计算化学公社

标题: 求助小分子和dppc膜的组合做优化能量异常 [打印本页]

作者
Author:
boqiang    时间: 2022-9-27 15:50
标题: 求助小分子和dppc膜的组合做优化能量异常
根据 KALP15 in DPPC的教程能跑通, 但更换自己的小分子和dppc膜后,报错; 在用教程中的dppc膜和小分子组合后能量优化一直很高, 大于+E07;1. 小分子通过sobtop生成gro,itp,top文件, 将itp文件中的atomtypes剪切到力场文件gromos53a6.ff/ffnonbonded.itp的atomtypes部分,运行能量优化报错:No default LJ-14 type, 删除itp中的pair部分,可清除报错,但是跑完后分子破碎;

2. 单独的dppc膜(通过packmol构建),通过能量优化可以达到收敛,通过gmx solvate加水和离子后, 能量非常高,达到+e07, 但是单独的水和dppc能量能达到收敛, 组合后能量异常;



作者
Author:
Villain_IP    时间: 2022-9-27 16:12
去除更多小分子周围的磷脂分子,再优化试试
作者
Author:
sobereva    时间: 2022-9-27 22:01
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义和含糊性,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “小分子跨膜研究” 改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理。
作者
Author:
boqiang    时间: 2022-9-28 08:13
sobereva 发表于 2022-9-27 22:01
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

已认真阅读, 下次一定做出更改.
作者
Author:
boqiang    时间: 2022-9-28 08:15
Villain_IP 发表于 2022-9-27 16:12
去除更多小分子周围的磷脂分子,再优化试试

已尝试根据能量优化提示的高能磷脂分子去除,但每去除一个就会报下一个磷脂也存在高能, 我尝试一直删除到20个磷脂分子还是处于这种状态; 而且有时候报错的原子位置在gro中根本不存在对应的.
作者
Author:
sobereva    时间: 2022-9-28 09:32
sobtop对有机分子产生的通常是GAFF力场的,不要跟GROMOS力场混用,根本不兼容
另外,磷脂分子也不建议用sobtop产生拓扑文件,因为有大量专门的磷脂分子力场,与AMBER、CHARMM、GROMOS力场兼容的都有,肯定比自己用通用方法搞出来的更好





欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3