计算化学公社

标题: 求助关于NBO轨道分析解释配位性的问题 [打印本页]

作者
Author: nono114514 时间: 2022-9-27 01:46
标题: 求助关于NBO轨道分析解释配位性的问题
如下对主结构相似但取代基不同的分子做NBO分析后，HOMO，LUMO能量能否直接比较并用以解释配位性等问题？

附上用VMD做的可视化的图片，使用sob老师给的showcub脚本直接懒人搞定。观察到其中二者相位不同，请问能否用以解释问题？

谢谢各位老师！

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作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 05:51
说明不了配位能力的差异
用Multiwfn算一下O附近的静电势极小点或者平均局部离子化能的极小点数值，还算相对有点意义，看
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159

NBO相位是随机的
简谈NBO间的相对相位问题
http://sobereva.com/191

搞清楚NBO和MO的差异，你产生了NBO之后哪还有HOMO、LUMO

作者
Author: nono114514 时间: 2022-9-27 09:22

sobereva 发表于 2022-9-27 05:51
说明不了配位能力的差异
用Multiwfn算一下O附近的静电势极小点或者平均局部离子化能的极小点数值，还算相 ...

感谢，再去学习下概念

作者
Author: nono114514 时间: 2022-9-27 09:33

sobereva 发表于 2022-9-27 05:51
说明不了配位能力的差异
用Multiwfn算一下O附近的静电势极小点或者平均局部离子化能的极小点数值，还算相 ...

那只是用gview里的NBO电荷，看看O原子电荷密度，截个图去给审稿人，是不是就已经不太礼貌了

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-27 19:13
NBO充其量只能说明电子效应对配位能力的贡献，不太能说明位阻效应对配位能力的贡献。
你这里至少有3个因素在起作用：（1）OMe的诱导吸电子能力比Me强；（2）OMe的共轭给电子能力比Me的超共轭给电子能力强；（3）OMe的位阻比Me大。NBO或许可以用来说明前两者，但不能用来量化（3）的贡献。
我个人觉得最好还是实际放一个离子或者金属配合物在旁边（[Li(OH2)3]+, AlCl3等，具体选什么取决于你要研究这个分子和哪类金属之间的配位能力），算一下结合能，或者如果更严格一点的话算结合自由能。但是这里的NBO分析也不浪费，有助于解释配位性差别主要是电性导致的还是位阻导致的。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-28 08:57

nono114514 发表于 2022-9-27 09:33
那只是用gview里的NBO电荷，看看O原子电荷密度，截个图去给审稿人，是不是就已经不太礼貌了

我不知道审稿人怎么说的

分清楚原子电荷、原子的电子布居数和电荷密度的概念，看“6 关于对实空间函数的称呼”
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

如果你是指原子电荷，也没截图的事，除非是指你把原子电荷显示在图上，把问题交代清楚

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)