是非常常用而且靠谱的

优化过渡态反复不收敛，要么初猜摆得太烂，都优化到没过渡态模样的结构去了，gview里看结构变化便知；要么就是巧合性震荡，仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
Gaussian里默认受力小于收敛阈值100倍即便位移没收敛也当成收敛。

另建议看此文
谈谈学量子化学如何正确地入门
http://sobereva.com/355（http://bbs.keinsci.com/thread-4447-1-1.html）

作者
Author: YXY262626 时间: 2022-9-19 09:03

sobereva 发表于 2022-9-18 16:52
算分子体系，拿LSDA这么烂的泛函不可能发得了文章
用Lanl2MB这么烂的基组这年头也甭指望发文章
在缺乏理 ...

社长您好，我上次发的帖子算过渡态的时候，您给我说我这个体系除了Pt以外都不要用SDD，请问社长我应该算这个体系过渡态的时候怎样控制PT是SDD，其他原子换一种基组呢？

作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2022-9-19 09:11

YXY262626 发表于 2022-9-19 09:03
社长您好，我上次发的帖子算过渡态的时候，您给我说我这个体系除了Pt以外都不要用SDD，请问社长我应该算 ...

详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

作者
Author: YXY262626 时间: 2022-9-19 18:52

北大-陶豫发表于 2022-9-19 09:11
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60

收到，老师，谢谢。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)