计算化学公社

标题: 关于产生Gaussian的IRC每个点的波函数文件工具的使用问题 [打印本页]
作者
Author: Jennifer-J    时间: 2022-9-23 22:51
标题: 关于产生Gaussian的IRC每个点的波函数文件工具的使用问题
产生Gaussian的IRC和SCAN任务每个点的波函数文件的工具：IRCsplit和SCANsplit - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)
我想用大佬的这个工具取出IRC的每个点的结构并生成gjf文件，但是我用这个工具总是报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
产生的out文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

我的单点文件： (, 下载次数 Times of downloads: 3)
用这个工具产生的gjf文件： (, 下载次数 Times of downloads: 2)
泛函是XYG3,基组是aug-cc-pvtz

我在想，是不是这个工具不支持自定义基组呀？？
求大神解答~

作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-9-24 00:23
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-9-24 00:46 编辑

你的截图确定是IRCsplit的报错么？看起来不像。

自定义基组是没问题的。

作者
Author: sobereva    时间: 2022-9-24 00:45
你的截图和IRCsplit根本没直接联系

Gaussian也根本不支持你用的这个泛函
作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-9-24 00:46
报错信息已经写得很清楚了，第一行就告诉你报错是因为没法创建一个目录。所以显然和自定义基组没关系，而是和路径相关的设置有关系，比如指定用某个目录做临时目录，但是这个目录根本不存在
作者
Author: Jennifer-J    时间: 2022-9-24 17:43
sobereva 发表于 2022-9-24 00:45
你的截图和IRCsplit根本没直接联系

Gaussian也根本不支持你用的这个泛函

我是想用xDH4Gau来算这个泛函，xDH4Gau的输入文件格式和高斯是一样的，但是我转出来的gjf提交作业之后就是上面截图的报错
作者
Author: Jennifer-J    时间: 2022-9-24 17:46
hebrewsnabla 发表于 2022-9-24 00:23
你的截图确定是IRCsplit的报错么？看起来不像。

自定义基组是没问题的。

截图上面的报错是生成的gjf文件提交作业之后的报错，我用xDH4Gau来算的这个泛函
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-9-24 19:01
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-9-24 19:09 编辑
Jennifer-J 发表于 2022-9-24 17:46
截图上面的报错是生成的gjf文件提交作业之后的报错，我用xDH4Gau来算的这个泛函

使用方法不对，没有恰当配置Gxx_Environment。可以去xdh4gau的issue区（https://github.com/igor-1982/xDH4Gau/issues）提问。
作者
Author: Jennifer-J    时间: 2022-9-24 19:15
hebrewsnabla 发表于 2022-9-24 19:01
使用方法不对，没有恰当配置Gxx_Environment。可以去xdh4gau的issue区（https://github.com/igor-1982/xD ...

我已经配置好了G16_Environment，可以跑那些手动写好的输入文件，但是没法跑自动生成的这些文件，麻烦您看一下上面的帖子生成的gjf文件的格式有什么问题吗？我发现最后多了一行/home/jiangzy/alco2/xyg3-irc0058.wfn，并且开头关键词多了out=wfn，这是为什么呢？
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-9-24 19:47
Jennifer-J 发表于 2022-9-24 19:15
我已经配置好了G16_Environment，可以跑那些手动写好的输入文件，但是没法跑自动生成的这些文件，麻烦您 ...

使用IRCplit的时候会让你选择
3    //如果输入1，则生成的Gaussian输入文件只能用来产生.wfn，输入2则只能产生.chk，这里输入3可以让.wfn和.chk都产生

应该选2
作者
Author: Jennifer-J    时间: 2022-9-24 21:09
hebrewsnabla 发表于 2022-9-24 19:47
使用IRCplit的时候会让你选择

应该选2

哦哦哦好咧！但是选了2之后生成的gjf文件还是出现上面帖子的报错，我看不出来哪里路径设置的不正确，我配置了G16_Environment了
作者
Author: hebrewsnabla    时间: 2022-9-24 21:15
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2022-9-24 21:29 编辑
Jennifer-J 发表于 2022-9-24 21:09
哦哦哦好咧！但是选了2之后生成的gjf文件还是出现上面帖子的报错，我看不出来哪里路径设置的不正确，我配 ...

手动建立一下 /scratch/scr/jiangzy 然后把G16_Environment的最后一行删掉试试。

还不能解决去xdh4gau的issue区（https://github.com/igor-1982/xDH4Gau/issues）提问。或者发邮件给作者（igor_zhangying@fudan.edu.cn)。
作者
Author: LittlePupil    时间: 2022-9-25 00:52
本帖最后由 LittlePupil 于 2022-9-25 02:22 编辑

可能是你使用的集群的管理员限制了普通用户创建目录的权限，可以尝试11L的做法，但最直接的办法还是删掉“G16_Environment”里的第15-17行，并把第18行中的GAUSS_SCRDIR设为当前目录或者当前目录下一个空白的子目录（!!!Warning: If you set GAUSS_SCRDIR to current folder, do remerber to delete the final two rows in "G16_Environment" before running the script, since it requires cleaning $GAUSS_SCRDIR when the job terminates）。

另外不知道你提取出这些点想干什么，虽然可能有点啰嗦，但还是要提醒两点：
如果想产生双杂化级别的波函数，需要写“density”或“out=wfn/wfx”关键词；
不同理论水平下的势能面不同，甚至可能存在明显差异。

最后好奇问一句，既然是用标准基组，为啥不直接写基组名让Gaussian调用？
作者
Author: wjc404    时间: 2023-10-16 03:22
偶然发现，对于GNU-Linux系统上运行的gaussian 16，可以通过魔改l123.exe的方式来以FCHK的形式保存IRC中间点的波函数。
按以下步骤进行：
1. 将g16程序目录下的l123.exe重命名为l123.exec
2. 在g16程序目录下新建一个bash脚本，内容如下，写好后命名为l123.exe并设置权限为700
  1. #!/bin/bash

  3. # get_irc_point_id <g16_log_file> <start_line_no> <back_line_no>
  4. function get_irc_point_id(){
  5.   if [[ $# -ne 3 || ! -f $1 || $2 -ge $3 || $(($2 + 100)) -le $3 ]]; then
  6.     return 1 # file name or line number error
  7.   else
  8.     local PT_NO=$(awk -v stl=$2 -v btl=$3 'sub(/.*OF POINTS ALONG THE PATH =[ ]+/,"") && NR>=stl && NR<=btl { print }' $1)
  9.     local PP_REC=$(awk -v stl=$2 -v btl=$3 '/Point Number:.*Path Number:/ && NR>=stl && NR<=btl { print }' $1)
  10.     local PT_NO_REP=$(echo $PP_REC | sed 's/.*Point Number:[ ]*\([0-9]*\).*/\1/')
  11.     local PATH_NO=$(echo $PP_REC | sed 's/.*Path Number:[ ]*\([0-9]*\).*/\1/')
  12.     if [[ -z "$PT_NO" || ! -z "$(echo "$PT_NO" | sed 's/[0-9]//g')" ]]; then
  13.       return 2 # point number not found
  14.     elif [[ "$PATH_NO" == "1" && $PT_NO != "$PT_NO_REP" ]]; then
  15.       return 3 # point number mismatch
  16.     elif [[ -z "$PATH_NO" || ! -z $(echo "$PATH_NO" | sed 's/[0-9]//g') ]]; then
  17.       return 4 # path number not found
  18.     else
  19.       echo "path${PATH_NO}_pt$PT_NO_REP"
  20.       return 0
  21.     fi
  22.   fi
  23. }

  25. # get_last_irc_point_id <g16_log_file>
  26. # determine whether the last L123 IRC output block in g16_log_file print converged point info.
  27. # if the converged point info is found there, it is printed as "path<xxx>_pt<yyy>";
  28. # otherwise return error code.
  29. function get_last_irc_point_id(){
  30.   if [[ ! -f $1 ]]; then
  31.     return 5
  32.   else
  33.     local TARGET_RANGE=$(awk '/IRC-IRC-IRC-IRC/ {print NR}' $1 | tail -n2)
  34.     get_irc_point_id $1 $TARGET_RANGE
  35.     return $?
  36.   fi
  37. }

  39. prog_path=$(dirname $0)
  40. if [[ ! -f "$IGAUSS_CHK_PATH" || ! -f "$IGAUSS_LOG_PATH" ]]; then
  41.   #echo "IRC wfn backup: checkpoint or log file not set properly from env!"
  42. else
  43.   IGAUSS_CHK_BACKUP_PATH=$IGAUSS_CHK_PATH.bak.chk
  44.   LAST_POINT_ID=$(get_last_irc_point_id $IGAUSS_LOG_PATH)
  45.   if [[ $? -eq 0 && ! -z "$LAST_POINT_ID" ]]; then
  46.     formchk $IGAUSS_CHK_BACKUP_PATH $IGAUSS_CHK_PATH.$LAST_POINT_ID.fchk
  47.   fi
  48.   cp $IGAUSS_CHK_PATH $IGAUSS_CHK_BACKUP_PATH
  49. fi

  51. exec $prog_path/l123.exec $*
复制代码

3. 之后在执行IRC计算任务前，如果设置环境变量IGAUSS_CHK_PATH为任务的chk文件绝对路径，并设置环境变量IGAUSS_LOG_PATH为任务的输出文件绝对路径（均包含文件名），则在IRC运行过程中，会有一系列后缀为pathM_ptN.fchk的文件保存到chk文件所在的文件夹下，它们存了中间各点的SCF波函数，可以用multiwfn查看。关于最后一个点的波函数，可以从原chk中读出，就不额外存了。



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