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标题: pymol画的DNA序列怎样修改才能符合gromacs的rtp文件的命名规则？ [打印本页]

作者
Author: everypath 时间: 2022-9-21 11:31
标题: pymol画的DNA序列怎样修改才能符合gromacs的rtp文件的命名规则？
请问用pymol画的DNA序列，怎样修改才能符合gromacs的rtp文件的命名规则啊？看得一头雾水。尝试过把5‘端的O，O1P，O2P删除后仍旧报错
感谢指导

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-9-21 19:11
应该是你输入结构中的H原子名字和rtp 定义中的不符合，你可以在 pdb2gmx 命令中加 -ignh 参数，忽略H原子。

作者
Author: everypath 时间: 2022-9-22 09:27

enthalpy 发表于 2022-9-21 19:11
应该是你输入结构中的H原子名字和rtp 定义中的不符合，你可以在 pdb2gmx 命令中加 -ignh 参数，忽略H原子 ...

谢谢老师，昨天后来已经解决了。但是我看一篇文献中，他是将RNACompser在线模拟出来的RNA的pdb文件下载后，用pymol把U改成T并把核糖核酸改成脱氧核糖，但是那个pdb文件打开来里面显示的还是T而非DT导致了gromacs不能够准确识别。请问老师有什么方法指条明路吗？
后附文献地址：https://doi.org/10.1016/j.bioelechem.2022.108098 其中的Computational studies的内容
深表感谢

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-9-22 19:29

everypath 发表于 2022-9-22 09:27
谢谢老师，昨天后来已经解决了。但是我看一篇文献中，他是将RNACompser在线模拟出来的RNA的pdb文件下载后 ...

你没有提供具体的操作，或是文件。我只能猜测。

你要模拟的是一整个DNA？

如果是的话，除了要删除所有糖环2号位 OH外，以及将U碱基变成T碱基（碱基5号位加CH3），你还要将所有核苷酸的名字从X 改成DX （i.e. A变成 DA）。

作者
Author: everypath 时间: 2022-9-22 21:15

enthalpy 发表于 2022-9-22 19:29
你没有提供具体的操作，或是文件。我只能猜测。

你要模拟的是一整个DNA？

这是我在RNACompser上随便模拟的三个碱基，源文件和修改后的文件我都放上来了
序列UCG→D-（TCG）
RNA文件是RNACompser上下载下来的RNA文件
TCG文件是我把U的碱基换成T（即你说的加上-CH3）以及将糖环上的多余O去除后的文件，用notepad打开仍旧显示的是UCG
DNA文件是我将TCG文件中的文本直接用notepad将X全部换成DX后的文件，pymol打开后结构直接错乱

想请教是哪里出错了

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-9-23 10:33
本帖最后由 enthalpy 于 2022-9-23 10:35 编辑

everypath 发表于 2022-9-22 21:15
这是我在RNACompser上随便模拟的三个碱基，源文件和修改后的文件我都放上来了
序列UCG→D-（TCG）
RNA ...

我不知道你是如何修改residue name. 估计你修改完后错位了。我在VMD中用很简单的命令修改完后是正常的: set u [atomselect top "resname U"]; $u set resname DT; 以此修改完所有碱基。最后保存。

作者
Author: everypath 时间: 2022-9-23 15:37
本帖最后由 everypath 于 2022-9-23 16:30 编辑

enthalpy 发表于 2022-9-23 10:33
我不知道你是如何修改residue name. 估计你修改完后错位了。我在VMD中用很简单的命令修改完后是正常的: ...

我试了下，按你的方法 residue name成功改过来了也没有错位，（我也不懂文献是怎么用pymol改过来的，还好老师的指导，也是刚接触这个软件计算，我是搞电化学的）
另外老师我想问下，如果我想在5'端加上端基如亚甲基蓝、巯基之类的，用amber99sb等力场会受到这个端基的影响而不能正常运行吗

后来我在YouTube上找到pymol改的方法了，不过没VMD的好用。还是谢谢老师了

作者
Author: enthalpy 时间: 2022-9-23 19:30
这些修饰，常规的力场肯定不支持。你需要做参数拟合（二面角，电荷等）。

作者
Author: 咚咚咚咚 时间: 2024-6-6 09:11

everypath 发表于 2022-9-22 21:15
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

请问糖环是如何更改的，在哪里改，急急急，多谢了

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