计算化学公社

标题: 欲购买服务器，请大家帮忙查看配置是否合理 [打印本页]

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Author: JiangZiya 时间: 2022-9-22 21:26
标题: 欲购买服务器，请大家帮忙查看配置是否合理
课题组需要购买服务器，查看社长帖子后，初步确定购买AMD EPCY 7742 服务器；
课题组常用软件：gaussian，ORCA，xTB，VASP，之后可能会用Gromacs跑动力学；
询问淘宝商家，配置如下：
CPU          AMD EPCY 7742 正式版       *2 （拆机）
主板       超微H12DSI 16插槽             *1
内存       镁光 DDR4 ERC3200 32 G    *16
散热器    猫头鹰 U12S SP3                *2
机械硬盘希捷企业级银河7200rpm 4T *1
固态硬盘三星PM91A 2T                      *1
机箱       追风者614                            *1
电源       海韵Prime PX 1300W             *1

CPU是拆机的，不知道有没有影响，商家给出价格48000含税，想问问懂的大家这个配置和价格是否合理，感谢

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-22 22:26
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2022-9-22 22:31 编辑

跑GMX请用GPU。在此配置基础上加2块RTX4090，电源改用振华2000W即可。
另提示：现在EPYC 7T83、7B13性价比也很好，280W，Zen3，更推荐。

作者
Author: janstao 时间: 2022-9-22 22:26
正规机房拆机CPU没问题，就怕是恶劣环境下的矿机拆下来的，CPU寿命肯定有影响。价格确实挺好，你可以百度一下开票公司的实力，如纳税情况如何，好的企业一般都是A级纳税人，还有成立日期，有没有上社保，都可以体现出来。

作者
Author: JiangZiya 时间: 2022-9-23 08:50

Entropy.S.I 发表于 2022-9-22 22:26
跑GMX请用GPU。在此配置基础上加2块RTX4090，电源改用振华2000W即可。
另提示：现在EPYC 7T83、7B13性价比 ...

感谢指导
因为我们做动力学计算不是主要内容，之后做动力学计算的话，原子数量大概在1~2万原子左右，显卡之后如果加的话估计只会加一块显卡，所以电源暂时选配1300W。如果加一块3080Ti或者新出的40系的4080Ti或者4090，电源不知道够不够用，是否需要改为振华1600W的。
另外，关于CPU，我查了一下您推荐的另外两个型号，都是Zen3架构，7T83贵一些，不过测试的性能好像强一些（http://bbs.keinsci.com/thread-28607-1-4.html），7B13价格和性能好像差不多，那是不是应该“买新不买旧”，7742和7B13对比的话，选择7B13, 而如果想性能更好一点，就加点预算，选择7T83。
我还有一点担心的是，我们用vasp应该会越来越多，但是在论坛里看见有说vasp6.3才支持三代（http://bbs.keinsci.com/thread-28569-2-4.html），也有说法是AMD跑vasp可能有点小问题，这个是否有影响，还是说，这个配置跑vasp的速度没有预想的快，但是比起双路8375C这样的配置，AMD这个配置还是更快一些。

作者
Author: JiangZiya 时间: 2022-9-23 08:52

janstao 发表于 2022-9-22 22:26
正规机房拆机CPU没问题，就怕是恶劣环境下的矿机拆下来的，CPU寿命肯定有影响。价格确实挺好，你可以百度一 ...

感谢建议，我们这边商量了一下，因为CPU质量怎么样以及寿命如何我们自己判断不好，所以更倾向于买新的CPU

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Author: wxsxjj 时间: 2022-9-23 12:23
请考虑备份方案
如果以后跑GMX，机械硬盘8T起步

作者
Author: JiangZiya 时间: 2022-9-23 16:38

wxsxjj 发表于 2022-9-23 12:23
请考虑备份方案
如果以后跑GMX，机械硬盘8T起步

感谢建议
意思是如果用GMX跑1~2万原子的分子动力学的话，硬盘占用会非常大是吗，之后如果直接加一块8T硬盘，应该也是可以的吧

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-23 16:47
本帖最后由牧生于 2022-9-23 16:56 编辑

JiangZiya 发表于 2022-9-23 16:38
感谢建议
意思是如果用GMX跑1~2万原子的分子动力学的话，硬盘占用会非常大是吗，之后如果直接加一块8T硬 ...

轨迹大小取决于你输出多少帧。我一般输出1000~5000帧。跑过几万原子的体系，得到的轨迹，再用vmd截图出来做成视频，最多也就几十G。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-23 16:55

JiangZiya 发表于 2022-9-23 08:50
感谢指导
因为我们做动力学计算不是主要内容，之后做动力学计算的话，原子数量大概在1~2万原子左右，显 ...

1. 其他GPU别看，一块4090就行。不存在4080Ti。30系更加不能碰。

2. 电源一步到位振华2000W（长城打咩），多不了几个钱。

3. 7B13是现在性价比最高的64核EPYC，不过货少。如果找不到7B13，7T83是第二个选择。

4. 我不用VASP，这个问题我不清楚，不过就目前的信息来看，7T83依旧是比8375C更好的选择。建议自己多查资料，有条件可以自己测试。

补充：如6楼所说，应该选择大容量HDD，推荐WD DCHC550 18TB，目前价格约1.8k。

作者
Author: JiangZiya 时间: 2022-9-23 16:58

牧生发表于 2022-9-23 16:47
轨迹大小取决于你输出多少帧。我一般输出1000~5000帧。跑过几万原子的体系，得到的轨迹最多也就几十G。

好的好的，目前还没开始使用Gromacs，之后学习的时候参考参考，如果需要的话，显卡和硬盘再加。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-9-23 17:05

牧生发表于 2022-9-23 16:47
轨迹大小取决于你输出多少帧。我一般输出1000~5000帧。跑过几万原子的体系，得到的轨迹最多也就几十G。

我一般选择每1ps输出1帧，平时模拟的体系都是十几乃至数十万原子，单次模拟轨迹可达1μs，所以目前正筹划150TB NAS。分享一下大致方案：DELL R750XS，12×18TB HDD RAID Z3作为主空间，2×3.84TB PCIe4.0 SSD RAID0作为只读缓存，主机RAM 256GB，CPU双路5318Y。NAS使用2×40GbE链路聚合，下联40G-10G TOR交换机，计算节点和工位内网10G。

作者
Author: JiangZiya 时间: 2022-9-23 17:14

Entropy.S.I 发表于 2022-9-23 16:55
1. 其他GPU别看，一块4090就行。不存在4080Ti。30系更加不能碰。

2. 电源一步到位振华2000W（长城打咩 ...

明白，之后如果加显卡，直接考虑4090就行；
电源的话，问了商家，换成了振华1600W，说如果以后加一块4090，是没问题的；
CPU方面，综合考虑预算和性能，以及我们课题组计算的需求，决定用7T83；
机械硬盘，我们以前的旧服务器用的2T，目前先定的4T，这个后期要加的话方便，暂时就没动。
非常感谢这些建议，对我这样的新手很有用

作者
Author: 计算老者 时间: 2022-10-22 23:49

JiangZiya 发表于 2022-9-23 08:52
感谢建议，我们这边商量了一下，因为CPU质量怎么样以及寿命如何我们自己判断不好，所以更倾向于买新的CPU

你应该买不到新的cpu吧

作者
Author: JiangZiya 时间: 2022-10-27 16:41

计算老者发表于 2022-10-22 23:49
你应该买不到新的cpu吧

说实话，是不是新的我也不会判断，只能问卖家，卖家说是，咱就掂量着来看

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