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标题: 从MD轨迹快照中挑选一帧进行簇模型研究的相关问题 [打印本页]

作者
Author: sun877469558 时间: 2022-9-19 13:23
标题: 从MD轨迹快照中挑选一帧进行簇模型研究的相关问题
请问各位老师，从想进行QM-cluster研究蛋白与小分子之间的相互作用，有两个疑问，

1.在选取合适的一帧挖簇的时候，要考虑使用轨迹的平均结构么？

2.蛋白是一个水解酶，体系也跑了很多次，可是小分子附近也有保守的水分子，但感觉并不是合理的水的位置，这种有水参与反应进攻的情况，水分子应该如何考虑？会不会MD得不到好的结果，需要自己在gv里动手去摆，如果自己手动去摆的情况下，应该如何去摆？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-20 01:42
1 “轨迹的平均结构”没有意义，而且经常是严重扭曲的

2 我不知道你具体要算什么。如果是算蛋白质和小分子间的相互作用能，用动力学中最有代表性的一帧（可以做簇分析得到）作为初始结构用量化方法优化，看看什么情况、会不会水的位置自发变得更符合你的期望

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