计算化学公社

标题: 求助既做量化计算又做GROMACS分子动力学计算的服务器配置 [打印本页]

作者
Author: lr8616 时间: 2022-9-20 12:22
标题: 求助既做量化计算又做GROMACS分子动力学计算的服务器配置
各位大佬好！

本人计划参考Sob帖子（http://sobereva.com/444）中：

2 普通双路服务器推荐配置
CPU：2* XEON E5-2696 v3（18核2.3G，散，无集显）2*770
散热器：2*利民AS120 130*2
主板：超微 X10DRL-I（C612芯片组，集显） 1600
机械硬盘：希捷企业级银河Exos 4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A) 1070
固态硬盘：三星PM981a 1TB + M.2到PCI-E转换卡 650
内存：8* 三星DDR4-2400 ECC REG 16GB 8*220
电源：振华LEADEX HG 650W 670
机箱：追风者614PC 570
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装 80
总价：约8200

的配置配一台服务器，预算一万左右（最高可接受含税两万以下），本打算主要用于量化计算，计算的任务主要包括100-150个原子左右的分子结构优化、单点能计算、激发态计算、xtb构象搜索等。近期参加了科音GROMACS的培训，受益匪浅，也打算开始进行相关的动力学计算。看到Sob帖子后边写的：

7 GPU加速做分子动力学的推荐配置

如果你用GROMACS、AMBER（其中的PMEMD程序）、NAMD、Lammps、Desmond等支持GPU加速的分子动力学程序，做计算一定要用GPU加速，只需用一个中档的GPU就能达到极好的双路服务器的速度，因此性价比远远高于纯用CPU来跑。分为以下几种情况：
(1) 预算较有限：在“可用于简单计算的PC机推荐配置”的AMD配置基础上增加一块RTX3070（想省点钱可以用3060Ti，但不能再低了）。此时电源建议改为振华冰山金蝶550战斗版（额定550W）。
(2) 预算一般：在“基于AMD的单路服务器推荐配置”上增加一块RTX3080或顶级的RTX3080Ti，此时电源改用振华LEADEX HG 650W，CPU可降到5900X。做经典力场的分子动力学对内存需求量远低于做量子化学计算和第一性原理计算，因此可以在内存容量上缩水来节约费用，内存可降为2条16GB。可去掉固态硬盘。
(3) 预算极多：在“较好双路服务器推荐配置”上加两块RTX3080Ti，CPU降到明显更便宜的8124M（18核，3.0G），内存降为12条8GB。电源改用海韵旗舰金PRIME GX1300，是1300W，1900元。可去掉固态硬盘。

不知道对于预算一般的普通双路服务器该加什么样的GPU进行GROMACS计算呀？看培训教材里推荐的分子动力学服务器配置和量化的看起来都不一样，我就很疑惑一台服务器能不能同时兼顾量化计算和GROMACS计算，还是需要配两台分别使用？从来没配过服务器，这方面是小白，只敢照抄大佬，各位见笑了。。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 06:05
当前444博文配置里，AMD Ryzen 9 5950X那个，加个RTX3080，电源用海韵1000W，就行了

作者
Author: lr8616 时间: 2022-9-21 10:23

sobereva 发表于 2022-9-21 06:05
当前444博文配置里，AMD Ryzen 9 5950X那个，加个RTX3080，电源用海韵1000W，就行了

谢谢Sob老师回复！请问 E5-2696 v3 这个处理器可以加GPU吗？如果不适合的话，想用intel的处理器不知道有没有合适的？谢谢您！

作者
Author: wxsxjj 时间: 2022-9-21 10:55

lr8616 发表于 2022-9-21 10:23
谢谢Sob老师回复！请问 E5-2696 v3 这个处理器可以加GPU吗？如果不适合的话，想用intel的处理器不知道有 ...

总体来说不如楼上sob老师推荐的

作者
Author: lr8616 时间: 2022-9-21 15:09
感谢Sob老师和大佬的解答！

可能是我上面写了一大堆没有讲清楚：

需求：300原子内的量化计算、以及GROMACS动力学计算
期望：1台服务器能满足需求，2万以内，能省最好

因此，之前主要参考了Sob老师的2篇帖子（“计算化学购机配置推荐”，http://sobereva.com/444；和“淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈”，http://bbs.keinsci.com/thread-6310-1-1.html）来拟定了硬件配置，恳请老师看看是否合理：

CPU：2* XEON E5-2696 v3
GPU：1* GTX1080Ti（“给双路2696v3 GPU加速，GTX1080Ti是一定要上的”，引自“淘宝店购买双路2696v3服务器的过程、使用感受和杂谈”，考虑到既要做量化计算，又要做动力学，以及目前有限的预算，至少先装上GTX1080Ti，后期如果预算充足，再替换为两块RTX3080Ti）
散热器：2*利民AS120 130*2
主板：超微 X10DAL-i或X10DAi（具有两个PCI-E 3.0 16x，考虑后期如果预算充足，加装两块RTX3080Ti，目前先不考虑RTX3080Ti）
机械硬盘：希捷企业级银河Exos 4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A)
固态硬盘：三星PM981a 1TB + M.2到PCI-E转换卡
内存：8* 三星DDR4-2400 ECC REG 16GB
电源：海韵FOCUS GX1000 额定1000W（预留给后期可能加装GPU）
机箱：追风者614PC 570

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 22:37

lr8616 发表于 2022-9-21 15:09
感谢Sob老师和大佬的解答！

可能是我上面写了一大堆没有讲清楚：

1080Ti都是过时玩意了，2080现在都很难买到新的了
按我2L说的配就完了

作者
Author: lr8616 时间: 2022-9-22 17:43

sobereva 发表于 2022-9-21 22:37
1080Ti都是过时玩意了，2080现在都很难买到新的了
按我2L说的配就完了

明白了，感谢卢老师解答！

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