计算化学公社

标题: 适合SiO2的模拟力场有哪些？ [打印本页]

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Author: Wenchuan 时间: 2022-9-19 11:51
标题: 适合SiO2的模拟力场有哪些？
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-9-11 16:06 编辑

请问老师，网址二氧化硅力场文件 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)用charmm27力场构建了MS构建的SiO2的top文件，可不可以用GROMACS G54A7力场构建top文件并模拟呢？如果只能用charmm27力场构建top文件，如何实现SiO2与GROMACS G54A7力场的分子比如C7H16一起利用GROMACS进行模拟呢？因为在ATB网站上找到的分子都是GROMACS G54A7力场的分子。 (, 下载次数 Times of downloads: 23) 是SiO2的结构文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-19 17:17
看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面二氧化硅的例子
GROMOS之类普通有机分子力场完全描述不了SiO2

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-9-19 18:26
本帖最后由 Wenchuan 于 2022-9-19 18:28 编辑

sobereva 发表于 2022-9-19 17:17
看http://sobereva.com/soft/Sobtop里面二氧化硅的例子
GROMOS之类普通有机分子力场完全描述不了SiO2

http://sobereva.com/soft/Sobtop/sobtop_1.0(dev3.1).zip 文件中 examples-SiO2_3x3x3文件夹里的top文件等 (, 下载次数 Times of downloads: 9)

(, 下载次数 Times of downloads: 23)

(, 下载次数 Times of downloads: 18)

需要在哪个力场里用呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-19 23:40

Wenchuan 发表于 2022-9-19 18:26
http://sobereva.com/soft/Sobtop/sobtop_1.0(dev3.1).zip 文件中 examples-SiO2_3x3x3文件夹里的top文件 ...

本来itp里就已经定义了力场参数

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-9-22 09:37

sobereva 发表于 2022-9-19 23:40
本来itp里就已经定义了力场参数

sobereva老师，itp里自己定义的力场是对于此SiO2的pdb文件特有的，那这样只能单独模拟SiO2，而不能将此SiO2与一般力场中的其它分子一起模拟了，这样理解对吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-23 05:34

Wenchuan 发表于 2022-9-22 09:37
sobereva老师，itp里自己定义的力场是对于此SiO2的pdb文件特有的，那这样只能单独模拟SiO2，而不能将此Si ...

当然可以一起模拟
你对gmx的拓扑文件规则理解有问题，gmx是极其灵活的

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-23 09:57

sobereva 发表于 2022-9-23 05:34
当然可以一起模拟
你对gmx的拓扑文件规则理解有问题，gmx是极其灵活的

sob老师这里我也有点疑惑
1、比如说SiO2的LJ参数、原子电荷是从文献中找到，然后用sobtop生成itp文件，那这样子SiO2的力场参数应该算是属于什么力场呢？（利用Hessian自动计算力常数、Multiwfn计算原子电荷后得到itp文件，这也属于什么力场呢）
2、接着想研究SiO2与某些小分子有机物的界面作用，有机物由Ligpargen生成基于OPLS-AA力场的itp文件，那么我怎么判定会不会存在力场混用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 00:50

confidence 发表于 2022-9-23 09:57
sob老师这里我也有点疑惑
1、比如说SiO2的LJ参数、原子电荷是从文献中找到，然后用sobtop生成itp文件， ...

1 LJ和原子电荷如果从文献来的，显然就是用的文献里的力场。若用自己算的原子电荷结合自己搞的bonded参数，力场就是你自己的，文中写明参数怎么来的就行了。

2 显然这是混用。本来OPLS-AA也不包含SiO2的参数、没法描述SiO2，总不可能只说成当前模拟用的是OPLS-AA力场。

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-9-24 16:32
本帖最后由 Wenchuan 于 2022-9-24 16:34 编辑

sobereva 发表于 2022-9-24 00:50
1 LJ和原子电荷如果从文献来的，显然就是用的文献里的力场。若用自己算的原子电荷结合自己搞的bonded参数 ...

那么为了共同模拟小分子和SiO2，将小分子力场（如GROMACS G54A7力场）和自己得到的SiO2力场混用进行模拟可以得到合理的结果吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-25 02:07

Wenchuan 发表于 2022-9-24 16:32
那么为了共同模拟小分子和SiO2，将小分子力场（如GROMACS G54A7力场）和自己得 ...

若无特殊情况，有机小分子一律建议用GAFF描述，和前述SiO2力场完全兼容

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-25 10:56

sobereva 发表于 2022-9-24 00:50
1 LJ和原子电荷如果从文献来的，显然就是用的文献里的力场。若用自己算的原子电荷结合自己搞的bonded参数 ...

谢谢sob老师的回答，那老师，
1、若无机物的LJ参数和原子电荷都是自己算的，也就是老师您说的力场是自己的，那我如何来判断模拟体系中的有机物用什么力场才不会存在“力场混用”情况呢？（研究有机无机相界面情况时）
2、老师您说的OPLS-AA力场不包含SiO2的参数，所以是按您10楼回复那样，有机物采用GAFF力场，SiO2用sobtop例子生成itp，才是最好的选择对吗？（但是GAFF力场中我看了一下好像也没有Si的LJ参数这些呀？UFF力场中我倒是看到了）

作者
Author: bobosiji 时间: 2022-9-25 16:14

sobereva 发表于 2022-9-25 02:07
若无特殊情况，有机小分子一律建议用GAFF描述，和前述SiO2力场完全兼容

我印象中，opls（cm1.5电荷）比gaff模拟有机小分子更准确？现在gaff的准确性提高了么？多谢提点~

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-26 05:35

bobosiji 发表于 2022-9-25 16:14
我印象中，opls（cm1.5电荷）比gaff模拟有机小分子更准确？现在gaff的准确性提高了么？多谢提点~

没有cm1.5电荷，大抵你是指1.2*CM5
OPLS-AA描述有机小分子不比GAFF有普遍性明显优势，而且AmberTools程序包里的GAFF的参数在GAFF公开发表后又做了不少更新，比最早的GAFF已经有很多改进了（参见AmberTools的gaff.dat文件末尾的更新注释）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-26 05:50

confidence 发表于 2022-9-25 10:56
谢谢sob老师的回答，那老师，
1、若无机物的LJ参数和原子电荷都是自己算的，也就是老师您说的力场是自己 ...

1 不要把“力场混用”当成错误，要区分合理的混用和不合理的混用

(, 下载次数 Times of downloads: 25)

sobtop网页里的SiO2参数的来源文献在摘要里就明确说了：The parameters are integrated into multiple force fields for broad applicability to biomolecules, polymers, and inorganic materials (AMBER, CHARMM, COMPASS, CVFF, PCFF, INTERFACE force fields)，显然可以和AMBER/GAFF来混用

2 SiO2部分的Si的LJ参数显然是来自于SiO2参数那篇文章里的，文章里明确给了

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-26 09:43

sobereva 发表于 2022-9-26 05:50
1 不要把“力场混用”当成错误，要区分合理的混用和不合理的混用

好的呢谢谢sob老师的回答，的确是不小心把“力场混用”当成了错误，这里还有一个疑问：
若一个物质（氧化铋、杂化钙钛矿等）的参数都是自己获得（计算原子电荷和力常数），那这样子生成的itp文件，能和哪种力场一起使用呢？这个应该如何去判断。（毕竟没有像SiO2的那参考文献直接说可以广泛应用于AMBER\CHARMM等力场）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-26 09:52

confidence 发表于 2022-9-26 09:43
好的呢谢谢sob老师的回答，的确是不小心把“力场混用”当成了错误，这里还有一个疑问：
若一个物质（氧 ...

光是计算原子电荷和力常数不足以完整定义力场，还少了非常关键的LJ参数，LJ参数怎么搞，这直接决定了和什么能混用

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-26 10:16

sobereva 发表于 2022-9-26 09:52
光是计算原子电荷和力常数不足以完整定义力场，还少了非常关键的LJ参数，LJ参数怎么搞，这直接决定了和什 ...

哦哦好呢sob老师，那意思就是说如果文献中能找到LJ参数，并且文献中说了该参数是与什么力场适应，那就能通过该力场来判断和其他力场的混用。
但是如果老师我找不到文献中对应的的LJ参数呢？这种情况下我应该怎么做呢？（用sobtop里自带的UFF/GAFF的LJ参数对吗）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 05:59

confidence 发表于 2022-9-26 10:16
哦哦好呢sob老师，那意思就是说如果文献中能找到LJ参数，并且文献中说了该参数是与什么力场适应，那就能 ...

找不到专用的LJ参数就用UFF的凑合

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-27 09:35

sobereva 发表于 2022-9-27 05:59
找不到专用的LJ参数就用UFF的凑合

嗯嗯老师我也是这么做的，那这样子就算是用了UFF力场对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-28 08:58

confidence 发表于 2022-9-27 09:35
嗯嗯老师我也是这么做的，那这样子就算是用了UFF力场对吗？

显然还看bonded参数怎么来
如果用的UFF的LJ参数，而bonded相关参数是自己搞的，也不算严格的UFF力场

作者
Author: confidence 时间: 2022-9-28 09:36

sobereva 发表于 2022-9-28 08:58
显然还看bonded参数怎么来
如果用的UFF的LJ参数，而bonded相关参数是自己搞的，也不算严格的UFF力场

好呢谢谢sob老师的耐心回答

作者
Author: 波波波 时间: 2022-10-30 22:04
请问，如果我想模拟二氧化硅的表面（interface 力场里带的结构，表面羟基化程度不一样，带有不同数量的钠离子）和有机物小分子（用GAFF）的相互作用，那么，我该怎么处理这种二氧化硅的表面呢？

作者
Author: wenzihao 时间: 2022-11-16 16:47
请问，无定型的SiO2也可以用类似方法获取力场嘛？

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