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标题: 有什么力场能比较理想描述蛋白与钙离子相互作用？ [打印本页]

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-9-27 09:42
标题: 有什么力场能比较理想描述蛋白与钙离子相互作用？
各位老师，想问一个问题。最近在做外场对钙离子与蛋白质的结合影响的研究。现在使用Amber14SB力场，但是模拟的结果与原始pdb文献里实验测试结论对不上，排除其他环境条件影响后，想问下是不是这个力场描述钙离子与蛋白相互作用不太理想呢？
还有什么力场能比较理想描述蛋白与钙离子相互作用呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 10:09
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “描述离子与蛋白质相互作用的力场” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-27 10:11
没有证据表明AMBER14SB不适合这种问题
你也可以尝试CHARMM36m，如果也这样，更大的可能性是其它方面的问题而不是力场的问题，或者不可极化力场也只能描述成那样

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-9-27 10:53

sobereva 发表于 2022-9-27 10:11
没有证据表明AMBER14SB不适合这种问题
你也可以尝试CHARMM36m，如果也这样，更大的可能性是其它方面的问题 ...

感谢社长指点，我试下！

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