计算化学公社

标题: 定义含硒的非标准残基MSE时遇到的问题 [打印本页]

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-21 10:42
标题: 定义含硒的非标准残基MSE时遇到的问题
最近在定义含硒的非标准残基MSE时遇到一些问题，请教一下各位老师。
先说一下步骤：画出MSE结构后用高斯进行结构优化，Multiwfn计算RESP电荷，sobtop生成rtp文件。打算将键角与二面角保存在rtp文件中，就不在ffbonded.itp新增了。
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
但在运行时报错，查看报错原因后发现因为Amber力场functype=9，而用sobtop生成的rtp文件functype=2，functype=9参数中也多了一项pn。
然后经过尝试与搜索，发现用sobtop生成键参数时选择 Prebuilt bonded parameters if possible是可以生成functype=9的参数的，但硒还是无法生成functype=9的参数。
(, 下载次数 Times of downloads: 15)
目前解决办法为，键角部分还用sobtop生成的数据，二面角则复制S的相关参数改为硒增加到ffbonded.itp中，目前可以正常运行。
但对此依然有几个问题：
1.虽然后续模拟对硒要求不高，但这么做是否合理，与键角与二面角全用S的参数相比是否会好一点；
2.functype=9与functype=2是否可以相互转化，具体说就是functype=2中的k (kJ/mol/rad^2)与functype=9中的kd (kJ/mol)是否可以进行转化？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 20:48
如果你想描述二面角可旋转性，要么从别处找来/借来来周期势函数，要么自己拟合。如果对二面角描述的重要性很低（只要有就够了的话），借用S的勉强凑合未尝不可。

键和键角的参数建议用sobtop基于Hessian算的，S和Se明显不同

functype=9与functype=2的形式和用处完全不同，前者是周期势，用来描述可旋转的键；后者是谐振势，用来描述刚性二面角。显然没有转化的关系。

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-22 09:39

sobereva 发表于 2022-9-21 20:48
如果你想描述二面角可旋转性，要么从别处找来/借来来周期势函数，要么自己拟合。如果对二面角描述的重要性 ...

谢谢卢老师解答，请问老师，我是否可以在amber力场下用sobtop生成的添加functype=2的二面角参数？我前面试过直接复制进aminoacids.rtp，运行会报错，大概意思是这个数字应为整数，查看后发现是k (kJ/mol/rad^2)项，是不可能为整数的，是不是因为amber力场无法识别functype=2的参数，把这一项识别成pn了？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-23 05:36

ptg 发表于 2022-9-22 09:39
谢谢卢老师解答，请问老师，我是否可以在amber力场下用sobtop生成的添加functype=2的二面角参数？我前面 ...

拓扑文件格式和力场是两个层面的事
拓扑文件以及rtp的格式（要定义的参数、单位、函数形式）在GROMACS手册里都有确切的介绍，别猜着写
用AMBER力场和用functype=2的扭转项没有冲突

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-23 18:04

sobereva 发表于 2022-9-23 05:36
拓扑文件格式和力场是两个层面的事
拓扑文件以及rtp的格式（要定义的参数、单位、函数形式）在GROMACS手 ...

下面是sobtop生成的Se的二面角参数，我把这部分数据复制进aminoacids.rtp，运行了一下 (, 下载次数 Times of downloads: 14)
然后报错
(, 下载次数 Times of downloads: 13)
请问卢老师，这种报错应如何解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-24 00:59

ptg 发表于 2022-9-23 18:04
下面是sobtop生成的Se的二面角参数，我把这部分数据复制进aminoacids.rtp，运行了一下
然后报错

格式不对
贴完整的rtp

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-24 09:27
本帖最后由 ptg 于 2022-9-24 09:40 编辑

sobereva 发表于 2022-9-24 00:59
格式不对
贴完整的rtp

下面为非标准残基的完整内容，键角二面角部分只保留了Se的相关参数
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-25 02:02

ptg 发表于 2022-9-24 09:27
下面为非标准残基的完整内容，键角二面角部分只保留了Se的相关参数

直接上传rtp文件

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-26 08:52

sobereva 发表于 2022-9-25 02:02
直接上传rtp文件

下面为rtp文件，最后面的MSE为这次定义的非标准残基 (, 下载次数 Times of downloads: 9)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 06:15

ptg 发表于 2022-9-26 08:52
下面为rtp文件，最后面的MSE为这次定义的非标准残基

注意开头的注释
[ bondedtypes ]
; Col 1: Type of bond
; Col 2: Type of angles
; Col 3: Type of proper dihedrals
; Col 4: Type of improper dihedrals
; Col 5: Generate all dihedrals if 1, only heavy atoms of 0.
; Col 6: Number of excluded neighbors for nonbonded interactions
; Col 7: Generate 1,4 interactions between pairs of hydrogens if 1
; Col 8: Remove impropers over the same bond as a proper if it is 1
; bonds angles dihedrals impropers all_dihedrals nrexcl HH14 RemoveDih
1 1 9 4 1 3 1 0

此文件里你只能定义function type=9的二面角。
你当前把所有二面角都当成谐振势考虑本来也不合理，残基就没有任何柔性了

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-27 09:03

sobereva 发表于 2022-9-27 06:15
注意开头的注释
[ bondedtypes ]
; Col 1: Type of bond

非常感谢卢老师，请问卢老师sobtop目前是无法生成像含硒的，functype=9的二面角参数是吗

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-28 08:54

ptg 发表于 2022-9-27 09:03
非常感谢卢老师，请问卢老师sobtop目前是无法生成像含硒的，functype=9的二面角参数是吗

sobtop目前没有二面角拟合功能
周期性二面角参数只能从bonded_param.dat里自动取对应的

作者
Author: ptg 时间: 2022-9-28 08:59

sobereva 发表于 2022-9-28 08:54
sobtop目前没有二面角拟合功能
周期性二面角参数只能从bonded_param.dat里自动取对应的

非常感谢卢老师的指导

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)