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标题: ZINC的天然产物3D分子库（mol2格式） [打印本页]

作者
Author: zsu007 时间: 2016-5-10 09:35
标题: ZINC的天然产物3D分子库（mol2格式）
我工作中需要大量天然产物的3D结构，从ZINC的天然产物下载了mol2格式的3D分子库。我整理了上传到云盘，链接：http://pan.baidu.com/s/1eRQrOGU 密码：8c0a；也可以复制以下地址通过迅雷直接下载！希望这些数据对虚拟筛选的人有所帮助，Have a fun!
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http://zinc.docking.org/db/byvendor/tcmnp/tcmnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/tcmnp/tcmnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/himnp/himnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/himnp/himnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/uefsnp/uefsnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/uefsnp/uefsnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/princetonnp/princetonnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/princetonnp/princetonnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/specsnp/specsnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/specsnp/specsnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/nubbenp/nubbenp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/nubbenp/nubbenp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/npactnp/npactnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/npactnp/npactnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/indofinenp/indofinenp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/indofinenp/indofinenp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/ibsnp/ibsnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/ibsnp/ibsnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/hitnp/hitnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/hitnp/hitnp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/afronp/afronp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/afronp/afronp_p1.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/acdiscnp/acdiscnp_p0.0.mol2.gz
http://zinc.docking.org/db/byvendor/acdiscnp/acdiscnp_p1.0.mol2.gz
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作者
Author: zsu007 时间: 2016-5-10 09:37
如何进行文件分割，请看帖子 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3220

作者
Author: 北纬18° 时间: 2016-5-10 18:02
这些3D结构是怎么确定的？是单晶吗？

作者
Author: zsu007 时间: 2016-5-10 21:42

北纬18° 发表于 2016-5-10 18:02
这些3D结构是怎么确定的？是单晶吗？

这些3D结构是ZINC网站收集用软件生成的吧。具体的可以查看该网站的说明。
ZINC网站连接地址为：http://zinc.docking.org/

作者
Author: zsu007 时间: 2020-12-7 21:04
zinc20出来了，网址是：http://zinc20.docking.org/

作者
Author: qinzhong605 时间: 2020-12-7 21:28

zsu007 发表于 2020-12-7 21:04
zinc20出来了，网址是：http://zinc20.docking.org/

能分享一下百毒盘的链接吗，谢谢

作者
Author: akexanderkjj 时间: 2022-12-1 16:49

zsu007 发表于 2016-5-10 09:37
如何进行文件分割，请看帖子 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=3220

你好！网站失效了，请问还可以分享一下教程吗

作者
Author: racezero 时间: 2023-11-24 11:14
请问大神还有天然产物的3D分子库吗？

作者
Author: zsu007 时间: 2023-11-25 10:42

racezero 发表于 2023-11-24 11:14
请问大神还有天然产物的3D分子库吗？

链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

作者
Author: racezero 时间: 2023-11-26 10:27

zsu007 发表于 2023-11-25 10:42
链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

非常感谢~

作者
Author: zsu007 时间: 2023-11-26 17:13
ZINC-22出来了，网址是：https://cartblanche22.docking.org/

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2024-1-2 23:03
楼主好，想请教一下，你从Zinc上下载天然产物的结构是用的什么方法，我点击下载总是显示下载失败，非常感谢！

作者
Author: lifly 时间: 2024-1-19 14:56
请问ZINC可以只检索天然产物或者内源性物质吗？我想搜索和某一个化合物结构类似的天然产物。请问ZINC可以做到吗或者有什么数据库推荐吗？我试了试COCONUT这种给出的结果好像不一定是天然产物，至少没有给出来源。

作者
Author: SiqiLee 时间: 2024-1-21 14:27
尝试了去官网下载新的数据库，但是似乎是服务器出问题了？只能下载下来空文件夹现在

作者
Author: happyknighthawk 时间: 2024-1-21 22:28

lifly 发表于 2024-1-19 14:56
请问ZINC可以只检索天然产物或者内源性物质吗？我想搜索和某一个化合物结构类似的天然产物。请问ZINC可以做 ...

SciFinder，Dictionary of Natural Products都可以，但是都是商业数据库

作者
Author: woele 时间: 2024-3-14 14:28
大神你好！请问最近一次分享的ZINC天然产物是基于ZINC几的呀？以及可以分享一下怎么从ZINC下载天然产物的数据吗？感激不尽！

作者
Author: Zachariah 时间: 2024-9-27 14:41

zsu007 发表于 2023-11-25 10:42
链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

谢谢楼主，能请问一下这段数据库最后更新时间是2015年吗?

作者
Author: ykyin 时间: 2024-12-26 16:11

zsu007 发表于 2023-11-25 10:42
链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

非常感谢作者！！顺带一问这个还是来源于zinc15嘛

作者
Author: wei 时间: 2025-2-26 12:16

zsu007 发表于 2023-11-25 10:42
链接: https://pan.baidu.com/s/17SdpTa-xnCTRO2gKC6Vzcw?pwd=dyns 提取码: dyns

请问这个是zinc20的版本吗？

作者
Author: zsu007 时间: 2025-2-26 18:00

wei 发表于 2025-2-26 12:16
请问这个是zinc20的版本吗？

不是zinc20版

作者
Author: wwwv 时间: 2025-4-24 10:43
您好，有fda药物吗

作者
Author: zsu007 时间: 2025-4-25 09:15

wwwv 发表于 2025-4-24 10:43
您好，有fda药物吗

没有哦！

作者
Author: wwwv 时间: 2025-4-29 09:18

zsu007 发表于 2025-4-25 09:15
没有哦！

好的，谢谢

作者
Author: wwwv 时间: 2025-5-9 10:17

zsu007 发表于 2025-4-25 09:15
没有哦！

老师您好，您分享的天然产物里面，文件名是p0.0的是不能购买，p1.0是能购买的吗

作者
Author: zsu007 时间: 2025-5-9 10:31

wwwv 发表于 2025-5-9 10:17
老师您好，您分享的天然产物里面，文件名是p0.0的是不能购买，p1.0是能购买的吗

不知道是否能够购买。请自行到网站查看核对相关信息！

作者
Author: wwwv 时间: 2025-5-13 18:20
老师，您好我想问一下，这些文件名字是什么意思，是按照什么分类的吗

作者
Author: wwwv 时间: 2025-5-13 20:02
老师，您好我想问一下，这些文件名字是什么意思，是按照什么分类的吗

作者
Author: zsu007 时间: 2025-5-13 22:18

wwwv 发表于 2025-5-13 18:20
老师，您好我想问一下，这些文件名字是什么意思，是按照什么分类的吗

byvendor/acdiscnp/acdiscnp_p1.0.mol2.gz
比如看看byvendor后面的acdiscnp词条就是有关数据库收集起来的，具体看原网站的说明。

作者
Author: wwwv 时间: 2025-5-14 08:53

zsu007 发表于 2025-5-13 22:18
byvendor/acdiscnp/acdiscnp_p1.0.mol2.gz
比如看看byvendor后面的acdiscnp词条就是有关数据库收集起来 ...

好的，谢谢

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