计算化学公社

标题: Gaussian优化中固定分子二面角问题 [打印本页]

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-9 21:38
标题: Gaussian优化中固定分子二面角问题
请教一个小问题，在优化分子结构时，想固定分子的某个二面角，输入文件部分如下：
# opt=modredundant freq b3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity
Title Card Required

0 1
C                0.00000000 0.00000000 0.00000000
C                0.00000000 0.00000000 1.39859256
C                1.20588488 0.00000000 2.10970033
C                2.40626558 -0.00015545 1.40860643

......

H                11.01135033 -3.42410267 -1.64406435
H                26.68250269 -5.28735488 -8.12770865
H                25.92545096 -7.95892038 -4.78453021

1 2 1.5 6 1.5 7 1.0
2 3 1.5 8 1.0

......
136
137

D 13 14 28 29 135.000000 F
D 40 39 53 52 -135.000000 F
D 63 64 78 79 135.000000 F
D 90 89 103 102 -135.000000 F

提交任务后，正常结束，可结果文件用GaussView看后，发现之前固定的二面角并不是固定的135或-135，该怎么办呢？谢谢

作者
Author: wbn 时间: 2016-5-9 22:40
我是这么固定二面角的：
用Z-matrix 写坐标，把要固定的二面角放到Constants里面，要优化的放在Variables里面，然后用opt=z-matrix

作者
Author: 杨小狗 时间: 2016-5-11 09:22

wbn 发表于 2016-5-9 22:40
我是这么固定二面角的：
用Z-matrix 写坐标，把要固定的二面角放到Constants里面，要优化的放在Variables ...

这个方法很好，很老道，我在看帖子的时候貌似看到过，但是忘记怎么放置常量和变量了，麻烦层主您详细说明一下啊！！

作者
Author: wbn 时间: 2016-5-11 09:58

杨小狗发表于 2016-5-11 09:22
这个方法很好，很老道，我在看帖子的时候貌似看到过，但是忘记怎么放置常量和变量了，麻烦层主您详细说明 ...

我的高斯输入 .com 文件大概是这样

%mem=950MW
%nprocshared=8
%chk=20.chk
# opt=z-matrix mp2/cc-pvtz

TCTMS

0 1
Si
C                1          B1
H                2          B2 1          A1
H                2          B3 1          A2 3          D1 0
...
H                20          B22 17          A21 14          D20 0
Variables:
B1          1.88373230
B2          1.09045946
....
B22          1.08992725
A1          111.11753035
A2          111.38248610
...
A21       110.58921463
D1          120.29503589
D2       -119.83033467
D3       -177.84153280
D4          59.90632426
  ...
Constants:
D17          20.00000000

作者
Author: ptyzsuhong 时间: 2016-5-11 10:24
我一直是用笛卡尔坐标优化的，在G09 的A版本和B版本中，在原子坐标直接后面写固定的选项是可以的，但是在C版本以后固定选项要去掉初始值才能固定

作者
Author: 杨小狗 时间: 2016-5-11 10:48

wbn 发表于 2016-5-11 09:58
我的高斯输入 .com 文件大概是这样

%mem=950MW

十分感谢您的详细解答！！

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-11 12:58

wbn 发表于 2016-5-11 09:58
我的高斯输入 .com 文件大概是这样

%mem=950MW

嗯，我想问下怎样存成这种z-matrix且是B, A, D这种形式的？我在GaussView中去掉笛卡尔坐标的对钩存时，键长，角度及二面角值都直接跟在元素后边，谢谢

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-11 13:01

ptyzsuhong 发表于 2016-5-11 10:24
我一直是用笛卡尔坐标优化的，在G09 的A版本和B版本中，在原子坐标直接后面写固定的选项是可以的，但是在C ...

我用Gaussian D01版本，你的意思是固定的话最后需要写成这样：
D 13 14 28 29  F
D 40 39 53 52  F
D 63 64 78 79  F
D 90 89 103 102  F
在GaussView画分子时候固定以上二面角为135或-135就可以吗？谢谢

作者
Author: wbn 时间: 2016-5-11 21:46

lp2014 发表于 2016-5-11 12:58
嗯，我想问下怎样存成这种z-matrix且是B, A, D这种形式的？我在GaussView中去掉笛卡尔坐标的对钩存时，键 ...

不知道。我的gv 5.0 版本default 就存成那样。应该可以设定的，到处找找呗。实在不行就手动吧

作者
Author: lp2014 时间: 2016-5-12 09:58

wbn 发表于 2016-5-11 21:46
不知道。我的gv 5.0 版本default 就存成那样。应该可以设定的，到处找找呗。实在不行就手动吧

嗯，这样是可以的，谢谢啦

作者
Author: ptyzsuhong 时间: 2016-5-12 16:48

lp2014 发表于 2016-5-11 13:01
我用Gaussian D01版本，你的意思是固定的话最后需要写成这样：
D 13 14 28 29 F
D 40 39 53 52 F

是的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-14 18:51

lp2014 发表于 2016-5-11 12:58
嗯，我想问下怎样存成这种z-matrix且是B, A, D这种形式的？我在GaussView中去掉笛卡尔坐标的对钩存时，键 ...

gview保存输入文件时内坐标变量不用字母表示的解决方法
http://sobereva.com/292

作者
Author: 杨小狗 时间: 2016-5-31 15:44

ptyzsuhong 发表于 2016-5-11 10:24
我一直是用笛卡尔坐标优化的，在G09 的A版本和B版本中，在原子坐标直接后面写固定的选项是可以的，但是在C ...

Remove * x x *？

作者
Author: ptyzsuhong 时间: 2016-6-13 15:40

lp2014 发表于 2016-5-11 13:01
我用Gaussian D01版本，你的意思是固定的话最后需要写成这样：
D 13 14 28 29 F
D 40 39 53 52 F

是的

作者
Author: Curry30 时间: 2023-11-19 18:29

wbn 发表于 2016-5-11 09:58
我的高斯输入 .com 文件大概是这样

%mem=950MW

想问一下，类似输入文件优化出现报错如下：Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/huanghong/g16/l716.exe at Sat Nov 18 15:18:23 2023。该如何解决？谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-11-19 20:35

Curry30 发表于 2023-11-19 11:29
想问一下，类似输入文件优化出现报错如下：Error termination via Lnk1e in /gpfs/home/huanghong/g16/l7 ...

按http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html自行解决

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)