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标题: gaussian 09 linda 并行效率问题 [打印本页]

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-5-11 12:09
标题: gaussian 09 linda 并行效率问题
采用一个节点24核心（物理）计算基态opt+freq，计算时间68min。原子数量60-110.
然后采用linda并行3个节点72核心（物理）计算基态opt+freq，计算时间56min。
高斯并行的效率基本在15%-20%之间，效果不是很明显。请问，这是正常现象么，我测试过多个例子，效率提高在15%-20%之间。
请问一下这是高斯09并行效率差的原因么（跨节点运算），是否如果我的体系较大，计算比较复杂（例如计算50原子结构的激发态频率优化），那计算时间就会相对来说能提高2-3倍（72核心VS 24核心）？
谢谢大师指教！

作者
Author: bluewhale 时间: 2016-5-12 10:29
本帖最后由 bluewhale 于 2016-5-12 10:31 编辑

节点之间通讯是什么网络？IB?
建议用内存作scratch, 同时+IB, 作一个测试。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-14 17:00
哪怕72个核心都在同一个机子里，用SMP方式并行，比24核心速度提升都不会特别显著，完全划不来，更别说跨节点。高斯跨节点并行效率损失非常严重。
用24核跑一个任务也就够了，有三个节点还是跑不同任务为好，否则白费电和计算资源。

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-5-15 22:41

sobereva 发表于 2016-5-14 17:00
哪怕72个核心都在同一个机子里，用SMP方式并行，比24核心速度提升都不会特别显著，完全划不来，更别说跨节 ...

谢谢老师，我这个体系很小；如何我计算大一点的体系，那么我的并行效率是否会有提升，比如70个原子左右，用B3LYP/6-31g*计算激发态的几何几个优化，或者激发态频率优化！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-15 23:52

yezhonghua 发表于 2016-5-15 22:41
谢谢老师，我这个体系很小；如何我计算大一点的体系，那么我的并行效率是否会有提升，比如70个原子左右， ...

大体系并行效率通常会更高

作者
Author: yezhonghua 时间: 2016-5-17 10:12

sobereva 发表于 2016-5-15 23:52
大体系并行效率通常会更高

谢谢老师！

作者
Author: Villars 时间: 2019-9-21 14:43
本帖最后由 Villars 于 2019-9-21 15:23 编辑

sobereva 发表于 2016-5-14 17:00
哪怕72个核心都在同一个机子里，用SMP方式并行，比24核心速度提升都不会特别显著，完全划不来，更别说跨节 ...

Sobereva 老师，您好！假设我现在有双路8160 48核的工作站，使用B3LYP(BJ)/6-311g*做基态的opt+freq计算，我看到您的回复中提到 “ 72核用SMP方式并行速度提升比24核不会特别显著 ”，请问老师我是否应该将48核工作站分成2部分，每个24核同时计算2个任务呢？

作者
Author: niobium 时间: 2019-9-21 15:15

Villars 发表于 2019-9-21 14:43
Sobereva 老师，您好！假设我现在有双路8160 96核的工作站，使用B3LYP(BJ)/6-311g*做基态的opt+freq计算 ...

8160是24核，开了超线程才有48线程。所以你应该是交两个24核的任务比较划算

作者
Author: Villars 时间: 2019-9-21 15:21

niobium 发表于 2019-9-21 15:15
8160是24核，开了超线程才有48线程。所以你应该是交两个24核的任务比较划算

感谢您的回复，只看了淘宝商家写得96核，没有自己查cpu的规格，实在不好意思，原问题已更正

作者
Author: niobium 时间: 2019-9-21 15:33

Villars 发表于 2019-9-21 15:21
感谢您的回复，只看了淘宝商家写得96核，没有自己查cpu的规格，实在不好意思，原问题已更正

https://mp.weixin.qq.com/s?__biz ... 9&lang=zh_CN#rd

作者
Author: Villars 时间: 2019-9-21 16:52
本帖最后由 Villars 于 2019-9-21 16:55 编辑

niobium 发表于 2019-9-21 15:33
https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzU5NjMxNjkzMw==&mid=2247484603&idx=1&sn=3ebf72c2c9e2580480aff721 ...

这篇文章已认真阅读，终于解决了这个困惑，谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2019-9-23 07:58

Villars 发表于 2019-9-21 14:43
Sobereva 老师，您好！假设我现在有双路8160 48核的工作站，使用B3LYP(BJ)/6-311g*做基态的opt+freq计算 ...

仔细看此贴
http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html

作者
Author: abin 时间: 2019-9-23 09:18
如果不是G16版本。双路机器上，请使用一个物理CPU跑一个高斯作业。

不信啊，你自己测试下就晓得了。

作者
Author: Villars 时间: 2019-9-25 12:57

sobereva 发表于 2019-9-23 07:58
仔细看此贴
http://bbs.keinsci.com/thread-4841-1-1.html

嗯嗯，好的，感谢老师的回复

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)