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标题: 如何描述一个小分子进入活性中心的难易程度？ [打印本页]

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-9-21 17:30
标题: 如何描述一个小分子进入活性中心的难易程度？
本帖最后由 Markmahao 于 2022-9-21 22:08 编辑

如题，请教各位老师假如有两个蛋白发生了相互作用，有另一个小分子（比如一氧化碳、氧气等）会与其中一个蛋白的活性中心发生作用。如何描述两个蛋白作用前后，小分子进入活性中心的难易程度变化呢？感谢各位老师。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 18:28
标题是病句

先看两个蛋白相互作用怎么影响小分子进入路径、怎么影响活性中心附近的环境。先凭借蛋白结合前后的结构差异凭直觉判断，有必要再做深入讨论或计算

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-9-21 22:10

sobereva 发表于 2022-9-21 18:28
标题是病句

先看两个蛋白相互作用怎么影响小分子进入路径、怎么影响活性中心附近的环境。先凭借蛋白结合 ...

抱歉sob老师，已更改。问题就像是您说的，如果通过直觉不好描述难易程度，如何计算或深入讨论？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 22:11

Markmahao 发表于 2022-9-21 22:10
抱歉sob老师，已更改。问题就像是您说的，如果通过直觉不好描述难易程度，如何计算或深入讨论？

比如做拉伸动力学，得到出去过程的PMF

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-9-21 22:24

sobereva 发表于 2022-9-21 22:11
比如做拉伸动力学，得到出去过程的PMF

谢谢sob老师，我试着研究一下。

作者
Author: k64_cc 时间: 2022-9-22 05:50
你这是k_on/k_off计算，一般是要算小分子进出过程的PMF，不过目前还没有什么golden standard方法。

如果分子是氧气这个级别的可以考虑在体系里放上三五个，然后用GaMD硬跑。

作者
Author: Markmahao 时间: 2022-9-22 09:18

k64_cc 发表于 2022-9-22 05:50
你这是k_on/k_off计算，一般是要算小分子进出过程的PMF，不过目前还没有什么golden standard方法。

如果 ...

非常感谢！

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