计算化学公社

标题: Molclus调用Gaussian进行DFT计算显示不工作 [打印本页]

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-26 14:42
标题: Molclus调用Gaussian进行DFT计算显示不工作
本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 14:23 编辑

求助：通过genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具，已经成功进行的团簇结构搜索，生成xyz文件，我按照教程将genmer生成的xyz文件放在了molclus目录下。并参照5.3节，调用gaussian进行DFT计算，但多次调试模板文件以及setting文件，仍显示调用高斯错误。以下是错误提醒，我也附上了我的相关文件，希望能帮我找出错误，感谢！！Search path GAUSS_EXEDIR is "": No such file or directory
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-26 15:32
GAUSS_EXEDIR环境变量设置错误，结合你计算机实际情况正确设置GAUSS_EXEDIR以后重新计算

作者
Author: snljty2 时间: 2022-9-26 17:31
卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

[注意：如果是Windows版Gaussian，gaussian_path必须指向诸如g09.exe而不能是g09w.exe，因为后者只是前者的一个图形界面而已。另外，运行前还必须进入“控制面板”-“高级系统设置”-“高级”-“环境变量”，添加GAUSS_EXEDIR环境变量，使之指向Gaussian目录（不是指向可执行文件名），如D:\study\g09w，否则Gaussian没法以命令行方式运行，也因此molclus将没法调用Gaussian。另外，不要用太老的G09版本，比如年代久远的G09 A.01、A.02版可能没法被molclus支持]

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几天就被问一次。
而且看Gaussian手册也应该知道要设置这个环境变量啊
(, 下载次数 Times of downloads: 11)

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-26 18:50

snljty2 发表于 2022-9-26 17:31
卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几 ...

感谢回复!!!!

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-26 18:52

wzkchem5 发表于 2022-9-26 15:32
GAUSS_EXEDIR环境变量设置错误，结合你计算机实际情况正确设置GAUSS_EXEDIR以后重新计算

感谢回复！！！

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-26 20:08
本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 09:41 编辑

snljty2 发表于 2022-9-26 17:31
卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几 ...

请问一般如何设置环境变量呢，我现在使用的不是

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 02:56
自暴违法行为会被版权方盯上

怎么设置在3L截图里写得明明白白

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-28 14:23
本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 14:24 编辑

sobereva 发表于 2022-9-27 02:56
自暴违法行为会被版权方盯上

怎么设置在3L截图里写得明明白白

我已经在Windows环境下添加环境变量，但仍显示错误。图片在上面可见
This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-28 15:27

Wqhhh 发表于 2022-9-28 07:23
我已经在Windows环境下添加环境变量，但仍显示错误。图片在上面可见
This Gaussian task did not perfor ...

打开高斯的输出文件（注意不是molclus的输出文件），自己按http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html一条一条地排查错误。如果仍然不能解决问题，上传完整的高斯输出文件

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-28 15:49
本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 15:51 编辑

wzkchem5 发表于 2022-9-28 15:27
打开高斯的输出文件（注意不是molclus的输出文件），自己按http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html ...

检查了一下，没看出错误。麻烦老师帮忙看一下

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-28 16:23

Wqhhh 发表于 2022-9-28 08:49
检查了一下，没看出错误。麻烦老师帮忙看一下

倒是没有错误信息，但是很明显计算提前停止了。检查一下stderr的输出

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-28 19:36
本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-28 19:40 编辑

这次运行后，虽然出现错误，但只算出来其中的一的，这次我调整了gs的运存大小，由2GB改为1400gb，请问失败的原因有可能是由电脑配置引起的吗？麻烦老师看一下我的环境设置是否正确。谢谢老师们！！！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-29 05:18

Wqhhh 发表于 2022-9-28 19:36
这次运行后，虽然出现错误，但只算出来其中的一的，这次我调整了gs的运存大小，由2GB改为1400gb，请问失败 ...

自行单独用Gaussian执行molclus产生的gau.gjf，看是否能正常运行。
你写的是%mem=1400MB，不是你说的1400gb

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-9-29 15:17
本帖最后由 Wqhhh 于 2022-9-29 15:26 编辑

sobereva 发表于 2022-9-29 05:18
自行单独用Gaussian执行molclus产生的gau.gjf，看是否能正常运行。
你写的是%mem=1400MB，不是你说的140 ...

老师，这是我用Gaussian单独运行的结果，仍显示未知错误而终止。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-30 07:55

Wqhhh 发表于 2022-9-29 15:17
老师，这是我用Gaussian单独运行的结果，仍显示未知错误而终止。

输出文件里没明确报错提示，没法判断
尝试换个Gaussian版本，或者用linux版Gaussian
别在配置文件里写MaxDisk=400MB

作者
Author: Wqhhh 时间: 2022-10-1 09:41

sobereva 发表于 2022-9-30 07:55
输出文件里没明确报错提示，没法判断
尝试换个Gaussian版本，或者用linux版Gaussian
别在配置文件里写M ...

谢谢老师的回复。

作者
Author: for_you 时间: 2022-12-26 20:33

Wqhhh 发表于 2022-9-28 14:23
我已经在Windows环境下添加环境变量，但仍显示错误。图片在上面可见
This Gaussian task did not perfor ...

请问移除opt的错误解决了吗？

作者
Author: leichuang 时间: 2023-11-23 21:54

snljty2 发表于 2022-9-26 17:31
卢老师博文《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》

特意标出的红字为什么总有人看不见。隔几 ...

感谢老师！我也恰好遇到了同样的问题，通过您的回答解决了。

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