计算化学公社

标题: acpype.py生成itp文件的atomtypes中的原子类型电荷都为0，正常吗？ [打印本页]

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-9-26 16:31
标题: acpype.py生成itp文件的atomtypes中的原子类型电荷都为0，正常吗？
大家好，我用acpype.py脚本生成了sta的itp文件，其中atomtypes中的原子类型电荷都为0，而atoms中有电荷值，这种情况正常吗？这样的itp文件可以用吗?

作者
Author: 牧生 时间: 2022-9-26 16:37
用懒人脚本算的电荷去替换[atoms]里面的电荷，明显会更好。atomtype里面的电荷为0没关系，因为会用[atoms]里面的
http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-9-26 19:33
本帖最后由大头攒毛于 2022-9-26 19:47 编辑

谢谢您的回复，我想问一下，通过acpype脚本得到的AM1-BCC电荷和RESP电荷，分别用于分子动力学模拟，得到的体系中某两个原子之间的距离数据，差别会很大吗？

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-9-26 21:18
本帖最后由大头攒毛于 2022-9-26 21:22 编辑

牧生发表于 2022-9-26 16:37
用懒人脚本算的电荷去替换[atoms]里面的电荷，明显会更好。atomtype里面的电荷为0没关系，因为会用[atoms] ...

请问，我想算一下RESP2电荷，是在水溶剂中，这里的solvent=water就可以了吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 01:49

大头攒毛发表于 2022-9-26 19:33
谢谢您的回复，我想问一下，通过acpype脚本得到的AM1-BCC电荷和RESP电荷，分别用于分子动力学模拟，得到的 ...

AM1-BCC比RESP、RESP2(0.5)差远了
小分子体系如今没有任何理由用AM1-BCC，用这个发文章也极有可能被审稿人问为什么不用RESP

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 01:50

大头攒毛发表于 2022-9-26 21:18
请问，我想算一下RESP2电荷，是在水溶剂中，这里的solvent=water就可以了吗？

直接用里面的懒人脚本，一行命令算出来，又省事又不会出错

RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 01:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “acpype.py生成itp文件的电荷” 改了，以后务必注意

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-9-27 22:39

sobereva 发表于 2022-9-27 01:51
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢老师的回复

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2022-10-3 10:36
大家好，我想问一下，我要算蛋白质配体的RESP电荷，看了sob老师的博文，发现溶剂有三种选择，我该选择哪一种？
①water
②ethanol
③ε=4
谢谢了

作者
Author: 武燚 时间: 2023-12-21 13:49
有个问题，如果反过来，atomtype中有电荷，atom里电荷为0,这样的itp能用吗？

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-12-22 21:33

武燚发表于 2023-12-21 13:49
有个问题，如果反过来，atomtype中有电荷，atom里电荷为0,这样的itp能用吗？

atom里面必须有电荷，atomtype有没有电荷无所谓

忍不住吐槽一句：上帝发明了光，请你别跟上帝过不去

作者
Author: 武燚 时间: 2023-12-23 14:04

大头攒毛发表于 2023-12-22 21:33
atom里面必须有电荷，atomtype有没有电荷无所谓

忍不住吐槽一句：上帝发明了光，请你别跟上帝过不去

谢谢，懂了，因为我正好遇见反过来的情况了，不确定所以问一下，感谢！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)