计算化学公社

标题: 求助环丙烷开环过渡态寻找 [打印本页]

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作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-9-26 20:20
标题: 求助环丙烷开环过渡态寻找


各位老师好，我按照文献寻找环丙烷开环的过渡态，之后接着跑IRC。相应的输入文件，输出文件在附件1里面。IRC曲线有突跃，两端结构对应环丙烷和丙烯，分别计算正、逆方向的IRC输入输出文件在附件2，感觉是一样的。文献环丙烷开环异构化为丙烯的势能面如图。请教各位老师，这种情况是不是说明过渡态还是没找对呢？要怎么修改呢，希望老师们答疑，谢谢。

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作者
Author: wzkchem5    时间: 2022-9-26 20:38
检查一下突跃点两侧的波函数是不是有定性不同。如果是的话，看哪一个是符合化学常识的，哪一个不符合，然后把其中不符合化学常识的那个波函数调成符合化学常识的。

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作者
Author: chands    时间: 2022-9-26 20:41
按照文献的图，中间那个双自由基是中间体(intermediate)不是过渡态（transition state），因为它是势能面上的一个稳定点。你要找两个过渡态。

还有你找到的“过渡态”虚频振动方向也不对。

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作者
Author: zjxitcc    时间: 2022-9-26 20:47


双自由基体系的IRC，应该两边分开跑（事实上就算是平时的普通IRC计算，我也建议分开跑）。合起来跑的话，有可能造成前向第一个结构去读取后向最后一个结构的波函数（或者后向第一个读取前向最后一个，又或者算出错误的双自由基解，无论哪种都是错误的）。这样的问题在论坛上已有不少，一搜就有
http://bbs.keinsci.com/thread-27019-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-27037-1-1.html
另外建议阅读《在Gaussian中计算IRC的方法和常见问题》http://sobereva.com/400

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作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-9-26 20:53

chands 发表于 2022-9-26 20:41
按照文献的图，中间那个双自由基是中间体(intermediate)不是过渡态（transition state），因为它是势能面上 ...

是的老师，我还在第一步，找环丙烷与双自由基中间体的过渡态。但是总也找不对，确实虚频的振动都没体现出C-C断键特征。我又上传了一个ts2_1和IRC_2_1，虚频感觉还是不对，但是这个IRC两端是环丙烷和可能的双自由基。从这个IRC能辅助寻找过渡态吗？

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作者
Author: sobereva    时间: 2022-9-27 03:08
中间那个结构，如果是C2v的话，不是极小点，至少M06-2X/def2-TZVP算出来是个双自由基状态的过渡态

opt freq任务和检验最终波函数稳定性任务的文件：

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作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-9-27 08:45

sobereva 发表于 2022-9-27 03:08
中间那个结构，如果是C2v的话，不是极小点，至少M06-2X/def2-TZVP算出来是个双自由基状态的过渡态

opt f ...

抱歉老师，可以麻烦您解释一下“中间那个结构”是哪个吗？您是利用IRC曲线的51/106这个点的结构去做的优化吗？

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Author: sobereva    时间: 2022-9-28 08:53

糖糖糖豆9988 发表于 2022-9-27 08:45
抱歉老师，可以麻烦您解释一下“中间那个结构”是哪个吗？您是利用IRC曲线的51/106这个点的结构去做的优 ...

就是1L图片里标着diradical那个结构

手画的C2v点群的结构当初始结构

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作者
Author: 糖糖糖豆9988    时间: 2022-9-28 09:45

sobereva 发表于 2022-9-28 08:53
就是1L图片里标着diradical那个结构

手画的C2v点群的结构当初始结构

谢谢sob老师。这个双自由基是环丙烷开环异构化为丙烯的中间体，过渡态我一直也找不对。我打算试一下IRC_2_1.out的右端结构优化，看看结果是双自由基状态的过渡态还是极小点。发现用这个IRC端点结构优化出来的还是环丙烷。这是不是就表明优化出来的过渡态根本不正确？

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