计算化学公社

标题: 求助——课题组购机——主要用于GROMACS [打印本页]

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 15:42
标题: 求助——课题组购机——主要用于GROMACS
课题组之前租用超算机时进行GROMACS的分子动力学模拟，看了sob社长文章后决定自购服务器计算。
预算在5w以下，主要用于GROMACS，后面可能会用到gussian来量化计算。
在sob推荐下，参考“GPU加速做分子动力学的推荐配置”中“预算较多”的情况，初拟了一份配置清单如下：

GPU：2*影驰RTX3080Ti                                                                               2*8000
CPU：2* XEON Platinum 8124M正式版（18核，3.0G）                                     2*1800
散热器：2* 金钱豹LGA3647 散热器                                                                2*210
主板：永擎EP2C621D12 WS（C621芯片组，集显）                                           3800
机械硬盘：希捷企业级银河Exos 4TB 256MB 7200rpm SATA3 (ST4000NM000A) 1070
内存：12* 三星DDR4-2666 ECC REG 8GB                                                       12*200
电源：海韵旗舰金PRIME GX1300 1300W                                                          1900
机箱：追风者614PC                                                                                        570
键盘鼠标：罗技MK200 多媒体套装                                                                   80
显示器：优派                                                                                                 700
总价：                                                                                                          约30500

想咨询一下社友们，1. 该配置用于蛋白分子的水溶液体系（包含水、离子、蛋白，共约100000个原子），是否合理？2. 如果以后想用其他软件做量化计算，该配置升级是否有较大的局限性？

作者
Author: 刘恪立 时间: 2022-9-20 16:11
这个配置内存需要升级，内存可以上16G内存或者32G内存，GROMACS计算的话是否支持GPU加速看模块，直接上3090显卡更合适，性价比更高~

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 16:16

刘恪立发表于 2022-9-20 16:11
这个配置内存需要升级，内存可以上16G内存或者32G内存，GROMACS计算的话是否支持GPU加速看模块，直接上3090 ...

嗯嗯，谢谢你的建议！

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2022-9-20 16:32
本帖最后由 alonewolfyang 于 2022-9-20 16:37 编辑

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:16
嗯嗯，谢谢你的建议！

这是我前段时间弄得

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-20 16:36

刘恪立发表于 2022-9-20 16:11
这个配置内存需要升级，内存可以上16G内存或者32G内存，GROMACS计算的话是否支持GPU加速看模块，直接上3090 ...

别瞎扯误导人。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-20 16:45
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-9-20 16:49 编辑

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:16
嗯嗯，谢谢你的建议！

别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

建议等RTX4090，今晚11点就发布了，下个月开售，性能是RTX3090的2倍以上。现在市面上很难找到真·全新的3080Ti和3090，只有3090Ti靠谱（最近3090Ti也开始断货了，之前七彩虹水神价格9999元）。即使你现在买2块3090Ti加NVLink，整体性价比很可能还不如一块4090。如果买2块3080Ti，你就告别“双卡单任务”了。

强烈建议把跑MD模拟的机器和跑量化/第一性原理的机器分开，便于调度。GPU加速GMX，用单路工作站配1块GPU就行；如果用双路工作站配2块GPU，实际使用非常麻烦。

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 16:47

alonewolfyang 发表于 2022-9-20 16:32
这是我前段时间弄得

谢谢！

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 16:47

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 16:45
别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

哦哦，谢谢提醒！

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 16:51

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 16:45
别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

如果以后想进行量化计算，内存略小会有影响吗？

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2022-9-20 16:51

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:47
谢谢！

我这显卡是低了，因为机器不是专门用来跑GMX之类的，还要量化第一性计算

作者
Author: alonewolfyang 时间: 2022-9-20 16:54

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:51
如果以后想进行量化计算，内存略小会有影响吗？

改成我那16G*16根内存一般问题基本能计算

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 16:55

alonewolfyang 发表于 2022-9-20 16:51
我这显卡是低了，因为机器不是专门用来跑GMX之类的，还要量化第一性计算

我是在想3060Ti会不会有影响。。谢谢你给的参考

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-20 16:57

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:51
如果以后想进行量化计算，内存略小会有影响吗？

“强烈建议把跑MD模拟的机器和跑量化/第一性原理的机器分开，便于调度。GPU加速GMX，用单路工作站配1块GPU就行；如果用双路工作站配2块GPU，实际使用非常麻烦。”

具体做法：装一台双路工作站用于量化/第一性原理计算，参考http://sobereva.com/444的“4 较好双路服务器”。再装一台MSDT平台的机器用于MD模拟，建议等新平台，R9 7950X + RTX4090的组合，预估整机3万以内可解决。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-20 17:04

Joceeen 发表于 2022-9-20 16:55
我是在想3060Ti会不会有影响。。谢谢你给的参考

你有5万元预算，如果用3060Ti，完全是把钱花在刀把上

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 17:25

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 17:04
你有5万元预算，如果用3060Ti，完全是把钱花在刀把上

嗯嗯，谢谢你的建议。因为我们这边主要还是MD，一台机器满足MD的基本要求就行，量化方向还没开辟出来。那如果不考虑量化/第一性原理计算，采用“4 较好双路服务器”+1块RTX4090这样的组合，请问会不会“实际使用非常麻烦”？感谢不吝赐教。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-20 17:43

Joceeen 发表于 2022-9-20 17:25
嗯嗯，谢谢你的建议。因为我们这边主要还是MD，一台机器满足MD的基本要求就行，量化方向还没开辟出来。那 ...

GPU加速GMX对CPU有较高要求，CPU主要负责全局能量计算，需要与GPU高强度通信，一颗AMD 5900X才能勉强发挥出RTX3090的大部分性能；而性能是2倍RTX3090的RTX4090，则估计至少需要一颗AMD Ryzen 7950X或intel XEON 8375C。不推荐用双路CPU带1块GPU跑GMX，CPU之间通信延迟较高，效率下降明显。你可以装双路8375C & 1块RTX4090，用一颗8375C带RTX4090，另一颗8375C专注于量化计算。

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-9-20 18:16

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 17:43
GPU加速GMX对CPU有较高要求，CPU主要负责全局能量计算，需要与GPU高强度通信，一颗AMD 5900X才能勉强发挥 ...

理解了，谢谢你的意见！

作者
Author: libin093 时间: 2022-10-3 17:30

Entropy.S.I 发表于 2022-9-20 16:45
别听他瞎扯，内存不需要动。

GMX跑模拟的部分都支持GPU加速。

现在40系已经发布了，如果想搞一台主要做lammps、GMX的机子，如果选4090，其他配置（譬如CPU等）需要做什么提升吗？有没有推荐的配置单？万分感谢

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-10-3 17:46

libin093 发表于 2022-10-3 17:30
现在40系已经发布了，如果想搞一台主要做lammps、GMX的机子，如果选4090，其他配置（譬如CPU等）需要做什 ...

目前不知道7950X能发挥出4090多少性能，还没人实测过。不过综合性能比7950X更强的CPU（不考虑大小核）都比7950X贵得多，目前似乎7950X成了性价比之选。现在B650芯片组主板还没出，没法写具体的配置单，只能大致说一下，7950X+中高端B650E主板+2条支持AMD EXPO的DDR5 6000MT/s 16GB内存+中高端RTX4090非公显卡+1TB及以上NVME SSD+18TB HDD+完整支持ATX3.0&PCIe5.0标准的1000W以上电源（例如海韵VERTEX GX1200，不过这个可能要年底才能买到）是较好的配置。

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