计算化学公社

标题: crest计算出的结构能量很多都是1a.u.这正常吗？ [打印本页]

作者
Author: 星纹c 时间: 2022-9-25 19:36
标题: crest计算出的结构能量很多都是1a.u.这正常吗？
本帖最后由星纹c 于 2022-9-25 19:54 编辑

我是参照http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html算的，不完全一样，为了省事用了crest，结果算出来很多能量都是1a.u.这不就是氢分子能量吗？难道这些结构都被忽略了？
我的关键词 nohup ./crest traj.xyz -mdopt -opt normal -chrg 2 -uhf 0 -g chcl3 &
用了Molclus，能量、结构都输入0.5，筛出来只有仨结构不是1a.u. 这个级别的计算没多准，如果只筛出来三个感觉就没法用了。因为是调用xtb所以选了xtb的标签。
编辑一下，我人傻了，nohup ./crest -mdopt traj.xyz -gfn0 -opt normal -chrg 2 -uhf 0 -g chcl3 & 这次感觉没问题了，但是干脆全是1a.u.

作者
Author: 星纹c 时间: 2022-9-25 19:38
本帖最后由星纹c 于 2022-9-25 20:03 编辑

丢人了，关键词输错了

难道是我删除了哪个文件？主要是上次算中性的分子就没这个问题。

改用Molclus之后算了100个，目前没有是1a.u.的，应该不是xtb的问题吧。

作者
Author: 星纹c 时间: 2022-9-25 23:24
最后还是用了Molclus调用xtb来计算，没出啥问题。用了文中提到的脚本分割算的速度可以接受。
我理论不咋行，猜测：可能是有些结构偏的太多，导致直接不算了（不知道这样行不行，不算单点咋知道偏的多？）就给出了默认的，1a.u.

作者
Author: indec 时间: 2022-9-26 04:06
你可以把输入输出文件传上来看一下。或者等等 crest 更新，上个月问了作者，年内会有大版本更新。

作者
Author: 星纹c 时间: 2022-10-7 13:11
这个是输入和输出文件，nohup文件里有一些运算的信息，版本信息也在。

作者
Author: 星纹c 时间: 2022-10-7 13:12

indec 发表于 2022-9-26 04:06
你可以把输入输出文件传上来看一下。或者等等 crest 更新，上个月问了作者，年内会有大版本更新。

之前没排上机器，后来又给忘了，今天又试了试，能复现

作者
Author: 付之一生 时间: 2022-10-7 21:39

星纹c 发表于 2022-10-7 13:12
之前没排上机器，后来又给忘了，今天又试了试，能复现

兄弟你跟我一样的问题直接就是1a.u.

作者
Author: liuxdhs 时间: 2024-7-16 14:02
本帖最后由 liuxdhs 于 2024-7-17 20:32 编辑

我用crest在-gfn2下优化结构，之后用molclus的isostat排序，也会出现同样的情况，E全部等于1a.u.。而在-gfn0下优化的结构，排序后E是正常显示的。不知道这是什么问题。而且我的molclus是1.12版本，也没有自动识别到crest_ensemble.xyz文件。

测试了一下。非常奇怪，同样的体系
./crest --mdopt traj.xyz --gfn2 --opt normal --niceprint --chrg 0 --uhf 0 --g ch2cl2 后用moclus的isostat排序，E具有能量。

./crest --mdopt traj.xyz --gfn2 --opt normal --niceprint --chrg 0 --uhf 0 --g h2o 后用moclus的isostat排序，E = 1 a.u.

找到问题所在了
./crest --mdopt traj.xyz --gfn2 --opt normal --niceprint --chrg 0 --uhf 0 --g H2O 能量显示正常

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