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标题: 同一个体系用不同命令处理pbc是否会影响后续分析 [打印本页]

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-9-26 18:16
标题: 同一个体系用不同命令处理pbc是否会影响后续分析
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如图我的体系是蛋白和纤维素，用mol命令会使得我的纤维素链分开，改用nojump命令后可以保证纤维素分子的完整性，但是水箱子就开始变形了，想问下这种情况是否会对后续分析有影响，后续分析是围绕蛋白和纤维素展开的。谢谢大家啦

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 02:37
看具体后续拿什么工具做什么分析
有些工具明确支持考虑PBC，是否修改周期性的记录方式都一样。不确信的话就对比一下便知

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-9-27 09:37

sobereva 发表于 2022-9-27 02:37
看具体后续拿什么工具做什么分析
有些工具明确支持考虑PBC，是否修改周期性的记录方式都一样。不确信的话 ...

请问sob老师，对于像蛋白或者蛋白-纤维素复合物的RMSD这种分析命令需要用到center.xtc文件的内容有影响吗

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-9-27 11:47

yangzaia 发表于 2022-9-27 09:37
请问sob老师，对于像蛋白或者蛋白-纤维素复合物的RMSD这种分析命令需要用到center.xtc文件的内容有影响吗

用gromacs算的话，这个选项是可选可不选的，不选的话程序会自动计算，gromacs的分析工具是考虑PBC的，一般没有影响

作者
Author: yangzaia 时间: 2022-9-27 14:50

Frozen-Penguin 发表于 2022-9-27 11:47
用gromacs算的话，这个选项是可选可不选的，不选的话程序会自动计算，gromacs的分析工具是考虑PBC的，一 ...

好的，非常感谢

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Author: 一条君 时间: 2022-11-13 01:05
本帖最后由一条君于 2022-11-13 01:10 编辑

sobereva 发表于 2022-9-27 02:37
看具体后续拿什么工具做什么分析
有些工具明确支持考虑PBC，是否修改周期性的记录方式都一样。不确信的话 ...

"同一个体系用不同命令处理pbc是否会影响后续分析" （1）请问老师，用VMD的tcl命令分析【含不同配位数的离子】分别占的比例，此时pbc应该选-mol还是-nojump呢。两种处理得到的结果差别很大，甚至完全相反，见表格。
（2）结合gromacs径向分布得到的平均配位数来看，好像是-mol更接近。从讲义nojump目的是保证轨迹连续性来看，是否可以得出，用vmd作结构分析一般用mol，轨迹可视化或者位移类分析的用nojump，谢谢~

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