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标题: 求助用NAMD做两个蛋白质相互作用的MD，结合自由能如何计算 [打印本页]

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-9-20 15:40
标题: 求助用NAMD做两个蛋白质相互作用的MD，结合自由能如何计算
最近的研究方向是两个蛋白质相互作用，研究它们之间的作用机理，调研了一下是分子对接与分子动力学模拟结合起来使用，分子对接之前从没接触过，是否有这个必要呢，如果要做我该从哪里入手呢？分子动力学模拟是通过计算结合自由能来研究P-P相互作用情况的，这个是要自己写脚本吗。
有文献说到研究非平衡态的MD更好一点，是否是这样呢
刚开始研究这方面，都是没接触过的，没有人指导感觉很难入手，有点着急，希望前辈们不吝赐教

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 06:15
基于平衡态的结合后的动力学轨迹，靠MMPBSA或MMGBSA就能算。也可以用拉伸动力学结合Jarzynski关系得到

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-9-21 15:35

sobereva 发表于 2022-9-21 06:15
基于平衡态的结合后的动力学轨迹，靠MMPBSA或MMGBSA就能算。也可以用拉伸动力学结合Jarzynski关系得到

感谢回复，基于平衡态的结合，除了您说的两种，其余的如ABF，FEP等是没有必要吗

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