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标题: 用cp2k跑重金属离子吸附体系的AIMD，结果全跑散了 [打印本页]

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-9-26 20:39
标题: 用cp2k跑重金属离子吸附体系的AIMD，结果全跑散了
各位老师好，
在cp2k中想要通过AIMD模拟一个有机分子吸附溶液中Cd2+离子的过程，初始构建了1个有机分子（电中性）、5个Cd2+、10个Cl-（用于保持体系电中性）与50个水的盒子，如下图1，结果90步后全跑散了，分子的键都断了，整个体系变得惨不忍睹（下图2），想请教一下各位老师是什么原因造成结构变得异常。我用的是半经验方法GFN1-xTB，3个方向都设置了pbc，设置了热浴压浴分别为 298.15K 和 1bar，输入文件提供在下面。
另外，我的体系总电荷设为了0，是否有必要单独设置有机分子为电中性，Cd带2个正电荷，Cl带1个负电荷？如需要，在输入文件里应该如何设置？
感谢各位老师，初学cp2k，还望各位老师不吝赐教，谢谢！

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作者
Author: chands 时间: 2022-9-26 21:09
你开了三个方向的PBC。盒子边缘的水分子与PBC镜像里的水分子距离太近，斥力太大，导致初速度很大，容易跑散。

建议盒子边缘适当留空。

作者
Author: 丁越 时间: 2022-9-26 21:30
先要进行结构优化，避免不合理接触产生的斥力导致原子初速度太大使其跑飞

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-9-26 23:17

chands 发表于 2022-9-26 21:09
你开了三个方向的PBC。盒子边缘的水分子与PBC镜像里的水分子距离太近，斥力太大，导致初速度很大，容易跑散 ...

好的感谢老师，我试试

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-9-26 23:17

丁越发表于 2022-9-26 21:30
先要进行结构优化，避免不合理接触产生的斥力导致原子初速度太大使其跑飞

好的，谢谢老师的建议

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 02:45
“设置有机分子为电中性，Cd带2个正电荷，Cl带1个负电荷” 毫无意义，这不是你自己设的，带电情况是在计算过程中自发调节的

看下文末尾的文字
谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态
http://sobereva.com/82

另外，GFN1-xTB也不是什么体系都适用，对有的体系甚至表现得很离谱。在AIMD之前先做个结构优化，不仅可以大幅消除初始结构里可能存在的很大斥力，还可以根据结果粗略检验一下GFN1-xTB对当前体系的适用性。

作者
Author: wudiazhu 时间: 2022-9-27 09:17

sobereva 发表于 2022-9-27 02:45
“设置有机分子为电中性，Cd带2个正电荷，Cl带1个负电荷” 毫无意义，这不是你自己设的，带电情况是在计算 ...

了解了，感谢sob老师。

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