公社群聊Q&A整理：2015.07.14 18 ~ 2015.07.18 00 Concate（含既往全文） - 计算化学公社

2015.07.14 17:46:44
Q:
[图片]各位老师好，小的进行IRC计算出现123错误，输入文件为[图片]想请教一下各位，这种情况该怎么解决呢？好期待您的答复[Emoticon]
A:
IRC里写上LQA
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2015.07.14 17:49:48
A:
求Current Organic Chemistry文献一篇，谢谢，sci-hub无效
http://www.ingentaconnect.com/content/ben/coc/2011/00000015/00000011/art00006
一个伊朗同志向我求，我也没地方下
这个有点小众
Q:
sob老师也求文献啦，哈哈，试试
sob老师，好了
[图片] 火离珠分享文件 10:12:20
"Generation__Identification__and_Synthetic_Applications_of_Nitrile_Sulfides_and_Nitrile_Selenides1.pdf" 下载
没有啊
[图片]
共11页，我这边都可以打开的
A:
谢谢二位！
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2015.07.14 17:52:40
Q:
老师们，我扫IRC的时候出现了IRC路径上突然一个点掉下来了这是什么意思[图片]
A:
如果没算完等算完再说
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2015.07.14 18:00:30
Q:
老师，我优化过渡金属配位化合物，如Zn2+和nh3，用b3lyp方法，过渡金属用lanl2dz，其他用6-311+g（d，p），不收敛而用
A:
去掉弥散函数retry
Q:
用过了都不收敛呢
而用bp86 sdd 6-311+g（d，p）收敛，这个可行吗
A:
凑合
Q:
用tpssh sdd 6-311+g（d，p）也收敛
A:
弥散函数没必要加的时候别加，白费时间也没什么用处
Q:
好的，谢谢，是跟lanl2dz有关吗
A:
没直接关系
Q:
老师，bp86 tpssh哪个靠谱点？
A:
BP86
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2015.07.14 18:34:34
Q:
各位老师，有没有非限制的AdNDP程序？即UAdNDP
A:
什么叫非限制？Multiwfn就能对非限制性波函数进行adndp分析。
Q:
unrestricted AdNDP (UAdNDP) analysis
就是这个
A:
起码先把具体含义搞懂，不要急着算
Multiwfn是唯一公开的能做adndp分析的程序
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2015.07.14 23:29:09
Q:
请问高斯出现L906错误是什么原因呢？
[图片]
老师，我还是解决不了出现L906错误该怎么办？
[图片]
这是我的输入文件
也就是说，写不写 scf=direct 都一样
A:
scf后面那一串都去了，毫无意义，还降低精度。
这种级别计算弱相互作用明显不合理
scf默认就是direct，内存足够大才切换到incore，没必要手动设direct
你的任务明显是MP2过程而非SCF过程的问题。
劝你别用MP2
Q:
incore不是默认的么
请查看Gaussian09 手册
A:
g09是不会自动用conventional方式做scf的
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2015.07.15 01:05:45
Q:
请问一下这种图是用什么软件出的啊？[图片]
看样子像是 VMD
好的，谢谢啊
箭头和数字像是 PPT 的风格
A:
不是VMD做的，但VMD也能做
Q:
请问下上面那个图中的彩色线怎么做呢
A:
这点上VMD是最灵活的
Q:
感觉有点立体还很漂亮
A:
用ribbon方式显示，然后适当选择着色方式
Q:
老师这条线是怎么弄出来的
请问下那条彩色线是怎么加上的
A:
coloring method选resid。只不过色彩过渡不会那么平滑
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2015.07.15 01:12:39
Q:
请问：如果想知道一个周期性晶体结构上各原子所带电荷，使用MS软件的哪个模块进行呢？
A:
dmol3、castep
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2015.07.15 01:51:23
Q:
请教下各位，长程跟短程的界限是多少呢？譬如氢键算是哪一种？谢谢
A:
长程和短程的划分视场合而定，没有绝对的标准
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2015.07.15 01:56:54
Q:
请问一下，有谁知道用高斯03优化出的结构，自旋密度的单位是什么？
应该是有的，但不同程序算出来的不一样
A:
a.u.，或者写|e|/bohr^3
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2015.07.15 02:18:14
Q:
高斯怎样加范德华矫正，输入怎么做？
各位请教一下，高斯加范德华矫正的输入文件怎么做，在PBEO水平上。谢谢
A:
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2015.07.15 03:40:58
Q:
请问sob老师，溶剂里面的弱相互作用 AIM分析结果有意义吗？因为没有看到文献提到有做溶剂里的~
A:
有
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2015.07.15 03:45:37
Q:
sob老师用vmd怎样可以选择和type 2原子相连的所有原子呢[Emoticon]
A:
没有简单的语句能够去选择与之相连的
Q:
我觉得他问的不是怎么看键长这么简单，可能是问怎么设定显示氢键的范围
你没明白我的意思……
我只是猜他估计想问怎么样设置之后，直接就能看出结构里那些是属于氢键，那些是共价键
相当于设置了一个阈值
这个在 VMD 里可以实现，但是 GaussView 我不知道怎么设置
比如这样的效果
[图片]
A:
gv没法设判断标准，只能自己量
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2015.07.15 04:12:32
Q:
sob老师请问如果是两个自由基发生反应，这个怎么设计IRC计算呢？
对于自由基怎么设定哪个未成对电子在哪个原子上？
A:
这没法设定，而是算出来是怎么分布的就是怎么分布的
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2015.07.15 04:53:55
Q:
sob老师，我用高斯显示出来的自旋密度和用multiwfn显示出来的自旋密度图不一样，这是为什么
A:
操作问题，或者等值面数值设得不一样
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2015.07.15 05:42:35
Q:
咨询一下老师，利用22%的泛函，pbe1kcis优化激发态出现KCIS cannot do third derivatives.而且好几个分子都这样，是不是应该换泛函？有没有其他的22%左右的，谢谢老师@Sobereva
A:
B3LYP就是20%，没必要用那些古怪的泛函。
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2015.07.15 06:39:41
Q:
老师，我找过渡态命令为%chk=tsi7.chk
%nprocshared=6
%mem=12GB
#p opt=(calcfc,ts,cartesian,noeigentest,gdiis) freq=noraman b3lyp/genecp nosymm geom=connectivity gfinput int=ultrafine iop(5/13=1,1/11=1,1/8=7) scf=(maxcyc=200,converge=9) 设定200步为什么输出log竟然达到410步啊，什么问题，命令有错吗
平时也是这些命令啊，跑完200终止或报错，为什么这次竟然跑410仍在进行啊
郁闷，请问到底怎么设置步数，不写maxcyc=N ，怎么设置opt步数啊
A:
noraman、nosymm、gfinput、int=ultrafine、iop(5/13=1,1/11=1,1/8=7)、scf=(maxcyc=200,converge=9)全都不该写！
设这个毫无意义
非要设写在opt里
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2015.07.15 07:02:58
Q:
S老师，您这期的培训班会讲酶促反应中的过渡态的初猜方法吗？
你是要分析它上面是否有亲电反应位点嘛
这个，用S老师的软件很容易分析出来。
A:
这属于过于具体的，不会专门讲。但是给的初猜实例已经很多了，掌握了初猜方法的基本处理策略，对任何实际体系都能应付。
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2015.07.15 07:16:55
Q:
请问形成氢键的键长范围是多少？
A:
X-H---Y的XY距离最多不超过4埃
Q:
HY呢？
A:
不用管HY
Q:
HY的距离不同，，优化之后，有时候会出现HY双建，有时候单键
GV显示的没什么意义
这个HY距离4埃是必须的么，或者有没有相关文献呢？我最近算的体系里也有氢键，但是只是用rho vs RDG的尖端对应的电子密度大小超过0.05(0.3~0.15)来说明，请问sob这样也可以嘛？谢谢。
单双健无意义，只看输出文件中的能量吗？
A:
我说的是XY距离，不是HY距离
H-Y是弱相互作用程度，不可能显示单双键，如果真这么显示了也是gv犯糊涂
XY距离4埃是上限，一般程度的氢键都得3.5埃以内
X-H---Y键角大于150度，XY距离小于3.5埃，是比较常见的氢键的几何判断标准。<4埃、>130度则算非常非常宽松的标准
Q:
老师，这个多少挨在哪里可以看到和设定
A:
gv
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2015.07.15 16:33:14
Q:
请问那怎么指定反应物和产物呢？如果反应物有多个
A:
不同反应物对应不同的过渡态，用不同的过渡态初猜结构
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2015.07.15 17:14:42
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
　° 看你是什么分子。小分子晶体结构就搜CCDC
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2015.07.15 17:15:59
Q:
老师，系统开机出现这样的错误
我该如何解决？
Dell的服务器~win系统
A:
找客服
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2015.07.15 17:18:04
Q:
sob 老师，我的反应体系是三个反应物组成一个过渡态生成2个化合物，这样的过渡态设计，直接初猜有点困难，所以想通过QST2找下
这样的话，我的产物和反应物有多个，QST2里怎么指定？
A:
这种情况QST2可能更困难
不用管有几个分子，要把反应物、产物都当成整体，作为复合物看待
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2015.07.15 17:21:44
Q:
sob 老师，用Multiwfn做静电势的盆分析与帖子中http://sobereva.com/159 静电势分析有什么不同？
A:
分析方式完全不同。一般很少去做静电势的盆分析。
同一个函数以不同方式分析有不同的用处。对于静电势，一般都是分子表面上的静电势的分布特征。
Q:
哦，那就是说还是http://sobereva.com/159这里做的更加全面
明白了
A:
不能说更加全面，只不过这个帖子里这种方式分析最常用、最有用
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2015.07.15 17:27:12
Q:
请问sob老师，溶剂里面的弱相互作用 AIM分析结果有意义吗？因为没有看到文献提到有做溶剂里的~ @Sobereva
A:
[图片]
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2015.07.15 17:36:55
Q:
sob老师，我想用高斯扫描Ar原子的作用势能曲线，同时考虑BSSE校正。输入如下：[图片]但是在输出结果中得到的势能面的结果却是同一个值，[图片]，不明白为什么会这样，还请老师指导
A:
高斯bug，或者说scan和counterpoise不兼容
这种计算级别很不理想，精度太低。
应改用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ再结合counterpoise
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2015.07.15 17:41:28
Q:
老师什么情况下，hf和mp2算出的轨道能是一样的
A:
根本就没有MP2轨道能
MP2计算给出的轨道就是HF轨道
除非你基于MP2密度矩阵专门去获得MP2自然轨道，但是这没有轨道能的概念
Q:
那老师直接用HF的轨道能就可以吧，不会显得精度低吧 @Sobereva
A:
用HF的轨道能干什么用？
Q:
[图片]就是分析这个图的能量差
A:
凑凑合合，但更推荐用DFT轨道能
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2015.07.15 17:43:30
Q:
恩恩，精度这个可以改，那因为这个bug，我想要找到计算的能量的结果，是不是只能到输出结果里一个一个找了？
A:
可以用grep批量提取
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2015.07.15 17:51:48
Q:
拓扑分析的时候怎么改变原子颜色，怎么都是紫色的
A:
Multiwfn里没法改，用VMD作图时可以自由选择颜色
Q:
VMD作图？那怎么导出CP点等信息用作VMD读入文件
A:
Multiwfn结合VMD绘制AIM拓扑分析图
http://sobereva.com/207
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2015.07.15 17:52:19
Q:
我一用GV打开chk文件，就出现下图的错误。chk是windows计算的。打开log文件都没问题，只打开chk文件出错，麻烦帮我看看怎么回事呢？谢谢了[图片]
A:
先自行用formchk转换成fch看是否成功
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2015.07.15 17:56:27
Q:
这是为什么
请问这是为什么
[图片]
A:
l写成1了
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2015.07.15 18:03:52
Q:
不好意思没有看到~ 谢谢sob 那我可以通过比较真空和溶剂中的电子密度ρ 来说明作用强度变化吧？
A:
这么比较未必合适，从原理上关系没那么明显
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2015.07.15 18:22:39
Q:
请问，NBO图像和NLMO图像差别大么？
A:
不大，NLMO比NBO离域性稍微大一点，有尾巴特征
...提起尾巴就突然想起某人
Q:
确实
我说的么，我做水的NBO和NLMO几乎是一样
没看出什么区别
A:
把等值面数值改小，就会看到NLMO的尾巴
Q:
我试试
A:
NLMO为了保证占据数是整数，代价就是离域性比NBO要大
Q:
给NBO正交归一了？
A:
NBO、NLMO都是正交归一的
Q:
额~NHO不是正交归一的？
我记错了？》
A:
也是。
NBO程序产生的各种轨道中，开头不带P的都是正交归一集
Q:
我再消化一下，前几天看的课件，说是什么正交之后得到的NBO
带P的理解成正交归一之前把
A:
对
带P的，如PNHO、PNBO等等，都是基于PNAO构建的。PNAO不是正交的（原子内正交，原子间不正交），所以后续的也都不正交归一。
不带P的是基于NAO构建的，都是正交归一的。
Q:
那AO和NAO各自的特点呢？我看材料中描述说是NAO的psi更紧缩，也是占据数的区别？
A:
AO就是指基组定义的基函数
并不能简单地说NAO更紧缩。只不过原先的基函数化学意义不清，只有数学意义；而NAO则从化学意义上分得比较清楚，分成了有化学意义的极小集（每个NAO对应一个原子轨道），和没什么化学意义、表现弥散和极化特征的里德堡集
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2015.07.15 18:39:29
Q:
[图片][图片] 老师我重新提取构象加了 calcfc 还是不收敛这该怎么办呢
[图片] 是这个样子的该怎么办呢 @枪下游魂
A:
能量还在降，继续优化
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2015.07.15 18:55:44
Q:
老师，做scan非要用内坐标吗。要扫描的二面角内坐标里没定义可怎么办呀？
A:
也能用笛卡尔坐标。
柔性优化亦可用冗余内坐标，直接定义要扫什么二面角
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2015.07.15 19:03:48
Q:
请教各位老师个问题，计算激发态的虚频时，是用UDFT，0 3
还是RDFT 0 1
是用几何优化时的开壳层方法还是闭壳层，多重度用改吗？谢谢
[图片] 各位老师我还有个疑问下面这个图表示什么能得出什么信息么
A:
平均受力
Q:
sob老师，计算激发态的虚频时，是用UDFT，0 3
还是RDFT 0 1
谢谢
A:
问得不明不白。
字号别那么大
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2015.07.15 19:23:34
Q:
sob老师，我用VMD做了一下SASA（在VMD-Extensions-analysis-timeline中做的），发现二聚体中的六肽在复合物中和单体情况下表现出一样的值，这样的话如何用二聚体形成前后的SASA的差值表征二聚体之间的疏水性呢？
A:
不可能是一样的。二聚前后SASA一定发生变化
毕竟两个单体会发生接触
Q:
没有接触只是非键作用
A:
非键作用也是接触，不接触连非键作用都没有
如果你是指之间依然有缝隙，SASA没连到一起去，把探针半径设大
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2015.07.15 21:09:28
Q:
弱弱地求助一下，请问哪位能下载Wiley Online Library的文献？
A:
sci-hub
Q:
嗯？
A:
[图片]
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2015.07.15 22:47:59
Q:
有谁用过hyperchem吗？
我hyperchem初优化的CO2为什么多了个氢原子连在了C上，请问怎么解决啊
A:
别用这种过时的东西
Q:
那应该用什么进行初优化
一般都是用hyperchem来构造结构
用gaussian来进行初优化的话有些耗时
A:
想图快就用高斯做半经验
hyperchem除了构象搜索功能外几乎毫无实用价值
Q:
其实我就是为了搜索构想的
我是想用hyperchem搜索构象，然后保存mol文件，再用gaussian打开保存gjf文件，然后进行精确优化
噢，这样啊
A:
只要你看着结构不是很离谱，比如原子之间距离过近之类，肯定能正常计算
Q:
计算一般都能
构型不合理的情况我也只是遇到过两个原子离的太近的情况
对于弱相互作用力的研究主要是构型我觉得不好画，所以用hyperchem来找构型
A:
什么体系？
Q:
双卤分子
A:
可以参考
使用molclus程序做分子团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/276
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2015.07.15 23:11:54
Q:
收敛失败
A:
老生常谈
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
Q:
对于这个问题，据说可以用scf=qc/xqc来解决。
但是貌似这个优化结束过后还要提取最后一个结构来进行重新优化
A:
这是下策
看我的文章
Q:
恩，好的
A:
不需要重新优化
Q:
不需要啊
我其实也觉得不用优化，只是我师兄总说要重新优化
A:
以讹传讹
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2015.07.15 23:16:28
Q:
做IRC计算的话最后一个构型要不要再从新优化
A:
需要
Q:
做IRC计算的话最后一个构型再从新优化的目的和作用是什么？
A:
IRC即便跑完整，最后两端的结构也不是精确的反应物和产物的结构，有一定偏差，因为IRC的步长是固定的
Q:
所谓的步长，是不是用牛顿法迭代算法里的那个步长？
A:
是IRC过程中固定的步长，不是几何优化的步长上限
Q:
IRC过程步长是以受力为判据还是以能量变化为判据？
A:
这是你自己设的
Q:
好的
A:
不清楚IRC的算法看此文
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
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2015.07.15 23:36:48
Q:
sob以前在百度里的帖子全进入sobereva这个域名里面了？
A:
基本
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2015.07.16 03:11:39
Q:
我发现其结果和高斯自带的有较大差别。比如，Wiberg bond index的计算，高斯自带的总键级，竟然不等于alpha键级+alpha键级。而用NBO6算就可以。
A:
不相等大抵是因为用的是总密度矩阵算的，此时不等于两种自旋的加和
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2015.07.16 10:56:13
Q:
高斯 B3LYP/6-31+G(d,p) 计算苯在乙醇溶液模型中的 UV-vis 和已有实验数据完全对不上啊，论坛上也有人提出这个问题，但最终没有解决。
请问各位，dft计算UV谱，对泛函和基组是否很强依赖？对于含C，H这种轻元素的分子，一般怎样选择计算方法比较合理？请指点迷津。
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2015.07.16 17:03:44
Q:
北京科音自然科学研究中心近期将于北京开办以下培训班：
(1) 8月5日至7日：科音量子化学基础暑期班。本培训将详细讲解量子化学研究中所需要掌握的各种理论知识，传授实际计算中的重要经验、技巧，以及遇到的各种问题时的解决方法。本培训将使初学者的水平在短期内飞升，具有一定研究经验者也将得到进一步提高。
(2) 8月10日至13日：第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班。将系统讲解各种波函数分析知识，如AIM、NBO、概念密度泛函、能量分解等，以及讲授各种问题的分析方法，如成键、芳香性、电子激发、弱相互作用分析等。并将详细介绍和演示强大的Multiwfn多功能波函数分析程序的使用。本培训将大大拓宽研究问题的视野，使量子化学研究如虎添翼、研究深度显著提升。
详情请进入www.keinsci.com查看培训通知。两个课程同时报名有大幅优惠。课程将由本群群主、Sobereva网名主要使用者、Multiwfn程序的开发者卢天同志讲授。
何时截止？
A:
通知里报名方式部分都写着
[图片]
详情查看通知
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2015.07.16 17:29:28
Q:
[图片]Sob老师我采样的hist.xvg成这个样子！我是把一个小分子从-1.4的位置拉倒0的位置，然后从0的位置在拉到1.4 的位置进行采样！得到上述的分布图合理吗？
A:
拉是什么意思？依次把伞状势的中心按照一定间隔放置并分别做MD？
图中也不是0到1.4啊
Q:
是！（拉就是得到一系列的初始构型（即窗口），然后对每个窗口施加伞形势进行采样）
我前后多取了一个窗口
A:
有的峰都完全重合了
Q:
是啊
A:
力常数加大些看看能不能避免这个问题
Q:
我想问一下这个和你使用的pull_geometry关系大吗？？
A:
具体都忘了
应该就是pull=umbrella结合pull_geometry=position，并让pull_rate1=0使弹簧点位置不变
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2015.07.16 17:45:13
Q:
范德华矫正和色散矫正一样的吗？
是vdw-PBE1PBE,还是PBE1PBE-D3?
看了帖子没明白
A:
字号改小点，别超过13
Q:
好的
A:
色散校正有许多方式，vdw-和-D3是不同的做法
Q:
我看过了，但对pbe0是vdw-PBE1PBE,还是PBE1PBE-D3呢‘
因为只有D版本能用，现在无法验证
A:
当然是PBE1PBE-D3
Q:
好的，谢谢！
A:
手册里从来没说vdw-
Q:
是的，但老师让我加范德华矫正
所以不知怎么办
A:
你问他：你说的范德华校正指什么？哪篇文章提出来的？
Q:
他没说，只是说二元体系要加范德华矫正
A:
你就加DFT-D3色散校正就完事了
加什么范德华校正
范德华包含互斥和吸引部分，吸引部分就叫色散作用。需要校正的也正是对色散部分的描述，所有泛函本身都能正确描述互斥部分。
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2015.07.16 17:45:47
Q:
谁能给一个Molecular Electronic-Structure Theory的百度云下载？？
A:
公社邮箱里就有
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2015.07.16 17:51:06
Q:
请问：分子的gap越小对应的吸收波长就越大，这句话是对吗？谢谢
A:
只能说HOMO-LUMO主导的跃迁是那样
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2015.07.16 17:59:29
Q:
[图片]怎么没变化呢
[图片]谢谢调好了
[图片]这句话的意思是先将chemdraw做的图插入文章（我插入-对象-文件中选择时显示word出错）所以用了复制粘贴，效果应该一样吧，完成后在返回chemdraw将图形缩小到75% 不知道这样理解这句话是否正确但缩小后的图形有点小
A:
其实你不用花那么大精力折腾格式。投稿的时候不会要求这些的，等文章中了之后，如果编辑要求你改这些再去改。否则要是被拒了，费那么多时间弄这些就全白费了。
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2015.07.16 18:37:38
Q:
我在用VASP计算ELF的时候出现这种错误[图片]
A:
从这种提示没法判断原因。
基本上都是因为输入文件有问题，或者程序bug所致
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2015.07.16 18:56:15
Q:
Sob老师，还是上次请教您的问题，我在盒子里插入分子。现在遇到新的问题，就是我在一个给定大小的盒子里插入分子，-nmol在我想要的数量，可是实际上能插入的还不到我设置数目的五分之一，密度远远达不到，这种情况我该怎么解决呢
A:
用packmol插入。这样分子可以比较紧密地排布。
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2015.07.16 19:06:22
Q:
老师：您好！我在网上看到说LUMO和HOMO之间gap不能反映化学活性，但是可以用来区分金属，半导体，绝缘材料，无gap或小是金属，小gap是半导体，gap很大就是绝缘材料了。可是我看到很多文章都提到了gap能反映活性，老师您怎么看
A:
活性这个词太笼统。但至少光靠gap来反映显然不妥。
对某些反应，某一类类似的体系，横向比较或许才能和gap找出些关系来
Q:
恩，那在一个化合物中，对于”可以用来区分金属，半导体，绝缘材料，无gap或小是金属，小gap是半导体，gap很大就是绝缘材料了”。可以吗？
A:
可
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2015.07.16 19:22:03
Q:
[图片] 老师你好像这样能量一直下的话，还是不收敛就加大step么？可是已经100了
A:
关键词怎么写的？
Q:
[图片]#p freq b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity fopt=(calcfc,z-matrix,maxcy
c=100) iop(5/13=1,2/16=1) 老师您好昨天在群里问了下加了个calcfc
A:
去掉 iop(5/13=1,2/16=1)、z-matrix，fopt改成opt
如果还收敛这么慢，写calcall
Q:
#p freq b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity opt=(calcfc,maxcyc=100) 老师这样写可以么
A:
可
Q:
老师为什么我去掉那个iop后，任务交不了呢
A:
与此无关
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2015.07.16 20:50:49
Q:
大神，添加的溶剂效应scrf里没有我想要的溶剂怎么办，怎么添加设置想要的溶剂？[Emoticon][Emoticon][Emoticon]
A:
[图片]
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2015.07.16 21:56:29
Q:
求个可以用的google学术地址
A:
https://duliziyou.com/!scholar.google.com/schhp?hl=zh-CN&as_sdt=0,5
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2015.07.16 22:47:43
Q:
简单说，分子动力学是一种基于统计热力学的分子模拟的采样方法；任何一种模拟方法都需要计算能量，而分子力学则是计算能量的方法之一，核心思想是把分子看成是弹簧连成的小球；基于分子力学的模拟叫经典分子模拟。你还可以用量子力学计算能量去跑动力学，那叫量子分子动力学模拟。量子力学的核心思想是把分子看成是由电子云连接起来的原子核。所以量子力学又叫电子结构计算。
那你会问，采样和计算能量的区别：采样就像你要去另外一个城市，这是目的；而计算能量的不同方法好比你坐汽车或坐飞机。
为什么要采样呢？采样，Sampling，是研究材料性质，或一种变化过程的方法，它基于这样一种想法，即物质呈现的宏观性质，是由许多微观状态决定的；不同的微观状态，有不同的体积，能量，压强等性质；体系，即分子原子的集合，在不同的状态（位置）之间来回快速切换；实验测量的体积，密度等性质，其实是所有这些微观状态的平均值。只要你能模拟到许多微观状态，你就能通过求平均获得宏观的测量值，去和实验值比较。这其实是平衡态统计热力学的核心思想。此外还有非平衡态的统计热力学。核心思想都一样：采样！即尽可能找到那些最可能出现的微观状态，然后统计求平均。
怎么采？你搭了一个盒子，一个初始构象，怎么驱动原子分子在设定的外界条件比如温度，压力下访问一些可能的状态？这主要有2种方法：MD,或MC。MD,动力学，按照牛顿老人家的说法，原子分子也就是些球球，它们在力的作用下会运动，那好，我计算原子的每一步的位置，受力，加速度，位移，让它自动去跑，这叫模仿自然演进。l另外一种采样方法，MC，蒙特卡洛，是随机动力学方法，不考虑受力，原子的移动是随机的，至于移动的合理不合理，那由下一步的能量决定。能量低，肯定合理，接受；能量高，高多少？越高越不合理，那好，我根据能量高多少来决定接受的概率。由此可见，MD和MC同属于采样方法，但核心思想有较大差别。它们唯一的共同点是，需要计算每一步的能量。（分子动力学MD中计算力，而原子受力是体系能量对原子坐标的一阶导。记住这句话。）
正如上面所说，计算能量可以用分子力学，也可以用量子力学。注意，用量子力学不等于考虑了原子的量子效应。因为分子动力学本质上是依照牛顿经典力学方法，所以，所谓量子分子动力学，其模拟结果也是在经典力学极限下的模拟。“量子力学”中的“量子”，只处理电子的量子效应，与原子，分子的量子效应没有一毛钱的关系。
那么请教，分子力学和分子动力学的区别与联系在哪里呢？这个一直没彻底弄明白
应该先搞清楚力学mechanics和动力学dynamics的区别吧
我们坐在MD的时候，用的能量最小化，就不是【分子动力学】，而是用的【分子力学】的方法来研究体系的能量？
分子力学处理分子的受力
分子动力学处理分子的运动，实际是每一步动力学的时候都包含了分子力学的计算
A:
势函数：分子力学、半经验、DFT、后HF...
研究方法：几何优化、分子动力学、蒙特卡罗、构象搜索...
研究方法需要结合势函数使用
Q:
能不能更加通俗化一点，太专业了，sober姐（哥）
【话唠】果蝇(250813841) 14:52:30
分子力学处理分子的受力
分子动力学处理分子的运动，实际是每一步动力学的时候都包含了分子力学的计算
分子力学是静态的，没有时间尺度的，分子动力学有时间尺度
A:
势函数和研究方法是两个层面的问题
势函数本身不能说有没有时间尺度
分子力学+几何优化：基于分子力学的几何优化
DFT+几何优化：基于DFT的几何优化
分子力学+MD：基于分子力学的MD
DFT+MD：基于DFT的MD
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2015.07.16 23:15:01
Q:
sob老师，可否帮我解释下那个runall.sh批量计算脚本最后输出的时间分别代表什么意思呢？以及与out文件末尾的cpu time 是什么关系呢？
Job cpu time: 0 days 0 hours 7 minutes 13.2 seconds.
real 0m32.112s
user 7m2.510s
sys 0m10.696s
A:
runall输出的是实际耗时，和real是一样的。
user是指CPU时间。
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2015.07.16 23:25:38
Q:
……guess=read不是读取.chk文件中的轨道的意思吗
……搞不清楚用法和意义，不要乱加
A:
+1
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2015.07.16 23:29:50
Q:
老师好，请问nbo轨道用gview怎么画呢
A:
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
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2015.07.16 23:31:25
Q:
老师我上午的那个不能跑的问题解决了和大家分享一下其实我也不知道怎么回事[Emoticon]
[图片][图片]
A:
8成是%chk指定的问题
目录不存在之类
Q:
哦其实两个chk后来被我改成一样的我总觉得是下面命令行顺序的问题
A:
不会的
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2015.07.16 23:32:24
Q:
蛋白质protein有两个结构域，姑且叫做N端和C端吧，N和C端分别可以结合1个zinc离子，已知N端结合稍强，C端较弱。实验目的：为了得知该蛋白质释放zinc的顺序，到底是N端先释放，还是C端先释放？又或者是该蛋白发挥功能时，N端zinc起维持构象作用（不释放zinc），仅有C端释放？有什么办法能达到这样的实验目的？无论是模拟的办法，还是具体的实验均可。求教了
有人说用分子动力学模拟做SMD，不知道行不行？
A:
先跑跑MD看看Zn的结合情况，是否需要SMD或者其它方式考察之后看情况再说
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2015.07.16 23:33:15
Q:
是下划线的问题？
A:
我是说上面那个人
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2015.07.16 23:38:41
Q:
sob老师以前好像分享过一个CCL的邮件链接请问谁保存啦
A:
ccl.net
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2015.07.17 00:14:02
Q:
各位前辈，请问谁有中科大material studio 培训全套教程，小弟刚刚开始正在学习MS，急需全套教程。非常感谢。或者有什么好的学习教程或者方法，请各位前辈指点一下，谢谢谢谢
[Emoticon][Emoticon][Emoticon]谢谢老师，自带教程是在help里面吗？
A:
是
看MS自带的教程，已经足够详细了
Q:
好吧，谢啦
A:
[图片]
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2015.07.17 00:26:49
Q:
[图片]
各位，请问一下这个dipole的方向是如何获得的？大小是优化后summary输出的dipole的大小吧
Dipole=-0.7260281,-1.3751942,0.000421
请问是最后这个三个分量吗？是否可以在高斯view中用工具标注出来？
A:
可
所有任务最后都会输出偶极矩方向和大小
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2015.07.17 00:55:13
Q:
说起来这不是JOJO脸吗
A:
分明是健次郎
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2015.07.17 00:55:26
Q:
如果一个分子有个手性中心用gauss优化构想R完成了那么另一个S能不能用个简单的方法得到呢请指教
A:
gview选edit-mirror invert
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2015.07.17 00:57:11
Q:
请教老师，同一个分子形变前和形变后的构型量化我都算了，能否得出他们的RMSD值
A:
在VMD中计算RMSD衡量两个结构间的几何偏差
http://sobereva.com/290
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2015.07.17 01:16:50
Q:
化学反应是能图纵坐标是用焓还是吉布斯自由能？还是都可以？
A:
要么用电子能量，要么用自由能，或者都作到一张图也可以，极少有用焓的
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2015.07.17 01:32:02
Q:
有个问题，我算三重态的ELF，产生了wfn文件，我要算其pi，可是改了以后，无法产生cube文件，这是为什么呀？
A:
怎么无法产生？
Q:
以前算ELF都会有[图片]这几个文件
A:
什么程序算的？
怎么操作的？
Q:
可是三重态，就产生out，ELL,wfn文件
用gaussian09d01
A:
我问的是ELF用什么程序算的
Q:
也是用高斯
A:
高斯根本算不了ELF!
Q:
可以的，我算闭壳层就可以正常产生，可是三重态就不行
A:
你怎么算的？什么命令产生的ELF？
直接用multiwfn基于高斯的.wfn文件算ELF不就完了
Q:
我之前做的都是闭壳层，做好输入文件，先提交我们的服务器guassian09d01，产生ELF.wfn,然后算sigma和pi
我不会用multiwfn[Emoticon],一直都没有用过
A:
你怎么用高斯算出来的ELF？
Multiwfn是计算、分析、绘制ELF最好、最快、最方便的工具，没有之一
Q:
刚才我问了一下，课题组人说，那是老师写好的您的程序，让我们简便一点
[图片]就在这里算ELF
A:
你先在你自己的机子上用Multiwfn算出来ELF的格点文件
这样一切都透明
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2015.07.17 01:42:36
Q:
NPA电荷分布对应于NBO分析，是吗
A:
应该说NBO分析过程中产生NPA电荷
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2015.07.17 02:10:40
Q:
multiwfn算Wiberg 与用NBO程序来算，原理是一样的吗？
A:
不一样。
NBO是用NAO为基来算的，Multiwfn是基于lowdin正交化后的基函数来算的。
Q:
好。那数值上呢？比较过吗？
A:
有弥散函数的时候会相差很大，用Lowdin正交化后基函数算的wiberg键级将不合理。
----------------------------------------------------
2015.07.17 02:29:27
Q:
sob老师你给的百度云的ORCA的链接失效了
还能给分享一下么
A:
没失效 http://pan.baidu.com/s/1i3zLOGX
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2015.07.17 03:07:11
Q:
高斯可以分析进料比对合成共聚物大分子结构的影响吗
A:
不能
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2015.07.17 03:47:12
Q:
用Multiwfn做了下关于锕系元素体系的电荷差分密度图，在生成wfn文件时出现了IPrim.ne.NPrim in ShlToP.这个错误是怎么回事？使用的是B3LYP/GENECP/6-31G*。
A:
把完整输入文件贴出来
----------------------------------------------------
2015.07.17 04:06:30
Q:
Sob老师，如果是范德华起主导作用的体系做，静电势分析有没必要[图片]
A:
没必要
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2015.07.17 06:09:40
Q:
[图片]，各位大神，问一下，这种轨道如何描述啊？左边是A，右边是B，61B到63B的跃迁应该是怎么说的？H-1到L吗？还有63A是SOMO吗？（算的是自由基，2重态）
A:
把等值面数值调大点。算电荷转移
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2015.07.17 06:23:27
Q:
请教下各位，多参考态特征指的是什么？经常看到说过渡金属体系会有多参考态特征。
A:
静态相关强=多参考特征强，此时需要多参考方法或者低HF成份的泛函或者纯泛函才能合理描述。
----------------------------------------------------
2015.07.17 07:14:53
Q:
求助大家：我在用sdd基组进行结构优化的时候出现了一下错误提示，没有看懂，能否帮忙解答一下[Emoticon]
[图片]
A:
输出文件传上来。大抵是元素超过了赝势基组定义的范围。
----------------------------------------------------
2015.07.17 10:56:16
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
当然要按照受力方向移动。释放受力才可能能量降低。不要反复发图
----------------------------------------------------
2015.07.17 11:25:09
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
你先看导出的文本文件里的数值是否都正常
Q:
文本是正常的，因为某些占据数出现负值导致导入origin的时候发生了错误。
A:
按理说不应该啊，负值也能正常导入
Q:
Origin 没那么傻吧……
[图片][图片]
A:
直接把文件往origin里一拖就行了
Q:
数据应该是“导入”进Origin 的，不是 “复制”
拖进去是最方便的方法，标准方式应该是 import ASCII
A:
导入时origin会智能地判断列，复制的时候倒是可能有那种问题
凡是multiwfn输出的多列的txt文件全都能直接拖进去并正确识别
Q:
我拖过，直接拖进来图是这样的[图片]
A:
先调整好坐标轴范围
Q:
[图片]想做成这样的
A:
坐标轴调完了就是这样
Q:
我觉得他首先要弄清楚每一列的数据代表什么，哪些是 X轴，哪些是 Y轴
很明显，第二个图里所有的柱都是正的，而第一个图里有很多柱是负值
多谢两位，我再试下
呵呵，还真是不确定
A:
负值那个大抵是高能态区域的负的OPDOS
Q:
是的，我不看那个，应该直接把那列删掉就可以了
原始数据里每一列的数据代表什么意思呢？
A:
不用删，你作图设定中选择不作那一列就行了
能量，TDOS，OPDOS，各个片段的PDOS
Multiwfn凡是导出数据的时候都会在屏幕上清楚地提示每一列的含义
----------------------------------------------------
2015.07.17 13:26:47
Q:
[图片]图中圆圈的大小表示分子轨道中原子轨道系数的大小，不同大小的圆圈对应不同的原子轨道系数大小，作图是怎么作才可以表达出这样的对应关系？
有相关的软件可以做出这样的图吗？
明白
[图片]
A:
没有现成的程序，你用chemdraw或者powerpoint画圆球，根据系数大小设定尺寸即可。
Q:
明白，这样的话，把所有原子轨道系数平方，确定圆圈的大小为a, 然后根据某一原子的轨道系数的平方除以1，按照这个值来确定分子轨道中原子轨道所对应的圆圈的大小。
A:
你用multiwfn算轨道中原子所占成份就行了
----------------------------------------------------
2015.07.17 16:27:02
Q:
您好！麻烦您问一下，我在文献中查到一个gaussian09里的计算方法，MPWB1K/6-31+G(d，p）方法计算单点能，但我交完题后，却没算，提示错误：
-----------------------------------
# mpwblk/6-31+g** geom=connectivity
-----------------------------------
QPErr --- A syntax error was detected in the input line.
# mpwblk/6-31+g** geom=connectivity
'
Last state= "GCL"
TCursr= 3523 LCursr= 2
Error termination via Lnk1e in /usr/local[Emoticon]/g09/l1.exe at Fri Jul 17 07:50:51 2015.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 0.3 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 5 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
http://comp.chem.umn.edu/info/DFT.htm#mpwb1k_and_mpw1b95
----------------------------------------------------
2015.07.17 16:58:54
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
Q:
Multi：
学:常乐祁飞展飞王艳艳姬铭松董春华
李婧婧闫静吴君宏李勇侯晓静徐莉
黄小鹏李思逸吴清华张吉杨振丽杨兴章竑博
师:涂宁宇刘洋曹小辉陶亚萍赵艳玲刘本国
李仁忠李晓凤张越非王新宇邵景玲徐文媛
李立苏铁军谢鹏涛高立国朱发岩和芹
量化：
900:李东洋赵重阳张大顺李世坤徐圆王玉兰
1200:张绍政朱玉俊徐志建
Multi+量化：
1400:李志鹏卞贺田晓晖任庆马志研安维莉
王丹易先锋王文雪马盼盼李爽王晓莉王谢祎
刘再春申文娟许小伟穆毅万义超武志燕高占昆
周建强刘星李亦苏王桂敏杨洋陈照强于玉琪
张国洋宋孝杰张林瑶何坦瑨
1900:李成刚孙海杰周广芬卢楠王欣王国丽
王金云游小清
发错了[Emoticon]
北京科音自然科学研究中心近期将于北京开办以下培训班：
(1) 8月5日至7日：科音量子化学基础暑期班。本培训将详细讲解量子化学研究中所需要掌握的各种理论知识，传授实际计算中的重要经验、技巧，以及遇到的各种问题时的解决方法。本培训将使初学者的水平在短期内飞升，具有一定研究经验者也将得到进一步提高。
(2) 8月10日至13日：第二届量子化学波函数分析暨Multiwfn程序使用培训班。将系统讲解各种波函数分析知识，如AIM、NBO、概念密度泛函、能量分解等，以及讲授各种问题的分析方法，如成键、芳香性、电子激发、弱相互作用分析等。并将详细介绍和演示强大的Multiwfn多功能波函数分析程序的使用。本培训将大大拓宽研究问题的视野，使量子化学研究如虎添翼、研究深度显著提升。
详情请进入www.keinsci.com查看培训通知。两个课程同时报名有大幅优惠。课程将由本群群主、Sobereva网名主要使用者、Multiwfn程序的开发者卢天同志讲授。
应该是通知[Emoticon]
暴露了
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:02:58
Q:
请问下对于具有手性中心的过渡态计算，是不是只要先计算一种构型的过渡态，然后另一种可以直接由GV对应操作得到？其对映体还需要优化么？
A:
不用再优化
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:03:00
Q:
卖萌君是否专门挑选了其中女学员。。[Emoticon]
A:
没卖萌君
报名表不填男女
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:23:07
Q:
请教下，用前一次（sto-3g基组）收敛好的chk文件作波函数为初猜，这次用3-21g基组，结构出现报错[图片] 可以看出这是什么错误吗
A:
chk没搞对
Q:
我chk文件的名字和输入文件里面的%chk=名字是一样的
A:
使用Multiwfn绘制NBO及相关轨道
http://sobereva.com/134
Q:
[图片][图片]
可以帮我看下输入文件哪儿不对么
A:
chk文件名别弄那么长而且还带.
test int=ultrafine此时没用，去掉
expert去掉
如果没有明确目的，modred去掉
Q:
嗯嗯
A:
完全没必要先在STO-3G算，基组差这么多，读取它并不会节约时间
Q:
其他的基组第一次算不收敛
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:34:28
Q:
最近有个工作用到LC-BLYP泛函，但审稿人提到 “The authors need to define the LC-BLYP functional - what value of the attenuation parameter is used?”请问，“attenuation parameter”指的是啥（原始文献里没有提到这个）？
A:
一般就是指omega参数
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:38:16
Q:
有没有关于采用guess=read 相关的博文
A:
不值得一写
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:42:29
Q:
老师好，[图片]用gview怎么看nbo呀
A:
和看MO步骤一样
Q:
我试试
[图片]没看到nbo折后几个词呀老师
没看到nbo这几个词
A:
gv才不知道你现在chk存的已经是NBO而非MO
Q:
那需要怎么办呢
我输入pop=saveNBO
A:
Sobereva(190258442) 9:43:39
和看MO步骤一样
Q:
我刚发给你的就是用gview看mo轨道呀
A:
帖子看完再问
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2015.07.17 17:51:43
Q:
各位老师，我想用高斯扫描Ne和CO分子之间的势能曲线，请问选用多大的方法和基组合适呢？我已经做过了mp2/6-311++g(d,p)，ccsd/6-311++g(d,p)，这些是否够呢
A:
应当用CCSD(T)/aug-cc-pVTZ
CCSD(T)比CCSD描述弱相互作用强得多
6-311++g(d,p)根本发挥不了高级别后HF的性能
Q:
谢谢sob老师，不知道机器能不能受得了
A:
当然能，否则不会给你推荐
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:54:49
Q:
[图片] 优化构象的结果想注明二面角的角度，不知用什么方法表示呢
A:
chemcraft可以
[图片]
----------------------------------------------------
2015.07.17 17:54:49
Q:
恩恩，好的
麻烦帮我下篇文献http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/chem.200800029/epdf 谢谢
A:
[图片]
Q:
这图不错
[Emoticon]
A:
警告起来也方便多了
Q:
已添加至表情[Emoticon]以后替sob发
[Emoticon]
A:
如果sci-hub用不成，求助时要注明
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:03:58
Q:
Sob老师，请问，A、B两个有机分子，均在b3lyp/6-311+g**下优化，现在想分析AB两者之间的作用，也必须要用同样的基组吗？还是用比较适合于分析弱相互作用的其它基组？
A:
不用
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:05:43
Q:
老师那个chemcraft的二面角是用哪个功能画的呀
A:
忘了，那图是合作者画的
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:15:12
Q:
各位老师求助一下，这是我的输入文件
[图片][图片]
输出文件提示是这样的错误：[图片]
不知道该怎么办
有时候不是提示L508出错，就是上面的l301，都不知道该怎么办了[Emoticon]
A:
用g09
Q:
老师除了g09 还有其他办法吗，因为这里计算只有03的版本。
A:
检查结构是否合理
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:22:42
Q:
sob老师，我看论坛里你给的ORCA的链接已经失效了
A:
没有失效
Q:
百度网盘的
A:
哪失效了？http://pan.baidu.com/s/1i3zLOGX
Q:
我可能看的是比较早的吧~
2013年在小木虫的
谢谢，sob老师
A:
早就跟小木虫决裂了
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:28:31
Q:
[图片]请教一下激发态计算的问题，这个-0.70032是什么意思？
A:
组态系数
Q:
为何会出现负的呢？
A:
类似于MO系数有正有负
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:38:02
Q:
[图片]比如说这个激发态由下面三种电子跃迁构成，每种电子跃迁的贡献(%)=100*C*C*2，C就是刚才所谓的组态系数？是这样理解么
A:
是
电子激发任务中轨道跃迁贡献的计算
http://sobereva.com/230
Q:
[图片]再问一下，如果要讨论一个分子在激发态的反应性质(各种反应能力之类的)，是不是要讨论图中红圈处的结构，电子布局，偶极什么的
A:
是
Q:
谢谢啦
A:
字号别超过13
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:41:47
Q:
各位老师，有没有会分析过渡金属AdNDP的？需要请教一下
[图片]这个是王来生2011年发表的一个B-Co，我重复不出来d
A:
有问题直接问，别试探，见群共享里在网上求助计算化学问题的注意事项
Q:
d轨道的分析
A:
图都已经给了，在multiwfn按照图上的方式去搜索就行了
Q:
他这个d轨道，是孤对电子，那我应该是在1c-2e里边设置了吧？我把阈值设置成0.3也没出来
A:
在Multiwfn里一开始搜1c-2e轨道的时候就应该能找到。
此帖里搜索Au20就是这样
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
----------------------------------------------------
2015.07.17 18:53:27
Q:
请问 gauss算出的Exact polarizability就是物质的极化率么
A:
是
使用Multiwfn分析Gaussian09的极化率、第一超极化率的输出
http://sobereva.com/231
Q:
那么单位是什么
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2015.07.17 19:00:36
Q:
基组，除了这个之外https://bse.pnl.gov/bse/portal
还有哪个网址？我记得还有一个
A:
综合性的只有这一个
其它虽然有很多，但都不是综合性
比如turbomole、crystal、stuttgart、CRENBL等等都有各自的
----------------------------------------------------
2015.07.17 19:13:42
Q:
请问各位高手，计算ECD时，输入关键词“#p TD(nstates=50,roo=?) rb3lyp/6-31 g(d)”root该是多少合适呢？我看有人这样写nstates=20，root=20，是不是这两个数值要保持一致啊？
A:
不用写root
Q:
哦，我计算的是有60多个原子C、H、O的化合物，是直接写nstates就可以了吗
A:
对
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2015.07.17 22:48:31
Q:
一般量化计算的体系不超过500个原子
这个是之前创腾公司的工程师跟我说的
A:
[图片]
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2015.07.17 23:06:08
Q:
[图片]用qst2计算过渡态出现这个错误怎么解决呢
A:
改用笛卡尔坐标做
并且检查当前步的结构是否有问题。
Q:
老师我用的是笛卡尔坐标
A:
opt里写cartesian，不是输入文件里用笛卡尔坐标
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