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标题: 请问复杂的固体+溶液模型data文件应该怎么生成？ [打印本页]

作者
Author: hututu7 时间: 2022-9-22 21:18
标题: 请问复杂的固体+溶液模型data文件应该怎么生成？
本帖最后由 hututu7 于 2022-9-22 21:23 编辑

本人半只脚还没踏进lammps，蠢蠢新手。对于力场文件、力场参数等概念都没研究太清楚但被催着进度。
想模拟COF膜的离子分离过程，初始模型需要COF（MS中已建好）、水盐盒子；现在不知道如何下手，请各位帮忙指点一下，谢谢！

我目前思路：在MS中对晶胞（1/4个COF孔的结构）赋予力场参数，定义原子类型、bond、angle、LJ参数、电荷等；导出到VMD中与水盐盒子复合，再导出data文件；

#但一个晶胞里有五六十个原子，都要一个个手动定义吗？
#我想用OPLSAA，但MS里是不是只能选择cvff这样的力场，最终导出data后才能修改参数？

谢谢各位！

作者
Author: hututu7 时间: 2022-9-23 11:42
用moltemplate可以吗

作者
Author: 时光故事去学习 时间: 2022-9-23 14:36
导出data文件之后，力场参数可以重新定义，MS里其实可以随便选择。不是每一个原子都要定义参数，对每种化学环境的原子分别定义就好。
用moltemplate也可以啊，但这是和MS不一样的建模思路了。我对moltemplate的认识就是，定义重复单元，然后阵列、阵列、阵列……在定义重复单元的时候，把每种类型的原子的参数定义好，就可以了。
具体地，moltemplate在安装路径的force field文件夹下，应该提供了opls.lt，你可以根据里面提供的原子类型对你的体系中的原子进行定义。

作者
Author: hututu7 时间: 2022-9-23 17:41

时光故事去学习发表于 2022-9-23 14:36
导出data文件之后，力场参数可以重新定义，MS里其实可以随便选择。不是每一个原子都要定义参数，对每种化学 ...

谢谢您！
请问MS中您说的不用定义所有原子，是先按照atom type划分一下，然后定义吗。
后续模拟中膜应该是会fix，但是又想考虑膜和离子的相互作用，请问膜结构内的一些原子间coeff可以不定义吗？

作者
Author: 时光故事去学习 时间: 2022-9-23 21:37

hututu7 发表于 2022-9-23 17:41
谢谢您！
请问MS中您说的不用定义所有原子，是先按照atom type划分一下，然后定义吗。
后续模拟中膜应 ...

不客气啊！

我没看明白，MS的forcite模块会自己判断你的原子处于什么化学环境，不用一个一个手动定义啊。
程序自动分配的你可以检查，感觉不对的可以修改。
在MS中你的体系有了初步的力场参数之后，导出car文件格式，用msi2lmp文件生成data文件，就拥有完整的data文件了。
具体的你在模拟的时候用到的参数，比如你要用opls力场，这些可以在lammps的in文件里根据需要去写。

膜fix是什么意思？刚性吗？可以参考一下fix rigid。

作者
Author: 时光故事去学习 时间: 2022-9-23 21:47
我一开始没看清，你这个问题是建模思路的问题吗？
1、模型可以全部由MS完成。你的膜已经建好了，可以再用amorphous cell模块建立水盐盒子，在MS中就可以全部建好。初步的力场参数用forcite模块赋予之后，导出car格式，用msi2lmp转成data文件。在in文件中重新按需要定义力场参数。
2、你的思路也可以，但晶胞里的原子们不用“一个一个手动定义”。forcite模块。导出后再改，也很方便。
3、整个儿建模工作用moltemplate也可以完成。

作者
Author: 清风与鹿 时间: 2022-12-8 21:45

时光故事去学习发表于 2022-9-23 21:47
我一开始没看清，你这个问题是建模思路的问题吗？
1、模型可以全部由MS完成。你的膜已经建好了，可以再用a ...

请问前辈，如果是构建聚合物和金属的模型可以直接用MS建模施加力场，再用msi2lmp转成data文件用吗？
我的模型读取data文件的时候说缺少bond信息，我看data文件里面有聚合物之间的键，没有金属的键，但是单金属原子也应该没有成键呀，想问问这样怎么办？
另外我也试过用in文件将聚合物和金属的data文件组装起来，但是组合的data文件里面聚合物之间会伸出很长的键，这个需要如何解决呀？

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