计算化学公社

标题: 求助Rosetta从头构建RNA三维结构的操作问题 [打印本页]

作者
Author: 一岫云 时间: 2022-9-28 11:32
标题: 求助Rosetta从头构建RNA三维结构的操作问题
在应用Rosetta中的rna_denovo模块构建一条单链RNA的3D模型时，出现报错，真诚求助。
（注：RNA二级结构（点括号）是在RNAfold webserver上计算的）

输入文件：

(, 下载次数 Times of downloads: 14)
(, 下载次数 Times of downloads: 14)
(, 下载次数 Times of downloads: 19)
命令行：
$ /home/dell/software/rosetta_src_2021.16.61629_bundle/main/source/bin/rna_denovo.mpi.linuxgccrelease @RNA_denovo_flags

报错：
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

打开提示的src/core/pose/rna/RNA_SecStruct.cc line: 270
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

但是我不太能看懂，求问相关专业的前辈应该怎样解决这个问题呢？

作者
Author: 18217265596 时间: 2022-9-28 13:42
一行行读报错你会发现问题

作者
Author: 一岫云 时间: 2022-9-28 15:24
本帖最后由一岫云于 2022-9-28 16:08 编辑

18217265596 发表于 2022-9-28 13:42
一行行读报错你会发现问题

这个报错文件一直在说我的序列长度和二级结构文件不匹配，但是可以从截图中看出来，都是40个，不知道为啥总说我序列是41个。还请指教一下我这个小白啊

作者
Author: 一岫云 时间: 2022-9-28 16:25
这是命令行中的报错，但是序列和二级结构看起来就是一一对应的

作者
Author: 18217265596 时间: 2022-9-29 10:14

一岫云发表于 2022-9-28 16:25
这是命令行中的报错，但是序列和二级结构看起来就是一一对应的

盲猜是字符格式之类的问题
先跑一下demo

作者
Author: 一岫云 时间: 2022-9-30 22:56

18217265596 发表于 2022-9-29 10:14
盲猜是字符格式之类的问题
先跑一下demo

谢谢~我试了一下demo可以正常运行，所以我直接在demo的基础上进行了修改，就ok了哈哈哈哈，就不再深究这个了，十分感谢你！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)