计算化学公社

标题: 求助GROMACS里计算非键相互作用的mdp设置 [打印本页]

作者
Author: reddy 时间: 2022-9-18 16:18
标题: 求助GROMACS里计算非键相互作用的mdp设置
算非键相互作用，我查了一下资料，他是折磨做的，把.mdp文件里面加了一个energygrps =A B关键词；但是我看咱们网站上是进行rerun把原来的.mdp文件改成了pbc = xyzcutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 3.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 3.0
DispCorr    = EnerPres

（PS : 我看了好多资料是按照第一种方法算的，我照着两个方法分别算了一下，但是LJ-SR的相差很大）想问一下用个算比较准确呢？还请大神指教！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-18 16:28
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “非键相互作用” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-18 16:30
搞清楚你要算什么。设置能量组并且rerun的做法是用来计算特定两个组间相互作用能的，你贴的mdp根本没有体现这一点，只是常规非键相互作用的计算
rerun结合能量组，本论坛里有无数相关帖子，首页google框仔细搜

我看咱们网站上是进行rerun把原来的.mdp文件改成了pbc =

这是严重误导性描述。本论坛里的帖子从来没有在没有前提的情况下这么做，而且在不设置能量组的前提下做rerun时这么改根本没有意义

作者
Author: reddy 时间: 2022-9-18 16:32
不好意思，我算的就是两组分的。

我看了相关帖子他们算两组分是按照我上面写的第二种方法算的

作者
Author: reddy 时间: 2022-9-18 16:33

sobereva 发表于 2022-9-18 16:30
搞清楚你要算什么。设置能量组并且rerun的做法是用来计算特定两个组间相互作用能的，你贴的mdp根本没有体现 ...

我设置了能量组

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-19 00:32

reddy 发表于 2022-9-18 16:33
我设置了能量组

把问题完整、严谨、不带歧义地交代清楚，届时我再回复

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