计算化学公社

标题: 求助：碳化钙与氢气反应的分子动力学模拟用什么软件合适呢？ [打印本页]

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Author: keyanxiaobai 时间: 2022-9-21 20:43
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Author: 含光君 时间: 2022-9-21 20:47
Gromacs不能模拟反应力场，可考虑在Lammps中用reaxff势模拟。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-21 20:52
得用CP2K等跑AIMD，或者按2L说的用反应力场。gromacs支持的力场里没有能描述反应的，对这种体系顶多算个物理吸附之类。

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Author: keyanxiaobai 时间: 2022-9-22 11:34
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Author: 含光君 时间: 2022-9-22 12:38
本帖最后由含光君于 2022-9-22 12:39 编辑

keyanxiaobai 发表于 2022-9-22 11:34
请问有没有Lammps计算反应的相关资料吗，我对lammps不是很了解

分享几个我觉得不错的学习资源：
LAMMPS Manual (https://docs.lammps.org/Manual.html)
LAMMPS Tutorials (https://lammpstutorials.github.io/)
LAMMPS和Gromacs聚合物建模方法 (http://bbs.keinsci.com/thread-18520-1-1.html)
Introduction to LAMMPS (https://www.youtube.com/watch?v=QdygibMW1AI)
peachRL的小站 (https://peachrl.github.io/archives/)

作者
Author: cyx98 时间: 2022-9-22 14:44
用lammps可以，ReaxFF反应力场，但是不一定有你这个Ca/C/H体系的力场。
力场可以在这个里面找 https://www.scm.com/doc/ReaxFF/Included_Forcefields.html
而且就算有，你也需要先验证力场是否符合你这个体系

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-23 03:48
此外注意一下这个反应的速率。AIMD一般只能跑得动ps~ns级的动力学（到ns级可能得用超算大力出奇迹才行），用ReaxFF（或者AIMD用机器学习加速）可能可以跑到μs级，然后基本就到头了。但是很多反应都是秒级甚至小时级的时间尺度。如果你的反应在比如说1微秒之内反应不完，那么要么在高于实验温度的条件下模拟（但这样就只能定性看个大概，不好计算反应速率常数了，也不好估计不同反应机理的比例），要么做metadynamics（但这时怎么定义合适的CV就是个问题），要么用过渡态理论。

作者
Author: keyanxiaobai 时间: 2022-9-23 17:00
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Author: keyanxiaobai 时间: 2022-9-23 17:01
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Author: 含光君 时间: 2022-9-23 19:33

keyanxiaobai 发表于 2022-9-23 17:00
我去网站发现CaSiAlO.ff: (C/H/O/Fe/Cl/Si/Al/Ca)，请问这个力场可以用吗？

在网站上会标注力场的原文，文章中会写明研究的体系。网站下面的介绍也会简单说明是适用于溶液还是燃烧。

作者
Author: cyx98 时间: 2022-9-23 20:05

keyanxiaobai 发表于 2022-9-23 17:00
我去网站发现CaSiAlO.ff: (C/H/O/Fe/Cl/Si/Al/Ca)，请问这个力场可以用吗？

你可以先验证下。

作者
Author: keyanxiaobai 时间: 2022-9-24 15:47
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Author: 含光君 时间: 2022-9-24 16:26
可以是肯定可以，但依然要看你选择的反应力场是否合适。

作者
Author: keyanxiaobai 时间: 2022-9-28 14:22
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Author: 含光君 时间: 2022-9-28 20:31

keyanxiaobai 发表于 2022-9-28 14:22
请问reaxff力场计算反应时一般使用什么软件建模比较合适呢

建模的话用一般的建模与可视化软件即可，比如GaussView，MaterialsStudio等，建模完成后保存成pdb格式，然后按此贴说明在vmd里通过tcl脚本转化为.data文件

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