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标题: 分子动力学计算与实验的时间尺度之间的gap如何解决 [打印本页]

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-9-27 18:37
标题: 分子动力学计算与实验的时间尺度之间的gap如何解决
在做分子动力学计算时，通常是ns量级，而实验中是以s为量级，这两者时间尺度的差距该如何处理，如何能互相验证对方的正确性
请大神指教一二

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-9-27 19:07
如果是过渡态理论能描述的过程，尽量用过渡态理论，也就是找到过渡态以后用Eyring方程算速率；
如果是过渡态理论不能描述的过程（比如蛋白构象的转变），尽量用metadynamics。

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-9-28 00:58
所以才有增强采样啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-9-28 11:08
看具体问题
很多问题虽然实验上是宏观时间尺度去测量的，但本质上跑微观尺度的动力学模拟就足以得到随时间增加收敛的结果，比如液体的性质，显然跑微观尺度长度就够了。还有很多宏观尺度的现象，需要理论研究的也只是微观的机制，也是在微观尺度下模拟就能说明问题。

作者
Author: qingqingdong 时间: 2022-9-28 18:26

sobereva 发表于 2022-9-28 11:08
看具体问题
很多问题虽然实验上是宏观时间尺度去测量的，但本质上跑微观尺度的动力学模拟就足以得到随时间 ...

感谢回复，对我很有帮助

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