计算化学公社

标题: cp2k结构优化后如何对于优化后结构进行查看 [打印本页]

作者
Author: Infaltion 时间: 2022-9-18 15:24
标题: cp2k结构优化后如何对于优化后结构进行查看
各位老师好，想问问各位老师除去用VMD以外如何对于优化后的结构进行键长，键角以及二面角的测量，谢谢！

作者
Author: 七尺贱 时间: 2022-9-18 15:43
使用Multiwfn转换成cif文件，放到MS里面测量我觉得可以

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-18 16:44
Multiwfn载入restart文件，进入主功能0，菜单上选Tools - Measure geometry，输入原子序号就可以计算键长键角二面角
用Multiwfn主功能100的子功能2转换成gjf或cif或POSCAR等其它格式再用gview等程序去量也可以

作者
Author: Infaltion 时间: 2022-9-19 09:53

sobereva 发表于 2022-9-18 16:44
Multiwfn载入restart文件，进入主功能0，菜单上选Tools - Measure geometry，输入原子序号就可以计算键长键 ...

谢谢老师！我这就去试试

作者
Author: John_Tao 时间: 2022-10-22 16:11

sobereva 发表于 2022-9-18 16:44
Multiwfn载入restart文件，进入主功能0，菜单上选Tools - Measure geometry，输入原子序号就可以计算键长键 ...

请问sob老师，用multiwfn生成cp2k输入文件，然后进行结构优化。分析结果时，只有最后一个.restart文件，但我想可视化每一步的结构在怎样逐步变化需要如何实现？

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-22 16:33

John_Tao 发表于 2022-10-22 16:11
请问sob老师，用multiwfn生成cp2k输入文件，然后进行结构优化。分析结果时，只有最后一个.restart文件， ...

看 CP2K 官网的例子说明
https://www.cp2k.org/howto:geometry_optimisation

输出结果里有 XXXX-pos-1.xyz 文件（这里的 XXXX 是你的计算体系的名称）。
这个文件里有几何优化过程中的每一步的结构（以 xyz 格式保存），可以用 VMD 打开这个文件，查看优化过程中的结构变化。

作者
Author: John_Tao 时间: 2022-10-22 16:38

乐平发表于 2022-10-22 16:33
看 CP2K 官网的例子说明
https://www.cp2k.org/howto:geometry_optimisation

感谢老师！

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-22 16:55

John_Tao 发表于 2022-10-22 16:38
感谢老师！

任何时候遇到问题要首先查看官方的文档

作者
Author: John_Tao 时间: 2022-10-23 14:20

乐平发表于 2022-10-22 16:55
任何时候遇到问题要首先查看官方的文档

好的，谢谢老师，我以后一定先查看官方文档。

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